洛谷 P1140 相似基因

题目背景

大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸，简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATG和GTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入输出格式

输入格式：

共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式：

仅一行，即输入基因的相似度。

输入输出样例

输入样例#1：

7 AGTGATG
5 GTTAG

输出样例#1：

14

先打个表，类似于最长公共子序列。

#include<algorithm>
#include<iostream>
#include<cstdio>
using namespace std;
const int N=105;
int l1,l2,a[N],b[N],f[N][N];
int s[6][6]={{0,0,0,0,0,0},{0,5,-1,-2,-1,-3},{0,-1,5,-3,-2,-4},{0,-2,-3,5,-2,-2},{0,-1,-2,-2,5,-1},{0,-3,-4,-2,-1,0}};
char s1[N],s2[N];
int fnd(char ch)
{
	if(ch=='A')
		return 1;
	if(ch=='C')
		return 2;
	if(ch=='G')
		return 3;
	if(ch=='T')
		return 4;
	return 5;
}
int main()
{
	scanf("%d%s%d%s",&l1,s1+1,&l2,s2+1);
	for(int i=1;i<=l1;i++)
		a[i]=fnd(s1[i]);
	for(int i=1;i<=l2;i++)
		b[i]=fnd(s2[i]);
	for(int i=1;i<=l1;i++)
		f[i][0]=f[i-1][0]+s[a[i]][5];
	for(int i=1;i<=l2;i++)
		f[0][i]=f[0][i-1]+s[5][b[i]];
	for(int i=1;i<=l1;i++)
		for(int j=1;j<=l2;j++)
			f[i][j]=max(f[i-1][j-1]+s[a[i]][b[j]],max(f[i-1][j]+s[a[i]][5],f[i][j-1]+s[5][b[j]]));
	printf("%d\n",f[l1][l2]);
	return 0;
}