InterPro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库, InterPro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、 ProSiteProfiles、 SMART、 SUPERFAMILY、 TIGRFAM、 ProDom、 PIR 数据库。采用 InterProScan 软件可以对新蛋白质序列通过序列比对或者 HMM 算法等搜索与 InterPro 蛋白质特征序列匹配预测蛋白质各种结构功能域、信号肽、跨膜特征、蛋白质螺旋结构等。
1、安装Anaconda
https://www.anaconda.com/products/individual#Downloads
选择右侧linux对应文件下载,下载好之后控制台cd到下载路径
./Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
默认安装即可,一路回车下一步,完成安装,在控制台
conda init bash2
source ~/.bashrc
conda info
#创建名为bio的python 3.6环境
conda create -n bio python=3.6
conda activate bio
# 必须保证有python3版本的环境
2、安装JAVA环境
#下载jdk-11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz,cd到目录下
#https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java11
tar -xvf jdk-11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz
sudo cp -r ./jdk-11.0.13 /usr/lib
sudo vim /etc/profile
# 在文件末尾添加以下三行
export JAVA_HOME=/usr/lib/jdk-11.0.13
export CLASS_PATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib
export PATH=.:$JAVA_HOME/bin:$PATH
3、下载InterProScan和所需要的data
http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.52-86.0/interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz
4、安装
# 下载好后cd到目录下
tar -xvf interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz
# 解压完成即可(注意很占空间,约90G)
cd interproscan-5.52-86
python initial_setup.py
5、运行
./interproscan.sh
参考