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RSS订阅原创 利用NCBIdatasets批量下载大规模生信数据集
NCBIdatasets：Datasets - NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/安装windows下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/LATEST/win64/datasets.exeexe路径写入环境变量后cmd输入datasets出现提示即为安装成功conda安装：conda create -n ncbi_datasetsconda a
2022-04-12 17:24:23
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原创 SOAPdenovo2安装
git clone https://gitee.com/wang_shuai_1996/SOAPdenovo2.gitcd SOAPdenovo2make正常情况下make不会有问题，如果出现recompile with -fPIC或者recompile with -fPIE更改makefile中58行、62行vim Makefile##58行@$(CC) sparsePregraph/*.o standardPregraph/*.o $(LIBPATH) $(.
2022-04-12 16:48:23
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原创 根据NCBI序列号批量下载fasta文件
工作文件：1.autoget.sh2.autoget.py3.orgin_list.txt 第三列包含ncbi登录号运行autoget.shautoget.sh#!/bin/bash>list.txt>res.txtcat orgin_list.txt |awk '{print $3}' |sort |uniq>list.txt ##orgin_list.txt第三列为ncbi登录号，可以根据自己的数据修改这一行命令while [-s list.txt]
2022-04-12 16:27:44
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原创 AlphaFold部署docker方法
安装要求AlphaFold 部署具有一定难度，体现在硬件、软件、数据、文档等多个层面。硬件。需要 GPU 卡。CPU 尽量配 8 核心以上，内存尽量 32 G 以上； 软件。官方提供的是 docker 安装； 数据。需要自国外多个数据中心下载 438 GB 数据（解压后为 2.2 TB），见4； 文档。安装和使用文档较为欠缺。1、安装nvida显卡驱动https://www.nvidia.cn/drivers/unix/chmod +x NVIDIA-Linux-x86_64-47
2022-01-05 19:20:02
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原创 antiSMASH安装
antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。安装antiSMASH：# 使用conda环境# 添加源conda config --add channels biocondaconda config -
2021-12-31 14:37:18
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原创 InterProScan安装
InterPro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， InterPro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、 ProSiteProfiles、 SMART、 SUPERFAMILY、 TIGRFAM、 ProDom、 PIR 数据库。采用 InterProScan 软件可以对新蛋白质序列通过序列比对或者 HMM 算法等搜索与 InterPro 蛋白质特征序列匹配预测蛋白质各种结构功能域、信号肽、跨膜特征、蛋白质螺旋结构
2021-12-31 13:30:30
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原创 Augustus部署
Augustus是一个基因预测工具，基于HMM和Bayes，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。Augustus: gene predictionhttp://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/Augustus部署较为繁琐，以下为部署经验：1、下载源码包并解压#下载源码包wget bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4
2021-12-31 11:54:17
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空空如也
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