PyMOL作图：设置标签（Label）

PyMOL作图：设置标签（Label）

PyMOL标签（Label）的默认字体、大小和位置等参数通常需要进行调整以满足出版图片的高质量要求。因此，我们需要深入了解标签的详细信息，以设置适当的标签参数。在PyMOL中，使用Label和set命令可以轻松修改标签的各种属性，包括标签大小（label size）、标签颜色（label color）、标签位置（label positioning）、标签字体（label font）等等。在下面的示例中，我们将以1a0q结构的可视化展示为例，逐一尝试不同的标签设置。

1. 标签大小（label size）

默认的标签大小为14可能不够清晰，可以尝试调整标签大小以适应图片的要求。以下我们的目标是给1a0q结构中的锌离子加上“Zn”的标签，具体在PyMOL的命令行中操作如下：

#下载1a0q
fetch 1a0q
#修改背景色为白色
bg_color white
#移除所有水分子
remove resn HOH
#给锌离子加上标签标注
label resn ZN, "Zn"
#设置标签大小，增加至30
set label_size, 30

最终效果如下⬇:

由于默认字体大小为14，所以尽管加了标签也看不出来（如上图左）。因此我们增加标签至30，但其效果显示的不尽人意（如上图右），还需要将标签的位置进行调整。

2. 标签位置（label positioning）

标签可能需要根据需要移动到更合适的位置，设置标签相对于原始 X、Y、Z 坐标的任何偏移。使用鼠标在Mouse下选择进入3 Botton editing模式，并按ctrl用鼠标左键点击来拖动标签至合适的位置；ctrl-shift-left_click 可以在 z 方向移动标签。 最终我们可以将锌离子的标签移至合适的位置，效果如下图所示。

3. 自定义标签颜色（label color）

默认颜色可能与背景不够对比，我们可以自定义标签文本的颜色。可以为不同的对象选择使用不同颜色的标签。例如将锌离子的标签颜色从默认的黑色修改为红色。

set label_color, red, resn ZN

最终效果如下图所示：

4. 标签字体（label font）

如果你需要调整发表文章中所有图片标注的字体，将他们统一设置为一种字体，那么label_font_id是一个必须了解的元件。

4.1 PyMOL中label的字体与对应的id

下表中是PyMOL所支持设置渲染标签的字体。可以根据自己的需要对照下表选择字体后确认字体的的id。

Name	label_font_id
Sans	5
Sans Oblique	6
Sans Bold	7
Sans Bold Oblique	8
Serif	9
Serif Oblique	17
Serif Bold	10
Serif Bold Oblique	18
Mono	11
Mono Oblique	12
Mono Bold	13
Mono Bold Oblique	14
Gentium Roman	15
Gentium Italic	16

特殊字符串

Code	Character	Name
u"\u03b1"	α	Alpha
u"\u03b2"	β	Beta
u"\u00c5"	Å	Ångström
u"\u00b1"	±	plus/minus
u"\u00b2"	²	superscript 2

4.2 测试字体修改

在PyMOL中的使用方法如下：

set label_font_id, 9

通过以上调整，我们可以更好地控制和定制标签以满足出版图片的质量要求。这些设置可以根据具体需求进一步微调，以确保生成的图像完美呈现所需的信息。