科普速递！宏基因组数据的可视化展示

物种/功能丰度表是宏基因组分析结果中最核心的文件，表格第一行是样品名称，第一列是物种或功能描述，其余部分是物种/功能在对应样品中的相对丰度，如下图（数据来自美格基因云平台的宏基因组demo项目）所示。

图1 物种（种水平）丰度表

图2 功能（KEGG通路）丰度表

针对这个丰度表

不同的数据可视化方法

可以用来解释不同的问题

1.样本中丰度最高的物种/功能是哪几个？

答：可以通过将丰度排序找出丰度最高的物种/功能，然后使用柱状图来展示结果。

可视化R代码如下：

图3 物种丰度前top10柱状图

2.在物种/功能的数量上，

哪个样本多？哪个样本少？

不同样本间共有的物种/功能数量是多少？

答：首先，判断一个样品中是否有某个物种/功能的依据是丰度不为0。所以要回答这些问题，需要分别统计表格里的每个样品（每一列）丰度不为0的物种/功能数量，以及统计不同样品间物种/功能的交集数量。数据统计和可视化的都可以由R包VennDiagram来完成。

可视化R代码如下：

图4 物种数量Venn图

3.在丰度组成上，哪些样本比较相似？

哪些物种/功能比较相似？如何更直观的了解相同物种/功能在不同样本中的丰度差别？

答：适合用来回答这些问题的可视化方法为聚类热图。聚类热图中的颜色深浅反映了标准化后的丰度大小，样本聚类树反映了样本间距离，物种/功能聚类树反映了物种/功能间的距离，靠的近的丰度组成越相似。数据标准化、样本间距离计算与聚类、物种/功能间距离计算与聚类，都可以由R包pheatmap来完成。

可视化R代码如下：

图5 物种丰度聚类热图