InterProScan安装

InterPro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， InterPro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、 ProSiteProfiles、 SMART、 SUPERFAMILY、 TIGRFAM、 ProDom、 PIR 数据库。采用 InterProScan 软件可以对新蛋白质序列通过序列比对或者 HMM 算法等搜索与 InterPro 蛋白质特征序列匹配预测蛋白质各种结构功能域、信号肽、跨膜特征、蛋白质螺旋结构等。

InterProInterPro provides functional analysis of proteins by classifying them into families and predicting domains and important sites. We combine protein signatures from a number of member databases into a single searchable resource, capitalising on their individual strengths to produce a powerful integrated database and diagnostic tool.https://www.ebi.ac.uk/interpro/

1、安装Anaconda

https://www.anaconda.com/products/individual#Downloads

选择右侧linux对应文件下载，下载好之后控制台cd到下载路径

./Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

默认安装即可，一路回车下一步，完成安装，在控制台

conda init bash2 
source ~/.bashrc
conda info
#创建名为bio的python 3.6环境
conda create -n bio python=3.6
conda activate bio
# 必须保证有python3版本的环境

2、安装JAVA环境

Java Downloads | Oracle

#下载jdk-11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz，cd到目录下
#https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java11
tar -xvf jdk-11.0.13_linux-x64_bin.tar.gz
sudo cp -r ./jdk-11.0.13 /usr/lib
sudo vim /etc/profile
# 在文件末尾添加以下三行
export JAVA_HOME=/usr/lib/jdk-11.0.13
export CLASS_PATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib
export PATH=.:$JAVA_HOME/bin:$PATH

3、下载InterProScan和所需要的data

http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.52-86.0/interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz

 4、安装

# 下载好后cd到目录下
tar -xvf interproscan-5.52-86.0-64-bit.tar.gz
# 解压完成即可（注意很占空间，约90G）
cd interproscan-5.52-86
python initial_setup.py

5、运行

./interproscan.sh

参考

interpro 注释结果简单分析及可视化 - 简书

InterPro