Windows11安装WSL2并运行项目：Parallel-Meta Suite

一、安装前提

1、打开开发者选项

2、开启“适用于Linux的Windows子系统”

找到控制面板-程序-程序和功能-启用或关闭Windows功能，选中“适用于Linux的Windows子系统”，然后点击确定

二、安装WSL2

1、官网教程：

1.1微软官方教程：https://learn.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install

1.2打开PowerShell以管理员身份运行

这里的用户名需要全小写，不然会报错

2、微软商店安装：

2.1下载Linux内核更新包

链接：适用于 x64 计算机的 WSL2 Linux 内核更新包

下载后直接运行

2.2打开计算机虚拟化功能

安装 WSL 2 之前，必须启用“虚拟机平台”可选功能。 计算机需要虚拟化功能才能使用此功能。
以管理员身份打开PowerShell并运行：

dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart

需要重启电脑

2.3将WSL转换为WSL2

打开PowerShell,输入

wsl --set-default-version 2

2.4安装Ubuntu22.04.5

打开微软商店，搜索Ubuntu22.04.5，若微软商店打不开，请看我另一个帖子

安装完成后点击打开

输入账号密码

到此位置安装Ubuntu结束。

我的电脑里，出现Linux文件夹，可以向Ubuntu内传入数据

三、将WSL位置迁移

3.1查看WSL

打开PowerShell，输入wsl -l，找到安装Ubuntu的名称

3.2备份Ubuntu

wsl --export Ubuntu-22.04 D:\wsl\Ubuntu.tar

3.3删除原有系统，从备份中恢复现有系统

直接卸载删除即可，也可使用命令：wsl --unregister Ubuntu-22.04（不建议这样，直接看二）

删除后此时查询以及无Ubuntu：

从备份中重新恢复：

wsl --import Ubuntu-22.04 D:\wsl D:\wsl\Ubuntu.tar

遇到一个问题，恢复后进不去，打开D盘位置，显示：我的图片忘保存了，从网上找了一样的图片

打开磁盘显示：

问题解决：

打开PowerShell，管理员身份登录，输入

Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux

输入后问题解决

四、运行项目：Parallel-Meta Suite

项目地址：

https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite?tab=readme-ov-file

1. 安装必要的依赖项

1.1安装Homebrew

问题：装WSL后，用户默认只有一个是Root，安装Homebrew会提示错误：root@Night:~# /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" ==> Checking for sudo access (which may request your password)... Don't run this as root!

问题解决：第一步：新键一个非root用户：

adduser username

第二步：将新用户添加到sudo组

usermod -aG sudo username

第三步：切换到新用户：

su - username

第四步：安装Homebrew:

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

安装的过程会超级慢，得有梯子，不然连接不到Github下包错误。

1.2安装GCC

这一步由于网络问题会非常慢，命令为：

brew install gcc

1.3Rscript 环境

进入链接，选择Ubuntu：The Comprehensive R Archive Network

根据官网命令逐个输入运行：

sudo apt update -qq

sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

运行结束后输入命令

sudo apt install --no-install-recommends r-base

1.4Vsearch、HMMER3安装

在这里是软件包里已经集成了，可以不用下载。如果下载，则分别从：https://sourceforge.net/projects/vsearch/和HMMER中下载

2、Parallel-Meta Suite安装

2.1下载

Linux链接地址：http://bioinfo.single-cell.cn/Released_Software/parallel-meta/3.7.3/parallel-meta-suite-3.7.3-src.tar.gz

2.2解压

命令：

tar -xzvf parallel-meta-suite.tar.gz

2.3安装

cd parallel-meta-suite
source install.sh

编译成果，编译的过程中可能有的包没下载好，按照以下步骤，进入Go环境下载：

R
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phylobase")  # 先安装 phylobase
install.packages("adephylo")       # 再安装 adephylo
q()

五、使用项目

基于 GUI 的配置并在本地计算机中运行

这里只做这个示例，其他应用场景按照官方步骤。

我们是在WSL环境下，配置安装的，直接打开电脑，进入指定目录双击Index

下面就可以按照提示上传数据集进行分析。