import org.openbabel.*;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
public class Test{
public Test() {
System.loadLibrary("openbabel_java");
}
public void run() throws Exception{
OBConversion c = new OBConversion();
OBMol mol = new OBMol();
String[] OriSMILES = {
"O=C(C(C(C1([H])[H])=C(C2C(=C3[H])[H])[H])=C(C=2C(=C3[H])[H])[H])C(=O)C(=O)1",
"ClC(=C(C(Cl)=C1[H])C(=O)C(=C(C(=C2Cl)[H])[H])C(=C2[H])[H])C(=C(C(N(N=N3)C(N([H])[H])=C3C(=O)N([H])[H])([H])[H])1)[H]",
"O=C(N(C(=C(C(=C2[H])[H])[H])C(=C2[H])[H])C(=C1C([H])([H])[H])[H])C(=C1[H])[H]",
"S(=O)(C(C(C(C(N=C=S)([H])[H])([H])[H])([H])[H])([H])[H])C([H])([H])[H]"
};
int num = OriSMILES.length;//数组中元素的个数
String[] canSMILES
利用Openbabel将SMILES转化为canonical SMILES
最新推荐文章于 2024-08-08 08:04:44 发布
本文介绍了如何利用Openbabel将SMILES字符串转换为标准的(canonical)SMILES。首先,需要安装Openbabel并将其路径添加到系统环境变量Path中。接着,可以使用Openbabel的图形界面进行转换,或者将openbabel.jar加入到CLASSPATH,通过Java脚本来执行转换任务。在使用Java脚本方式时,确保系统能够访问dll文件,以避免运行时错误。
摘要由CSDN通过智能技术生成