Augustus部署

Augustus是一个基因预测工具，基于HMM和Bayes，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。Augustus: gene predictionhttp://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/Augustus部署较为繁琐，以下为部署经验：

1、下载源码包并解压

#下载源码包
wget bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4.0.tar.gz
#解压
tar -xvf augustus-3.4.0.tar.gz
cd augustus-3.4.0

2、安装

sudo apt-get install libmysqlclient-dev
sudo apt-get install sqlite
sudo apt-get install sqlite3
sudo apt-get install libsqlite3-dev
sudo apt-get install libgsl-dev
sudo apt-get install libbamtools-dev
make
# make出现fatal mysql++字样的话转到3.1
# make出现fatal lp_lib.h字样的话转到3.2
# make出现/usr/bin/ld: cannot find -lcolamd，转到3.3
# make出现/usr/bin/ld: cannot find -lmysqlpp，转到3.4
# make出现boost字样的错误，转到3.5
# make出现fatal bgzf.h错误，转到3.6
# 什么fatal error都没出，转到4

3、make报错

3.1、mysql++的错误
下载mysql++-3.3.0.tar.gz文件并传到linux中，cd到目录下，控制台输入

#mysql++-3.3.0.tar.gz下载
#https://tangentsoft.com/mysqlpp/releases/mysql++-3.3.0.tar.gz
tar -xvf mysql++-3.3.0.tar.gz
cd mysql++-3.3.0
pwd
# 复制当前路径
./configure --prefix=当前路径/build_file
make 
make install
cd build_file
pwd
# 复制路径
# cd到3中augustus-3.4.0的文件夹里面
make clean
cd src
vim Makefile
# 如果提示没有vim，请sudo apt-get install vim
# 或者用其他可以修改文本文件的方法
# Makefile第55行有一个-I/usr/include/mysql++，修改成-I刚刚复制的路径/include/mysql++
# 注意保存
# 回到2的步骤，make

3.2、lp_lib.h错误
下载lp_solve_5.5.2.11_dev_ux64.tar.gz文件并传到linux下，cd到这个目录里，控制台输入

#下载lp_solve_5.5.2.11_dev_ux64.tar.gz
#https://sourceforge.net/projects/lpsolve/files/lpsolve/5.5.2.11/lp_solve_5.5.2.11_dev_ux64.tar.gz/download
mkdir lpsolve
mv lp_solve_5.5.2.11_dev_ux64.tar.gz lpsolve/
cd lpsolve
tar -xvf lp_solve_5.5.2.11_dev_ux64.tar.gz
cd ..
pwd
# 复制路径
cd到3中augustus-3.4.0的文件夹里面
make clean
cd src
vim Makefile
# 或者用其他可以修改文本文件的方法
# Makefile第37行有一个-I/usr/include/lpsolve，修改成
# -I刚刚复制的路径/lpsolve
# 注意保存
# 回到2的步骤，make

3.3、colamd错误

apt-get install libsuitesparse-dev
# 一路回车安装，安装完成后转回2

3.4、mysqlpp错误
找到3.1中build_file的路径，复制一下

cd到3中augustus-3.4.0的文件夹里面
make clean
cd src
vim Makefile
# Makefile第36行有一个LIBS += -l下一行空格到跟上一行的LIBS对齐的地方，新增
LIBS += -L3.3中lpsolve目录
LIBS += -L3.1中build_file目录/lib
# 上面的例子
# LIBS += -L/home/username/Aug/lpsolve
# LIBS += -L/home/username/Aug/mysql++/build_file/lib
# 注意保存
# 回到2的步骤，make

3.5、boost错误

sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get install libboost-serialization-dev
# 安装完成后cd到augustus里
cd src
vim Makefile
# 与3.4最后类似，找到44行，修改为
LIBS += -lboost_serialization -lboost_system
# 并在44行最后回车在最后回车
# 下面新增一行
LIBS += -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu
# 注意保存
# 回到2的步骤，make

3.6、bgzf.h错误

sudo apt-get install samtools
sudo apt-get install libbz2-dev liblzma-dev
# 下载htslib-1.14.tar.bz2
#https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.14/htslib-1.14.tar.bz2
tar -xvf htslib-1.14.tar.bz25 cd htslib-1.14.tar.bz2
pwd
# 复制当前路径
./configure --prefix=当前路径/build_file
make
make install
cd build_file
pwd
复制路径
# cd去augustus目录下
cd auxprogs
cd bam2wig
vim Makefile
# 第27，28行修改为下面
INCLUDES=-I刚才复制的路径/include/htslib
HTSLIBS=-lhts -lz -lpthread -L刚才复制的路径/lib
# 例子
INCLUDES=-I/home/username/Aug/htslib-1.14/build_file/include/htslib
HTSLIBS=-lhts -lz -lpthread -L/home/username/Aug/htslib-1.14/build_file/lib
# 注意保存
# 回到2的步骤，make

4、使用ls查看一下是否生成了bin文件夹，如果生成了，则安装成功，下面将其移动到可执行的位置

cd bin
sudo cp * /usr/bin/
# 输入管理员密码
# cd到3.2中的lpsolve文件夹内
sudo cp liblpsolve55.so /usr/lib/liblpsolve55.so
# cd到3.4中mysql++文件夹内的build_file中
sudo cp * /usr/lib/
augustus
# 输入后如果出现了提示，开头AUGUSTUS (3.4.0) is a gene prediction tool for eukaryotes 则表示安装成功

参考

Augustus 基因从头预测 - 简书

Augustus: gene prediction