用R语言进行方差分析

R语言中与方差分析有关的包有car、gplots、HH、rrcov、multicomp、effects、MASS和mvoutlier。

单因素方差分析

#运用multcomp包中的cholesterol数据
library(multcomp)
attach(cholesterol)

#查看疗法特征变量
table(trt)

trt
 1time 2times 4times  drugD  drugE 
    10     10     10     10     10 

#查看各组的均值以及方差
aggregate(response,by=list(trt),FUN=mean)

  Group.1        x
1   1time  5.78197
2  2times  9.22497
3  4times 12.37478
4   drugD 15.36117
5   drugE 20.94752

aggregate(response,by=list(trt),FUN=sd)

  Group.1        x
1   1time 2.878113
2  2times 3.483054
3  4times 2.923119
4   drugD 3.454636
5   drugE 3.345003

#检验组间差异(ANOVA)
fit <- aov(response ~ trt)
summary(fit)    #这里显著说明组间存在差异

            Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
trt          4 1351.4   337.8   32.43 9.82e-13 ***
Residuals   45  468.8    10.4                     
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1


#绘制组间差异以及置信区间
library(gplots)
plo