AlphaFold-multimer 复合物结构预测

最新推荐文章于 2025-04-23 13:44:51 发布
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分类专栏： 药物设计软件 生物信息 文章标签： 人工智能 深度学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/MurphyStar/article/details/133887601
版权
本文介绍了DeepMind的AlphaFold项目扩展版，用于预测蛋白质多聚体的三维结构。文章详细指导了如何在Docker和conda环境中安装和使用AlphaFold2.2.0进行复合体结构预测，强调了高计算需求和推荐的使用方式。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

AlphaFold-multimer 复合物结构预测

AlphaFold-multimer是DeepMind开发的AlphaFold项目的一个扩展，旨在预测蛋白质多聚体的三维结构。蛋白质多聚体是由多个蛋白质亚单位相互组装而成的结构，如酶、膜蛋白复合物和病毒颗粒。理解多聚体的结构对于揭示蛋白质的功能和相互作用非常重要。

在这里插入图片描述
写在前面：不建议在个人电脑上安装AlphaFold，因为对算力的存储的要求较高，个人电脑的配置而言稍显吃力。建议尝试AlphaFold Colab。

docker容器查看

docker  images       #列出以安装的容器
docker ps            #正在运行的容器

激活conda的base环境

激活AlphaFold v2.2.0安装环境，可以使用conda env list查看

conda activate /home/murphystar/software/miniconda3/envs/alphafold_test

AlphaFold2安装路径

cd /home/murphystar/alphafold-2.2.0

准备复合体的fasta格式的序列文件STAT1_STAT2.fasta如下：

STAT1
MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDL
LSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILENAQ
STAT2
MAQWEMLQNLDSPFQDQLHQLYSHSLLPVDIRQYLAVWIEDQNWQEAALGSDDSKATMLF
FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQPFSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRILI

运行AlphaFold-Multimer进行复合体预测

python3 docker/run_docker.py \
	--fasta_paths=STAT1.fasta,STAT2.fasta \
	--max_template_date=2021-11-01 \
	--model_preset=multimer \
	--data_dir=/home/murphystar/alphafold-database/V2.2.0  \
	--output_dir=/home/murphystar/ \
	--gpu_devices=2

--data_dir参数是数据库的下载路径，所有的指定路径注意使用绝对路径
--model_preset模式修改为multimer进行复合体的结构预测
--gpu_devices指定显卡的ID

AI4S - 开源 OpenFold: 蛋白质结构预测的 Multimer Template 教程(3)
AGI
11-24 366
在蛋白质复合物结构预测 AlphaFold Multimer 框架中，MSA 特征与 模版(Template) 特征，共同作为 Evoformer 的输入特征初始化，引导之后的结构预测过程。MSA 有 MSA Pairing 信息，Template 也同样包括 Pairing，跨链 Template 特征的构建也至关重要。
AI4S - ProGen: Language Modeling for Protein Generation 论文简读(1)
AGI
03-23 1276
ProGen 是一个基于 Transformer 架构的 12 亿参数神经网络，使用自注意机制对综合残基-残基相互作用进行建模。 ProGen 被训练通过在通用蛋白质序列数据集上，最小化下一个氨基酸预测问题的损失来生成人工序列。
alphafold-multimer环境部署
m0_54634272的博客
04-19 6741
Alphafold2（AF2，二狗）发布以后，一大堆科学家把这个人类历史上最高精度的蛋白质预测模型当起了玩具，并且把大家的新发现发在了推特上（open science 的形式）。其中一个最重要的发现是他们发现AF2虽然是在单体上进行的训练，却没有能力进行复合物的预测。在open science的召唤下，deepmind团队在2021年10月6号上线了Alphafold-multimer，一款针对复合物进行重新训练的神经网络。...
AlphaFold3 一键部署，高准确性蛋白质建模工具
XLionXxxx的博客
01-22 624
选择「NVIDIA A6000」以及「PyTorch」镜像，OpenBayes 平台上线了新的计费方式，大家可以按照需求选择「按量付费」或「包日/周/月」，点击「继续执行」。5. 等待模型计算完成后，可在 /home/output/2pv7 目录中找到 cif 文件，将其下载到本地。，在「公共教程」页面，选择「AlphaFold3 蛋白质预测 Demo」教程。稍等片刻，待系统分配好资源，当状态变为「运行中」后，点击「打开工作空间」。页面跳转后，点击右上角「克隆」，将该教程克隆至自己的容器中。
Alphafold2/multimer本地安装+报错处理
药研猿的博客
10-18 3450
Alphafold2本地部署常见的有两种方式：一、构建Docker镜像；二、Conda部署。尝试了一下第一种方法碰到了无法运行（不报错，但不执行计算）的问题，加上对Docker不熟悉，所以放弃，转而选择第二种。安装硬件设备：CPU: 64核磁盘: 4T系统: Ubuntu18.04RAM: 64G显卡：NVIDIA GV102CUDA版本： 11.7显卡驱动版本：515.43.04。
alphafold安装及使用（保姆级教程、conda环境）
2201_75882736的博客
09-11 7681
使用conda安装本地版alphafold-mutimer并使用，预测蛋白互作模型，介绍GPU支持的软件包安装顺序。
如何运行和调试一个 JavaScript 代码片段，怎么打开，并且试运行？
**My Coding Family**
01-24 1110
🏆本文收录于专栏，主要记录项目实战过程中所遇到的Bug或因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家！持续更新中，up！up！up！！
AlphaFold的原理及解读
tostq的专栏
11-28 7071
AlphaFold是一种基于深度学习技术的蛋白质结构预测模型。其原理是通过输入蛋白质一级结构，解析二级结构及三级结构。AlphaFold的特征输入包括单氨基酸序列、氨基酸序列标号、同类MSA特征、非同类MSA特征、氨基酸序列交互特征等。模型输出包括氨基酸在三维空间的旋转方向关系和氨基酸之间的空间位置关系。AlphaFold的模型结构分为Encoder模块和Decode模块，其中Encoder模块和IPA等模块
AI4S - AFM-RL: Large Protein Complex Docking Using AlphaFold-Multimer and Reinforcement Learning 简读
AGI
01-19 1254
生物细胞中的许多生物过程是由蛋白质复合物完成的，相互作用可以跨越多个蛋白质结构。要理解这些过程的分子机制，了解这些复合物的四级结构是至关重要的。尽管许多蛋白质复合物的结构，已经通过生物物理实验确定，但仍有许多重要的复合物结构尚未确定，特别是对于具有多条链的大型复合物。为了补充实验结构测定，已经开发了许多计算蛋白质对接方法，但大多数方法仅限于两条链，很少有方法针对三条或更多条链设计。
AI4S - AlphaFold: 使用 自定义复合物(Multimer)模版 预测蛋白质结构 教程 (2)
AGI
02-18 1004
蛋白质结构模板是 AlphaFold 预测蛋白质三维结构的关键组成部分，充当了知识库的角色，帮助模型更好地理解蛋白质的折叠方式。
对Alphafold3复合物结构进行评分
最新发布
qqqqqrc的博客
04-23 982
DockQ是一种用于评估蛋白质-蛋白质分子对接模型的工具和指标。它被广泛用于评估蛋白质分子对接方法的性能和预测模型的准确性。取值范围在0到1之间。Fnat：表示预测复合物中保留的原生界面接触的比例。原生界面接触是指在原生复合物结构中，两个蛋白质分子之间距离在5Å以内的重原子对。这个指标反映了对接模型在接触点上的准确性。LRMS：表示对接模型中配体的主链原子与原生结构的均方根偏差。配体是对接模型中较短的链，LRMS衡量了配体在对接后的空间位置准确性。iRMS。
AlphaFold2代码阅读（九）
xiaofengzihhh的博客
12-11 4322
2021SC@SDUSC 写下前面:之前是在Google Colab中运行的简化版本的代码，今天看一下AlphaFold2源码中写的运行程序 一、运行 AlphaFold 运行 AlphaFold 的最简单方法是使用提供的 Docker 脚本。这是在 Google Cloud 上使用nvidia-gpu-cloud-image 具有 12 个 vCPU、85 GB 内存、100 GB 启动磁盘、额外 3 TB 磁盘上的数据库和 A100 GPU 的机器进行测试的。 1.克隆这个存储库并cd放入其中。 g
AI4S - EigenFold: 基于扩散生成预测蛋白质结构 环境配置 教程
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08-22 701
EigenFold 是用于蛋白质结构预测的扩散生成模型（即，已知序列 至 结构分布）。基于谐波扩散，将键约束纳入扩散建模框架，并且产生一个级联分辨率的生成过程。
第三代AlphaFold发布：生物大分子复合物结构预测问题将被解决？
weixin_4528312的博客
11-06 3539
颠覆生命科学的 AlphaFold 发布了最新版本。准确性显著提高，覆盖范围从蛋白质扩展到其他生物分子，包括配体。
蛋白结构预测模型评价指标
Blockbuster_drug
02-26 1万+
本文汇总了AlphaFold和AlphaFold-multimer等蛋白结构推理预测中，不同蛋白结构预测模型的评价指标。供大家参考。
AI4S - 蛋白质 PDB 序列 与 标准氨基酸 的差异 教程
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05-17 1203
在蛋白质生成的过程中，需要从 PDB 中提取序列(Sequence)，提取的方法不同，有时存在差异，标准序列包含20类氨基酸残基。
AI4S - 开源 OpenFold: 蛋白质结构预测的 Multimer 推理 BugFix 教程(11)
AGI
09-28 423
将 OpenFold 的分支切换至 multimer 分支，即可使用 Multimer 功能，目前是 Debug 版本，基本推理功能已经支持，MSA 部分支持使用 AF2 的推理结果，模型支持 DeepMind 提供的 Multimer v3 模型，其余使用 OpenFold 的相关源码。评估当前 OpenFold Multimer框架的有效性。
人类将会永生？谷歌 DeepMind重磅发布Alphafold 3 ——天花板级别的AI系统
LANHYGPU的博客
05-11 951
AlphaFold 3基于Transformer构建，允许科学家输入生物分子复合物的描述，能预测该生物分子复合物的3D结构，并使用扩散过程生成每个原子的单独3D坐标，输入到指定系统。标志着在这一领域的一个重大突破，其对生物分子结构及相互作用的全方位预测能力，预示着对人类健康和疾病治疗的深远影响。作为一个以整体方式计算整个分子复合物的单一模型，不仅可以预测蛋白质的结构，还可以预测几乎所有生命分子的结构，包括蛋白质、DNA、RNA、配体等对于蛋白质与其他分子类型的相互作用，从而能对药物发现带来至关重要的作用。
【实用教程】使用AlphaFold2进行蛋白质结构在线预测
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使用Colab进行简单快速的AlphaFold2在线的蛋白质三维结构预测
详细讲讲怎么用AlphaFold预测GluN3A的结构模型
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<think>好的，我需要帮助用户了解如何使用AlphaFold预测GluN3A蛋白质的结构模型。首先，我应该回顾AlphaFold的基本原理和一般步骤，然后针对GluN3A的特点进行具体分析。 首先，AlphaFold是由DeepMind开发的基于深度学习的蛋白质结构预测工具，它在CASP14中取得了突破性进展。用户需要具体步骤，所以需要分步骤说明，从数据准备到结果分析。 步骤一，获取GluN3A的序列。GluN3A是NMDA受体的一个亚基，可能需要在UniProt等数据库中查找其氨基酸序列。例如，搜索UniProt数据库，找到对应的FASTA格式序列。这里可能需要确认正确的UniProt ID，比如GRIN3A_HUMAN或类似。 步骤二，使用AlphaFold进行预测。用户需要访问AlphaFold的官方平台，可能是AlphaFold DB或者ColabFold。如果用户没有本地安装，推荐使用ColabFold，因为它更易于访问且计算资源由Google提供。需要说明如何输入序列，调整参数，比如选择多聚体模式，但GluN3A可能作为单体预测，不过需要考虑是否与其他亚基相互作用。这里可能需要进一步确认，但通常预测单个蛋白的结构不需要多聚体模式，除非用户特别关注复合体。 步骤三，结果分析。预测结果会提供pLDDT分数，颜色编码显示置信度。需要解释如何解读这些分数，比如高置信度的区域和低置信度的可能柔性区域。同时，可能需要使用PyMOL或ChimeraX进行可视化，并与其他已知结构比对，比如GluN2A或GluN1的结构，以验证预测的合理性。 注意事项部分，应该提到AlphaFold的局限性，比如对于同源序列较少的区域预测可能不准，或者动态区域的结构置信度低。此外，实验验证的重要性，比如冷冻电镜或X射线晶体学的结果作为补充。 现在需要检查是否有遗漏的步骤，比如是否需要多序列比对（MSA），但AlphaFold会自动处理MSA生成，所以用户可能不需要手动操作。此外，是否需要调整模型参数，比如使用AlphaFold-Multimer，如果GluN3A与其他亚基形成复合体的话，但问题中只提到GluN3A本身，所以可能不需要。 然后，生成相关问题。根据步骤中的内容，可能的问题包括AlphaFold的工作原理、与其他工具的比较、结果验证方法，以及GluN3A的结构特点等。 最后，确保回答符合系统级指令：行内公式用$...$，独立公式用$$...$$，但这个问题可能不涉及数学公式，所以可能不需要。引用部分需要检查是否有相关引用，用户提供的引用中，引用[2]提到GluA和GluN受体，可能与GluN3A相关，所以在回答中可以引用。例如，在解释NMDA受体亚单位时，可以引用[^2]。 需要确保回答结构清晰，分步骤说明，语言准确，同时自然融入引用。可能还需要提到AlphaFold的参考文献，但用户提供的引用中没有直接相关的，所以可能只能引用现有的引用，比如引用[2]关于NMDA受体的内容。</think>### 使用 AlphaFold 预测 GluN3A 蛋白质结构模型的步骤和方法 #### 1. **获取目标蛋白序列** - **步骤**：从公共数据库（如UniProt）中获取GluN3A（NMDA受体亚基之一）的氨基酸序列。例如，人类GluN3A的UniProt编号为`Q8TCU5`。 - **关键点**：序列需为FASTA格式，例如： ``` >sp|Q8TCU5|GRIN3A_HUMAN Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A MESNLR...（完整序列） ``` #### 2. **使用 AlphaFold 进行结构预测** - **工具选择**： - **AlphaFold官方服务器**（若开放访问）或本地安装的AlphaFold。 - **ColabFold**（基于云的简化版，适合无本地资源用户）[^3]。 - **输入参数**： - 输入FASTA序列。 - 若预测复合物（如GluN3A与其他NMDA受体亚基的相互作用），需启用多聚体模式（AlphaFold-Multimer）。 - **运行流程**： ```python # ColabFold示例代码片段 from colabfold.download import download_alphafold_params download_alphafold_params() !colabfold_batch input.fasta output_dir ``` #### 3. **结果分析与验证** - **输出文件**： - 预测的PDB文件（如`GluN3A_model_1.pdb`）。 - 置信度评分（pLDDT），范围0-100，值越高表示预测越可靠（图1a）。 - **可视化工具**： - 使用PyMOL或ChimeraX可视化结构，重点关注跨膜域（TMD）和配体结合域（图1b）。 - **验证方法**： - 对比已知的NMDA受体结构（如GluN1/GluN2复合物），验证跨膜螺旋的拓扑合理性。 - 实验验证：通过冷冻电镜或X射线晶体学验证预测结果的准确性。 #### 4. **注意事项** - **局限性**：AlphaFold对无同源序列的区域（如某些胞内环）可能预测置信度较低（pLDDT < 50）。 - **动态区域**：NMDA受体的氨基末端域（ATD）可能因构象变化呈现多态性，需结合分子动力学模拟进一步分析。 --- ### 示例分析 AlphaFold预测的GluN3A结构可能显示其跨膜区由四个α螺旋组成（M1-M4），与已知的NMDA受体亚基（如GluN2A）类似[^2]。配体结合域（如谷氨酸结合位点）的构象需通过实验验证功能性。 ---
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