antiSMASH安装

最新推荐文章于 2024-05-16 15:19:31 发布
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antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。

安装antiSMASH：

# 使用conda环境
# 添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 创建名为antismash的环境
conda create -n antismash antismash
# 启动antismash环境
conda activate antismash

参考

Installation - antiSMASH Documentation

不可不知的代谢基因簇分析软件——antiSMASH - 知乎

Maiya19724
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细菌和真菌的次级代谢机制使其成为具有潜在药用价值的生物活性化合物的丰富来源，包括抗生物、降胆固醇药物或抗肿瘤药物。部分化合物在微生物体内的生物合成途径已经被鉴定，有意思的是，编码负责产生这种次级代谢产物的基因通常在染色体上成簇存在，因此被称为“生物合成基因簇”。这种遗传结构为通过定位其基因簇直接检测次级代谢物生物合成途径提供了可能性。近年来，细菌和真菌的测序成本已大大降低，并且许多基因组...
antiSMASH安装与使用
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antiSMASH本地安装 简要： antiSMASH的本地安装需要安装很多的依赖包，本文章使用conda辅助安装 参考： 官方：https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/install/ 文章：http://blog.sciencenet.cn/blog-3416913-1240614.html 依赖包下载 conda install -y diamond=0.8.36 conda install -y fasttree=2.1.9 conda ins
【生信工具总结】分泌基因簇分析给力工具的安装与使用-Antismash
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05-16 1333
antiSMASH使用手动编纂并验证过的“规则”，这些规则定义了哪些核心生物合成功能需要在一个基因组区域中存在才能构成一个生物合成基因簇（BGC）。这些规则基于对已知生物合成途径的理解，包括识别负责关键合成步骤的酶编码基因等。
antismash7.00安装、使用及常见错误
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08-04 2446
antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。
antiSMASH的使用
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学习
Antismash-BigScape次级代谢基因簇鉴定
Neptuneyut的博客
10-05 9868
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Python库 | antismash-models-0.0.3.tar.gz
05-12
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：antismash-models-0.0.3.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
BioCAT:NRP的生物合成基因簇逆向预测因子
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deepbgc:使用深度学习进行BGC检测和分类
05-15
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使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
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反网 一个Blender附加组件，方便布尔操作 图托 1：导入附件 2：激活并将对象设为目标模式 3：走吧！ 4：应用更改并使对象成为普通模式 5：玩得开心！ 如果您知道布尔运算符，则其他选项不需要tuto 工作正在进行中
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Antismash
senayao的博客
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【代码】Antismash。
双歧杆菌基因组序列批量下载、基因组注释、antiSMASH合成基因簇挖掘、核心基因的同源性比较。
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双歧杆菌基因组序列批量下载、基因组注释、antiS合成基因簇挖掘、核心基因的同源性比较 文章目录双歧杆菌基因组序列批量下载一、双歧杆菌基因组信息检索及下载1.PATRIC数据库检索双歧杆菌(Bifidobacterium) 并下载序列信息csv文件二、基因组序列批量下载python脚本代码prokka基因组注释一、prokka的安装二、prokka使用三、结果antiSMASH安装及使用一、antiSMASH简介二、antiSMASH安装与使用1.安装2.使用结果核心基因的同源性比较一、提取核心基因AA序
NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
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selenium批量提取antiSMASH结果中的核心基因AA序列
Curry_chenhu的博客
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聚簇和非聚簇的跟宝区别
07-25
根据引用\[1\]和引用\[3\]，聚簇和非聚簇是指次级代谢物生物合成基因簇（BGC）的两种不同类型。聚簇是指包含核心生物合成酶的基因簇，用于合成特定类型的次级代谢产物，如非核糖体肽合酶、I型聚酮化合物、萜类、羊毛硫肽、硫肽、半乳糖肽和套索肽等。聚簇的识别和预测可以通过antiSMASH使用的ClusterBlast和KnownClusterBlast算法进行，这些算法将识别的目标簇与antiSMASH数据库和MIBiG数据库中已知簇进行比较，以确定其功能和结构。 而非聚簇则是指不包含核心生物合成酶的基因簇，其功能和结构可能不太明确。antiSMASH对非聚簇的预测相对较少，主要提供了一些基本的预测信息，如基因簇的存在和一些基本的特征。非聚簇的预测可能需要进一步的实验验证和分析来确定其功能和结构。 综上所述，聚簇和非聚簇的区别在于聚簇包含核心生物合成酶，用于合成特定类型的次级代谢产物，而非聚簇则没有核心生物合成酶，功能和结构可能不太明确。 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/90748970)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/119466956)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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