antiSMASH安装

antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件,一般情况下,参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列,基于指定类型的模型,可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中,将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。

安装antiSMASH:

# 使用conda环境
# 添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 创建名为antismash的环境
conda create -n antismash antismash
# 启动antismash环境
conda activate antismash

参考

Installation - antiSMASH Documentation

不可不知的代谢基因簇分析软件——antiSMASH - 知乎

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