Amber分子动力学作图Frame与Time换算

Frame与Time换算

经过Amber模拟后，再使用CPPTRAJ软件处理坐标轨迹和数据文件并作图后，得到的结果如下所示：

但我们为了更直观地展示数据，我们需要将横坐标轴从frame转换为time。

转换原理

第$i$个$frame$的时间$t$为：$t=i\times ntwx\times dt=i\times 10(ps)=i\times 0.01(ns)$

$ntwx$与$dt$的值均在md.in中设置。

参数解释：
• dt=0.002：积分步长为$2ps$
• ntwx=5000：每5000步输出一次轨迹坐标，用于后续的轨迹分析。

原始数据rmsd.dat

#Frame ToFirst
1 0.0000
2 0.9008
3 0.9561
4 1.0030
5 1.0868
6 1.1593
7 1.1733
8 1.2441
9 1.1592
10 1.1371

转换后的数据rmsd_ns.dat

0.010000 0.0000
0.020000 0.9008
0.030000 0.9561
0.040000 1.0030
0.050000 1.0868
0.060000 1.1593
0.070000 1.1733
0.080000 1.2441
0.090000 1.1592
0.100000 1.1371

转换的python代码

# 读取输入文件并处理数据
with open('rmsd.dat', 'r') as input_file:
    lines = input_file.readlines()
# 处理每一行并写入新文件
with open('rms_ns.dat', 'w') as output_file:
    for line in lines:
        # 跳过以'#'开头的标题行
        if line.startswith('#'):
            continue
        # 分割每行的数据
        columns = line.split()
        # 将第一列转换为浮点数并乘以0.01
        first_column = float(columns[0]) * 0.01
        # 保留第二列数据
        second_column = float(columns[1])
        # 写入新文件
        output_file.write(f"{first_column:.6f}    {second_column}\n")