1、HDF5介绍
HDF 是用于存储和分发科学数据的一种自我描述、多对象文件格式。HDF 是由美国国家超级计算应用中心(NCSA)创建的,以满足不同群体的科学家在不同工程项目领域之需要。HDF 可以表示出科学数据存储和分布的许多必要条件。HDF 被设计为:
- 自述性:对于一个HDF 文件里的每一个数据对象,有关于该数据的综合信息(元数据)。在没有任何外部信息的情况下,HDF 允许应用程序解释HDF文件的结构和内容。
- 通用性:许多数据类型都可以被嵌入在一个HDF文件里。例如,通过使用合适的HDF 数据结构,符号、数字和图形数据可以同时存储在一个HDF 文件里。
- 灵活性:HDF允许用户把相关的数据对象组合在一起,放到一个分层结构中,向数据对象添加描述和标签。它还允许用户把科学数据放到多个HDF 文件里。
- 扩展性:HDF极易容纳将来新增加的数据模式,容易与其他标准格式兼容。
- 跨平台性:HDF 是一个与平台无关的文件格式。HDF 文件无需任何转换就可以在不同平台上使用。
(官方介绍:https://support.hdfgroup.org/HDF5/whatishdf5.html)
2、HDF5的文件组织
一个HDF5文件就是一个由两种基本数据对象(groups and datasets)存放多种科学数据的容器:
- HDF5 group: 包含0个或多个HDF5对象以及支持元数据(metadata)的一个群组结构
- HDF5 dataset: 数据元素的一个多维数组以及支持元数据(metadata)
3、HDF5软件下载
https://support.hdfgroup.org/HDF5/release/obtain518.html
4、目录结构
下载后解压
- bin目录是已经编译的好的可执行文件。例如:bin目录下的h5dump可以查看h5文件。
- include目录是编写代码是需要包含的头文件。
- lib目录是编译代码时需要连接的库。
- share目录中是example。
5、 example code
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include <iostream>
#include <string>
#include "H5Cpp.h" //包含HDF5需要的头文件
#ifndef H5_NO_NAMESPACE
using namespace H5;
#ifndef H5_NO_STD
using std::cout;
using std::endl;
#endif // H5_NO_STD
#endif
const H5std_string FILE_NAME("h5_test.h5");//定义要创建的文件名字
const int RANK = 2; //定义数组的维度
const int M = 3;
const int N = 4;
int main(void)
{
const H5std_string GROUP_NAME("MyGroup");//定义要创建group的名字
const H5std_string DATASET_NAME("MyData");//定义要创建dataset的名字
const H5std_string ATTR_NAME( "MyAttribute" );//定义要创建数据集属性的名字
//准备要存储的数据
float *data = (float*)malloc(M*N*sizeof(float));
float *tmp=NULL;
for(int i =0; i<M; ++i){
for(int j =0; j<N; ++j){
tmp = data + i*N +j;
*tmp = 1.3;
}
}
try
{
// Turn off the auto-printing when failure occurs so that we can
// handle the errors appropriately
Exception::dontPrint();
//创建文件
H5File file(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC);
//创建 group
Group group(file.createGroup(GROUP_NAME));
//创建数据空间
hsize_t dims[RANK]; // dataset dimensions
dims[0] = M;
dims[1] = N;
DataSpace *dataspace = new DataSpace (RANK, dims);
//创建数据集
DataSet *dataset = new DataSet (group.createDataSet(DATASET_NAME, PredType::NATIVE_FLOAT, *dataspace));
//将准备好的数据,写到数据集中。
dataset->write(data, PredType::NATIVE_FLOAT);
// 创建数据集属性空间.
int attr_data[2] = { 100, 200};
hsize_t attr_dims[1] = { 2 };
DataSpace attr_dataspace = DataSpace (1,attr_dims );
// 创建数据集的属性.
Attribute attribute = dataset->createAttribute( ATTR_NAME, PredType::STD_I32BE, attr_dataspace);
// 写属性.
attribute.write( PredType::NATIVE_INT, attr_data);
// 关闭数据空间、数据集、group对象.
delete dataspace;
delete dataset;
group.close();
}
// catch failure caused by the H5File operations
catch(FileIException error)
{
error.printError();
return -1;
}
// catch failure caused by the DataSpace operations
catch(DataSpaceIException error)
{
error.printError();
return -1;
}
// catch failure caused by the Group operations
catch(GroupIException error)
{
error.printError();
return -1;
}
// catch failure caused by the DataSet operations
catch(DataSetIException error)
{
error.printError();
return -1;
}
return 0;
}
6、编译
g++ example.cpp -o example -I./include -L./lib -lhdf5_cpp
7、执行
./example
生成一个 h5_test.h5文件
8、查看
可是使用bin目录的h5dump 查看 命令
./bin/h5dump h5_test.h5
9、显示结果
(完)