安装不同来源R包的方法

R语言教程：https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/intro.html

R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于多种R包用于实现各种各样的功能。
接下来介绍不同来源R包的安装方法

参考链接：
“R语言入门之R包的安装” ： https://zhuanlan.zhihu.com/p/129069910

1）R官网 （https://www.r-project.org/）
查看所安装包是否在R上：
https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html
如果在R官网中，那么可以在Rstudio上输入以下命令

install.packages("fitdistrplus")

如果下载的R包不在R官网上，可能在Bioconductor和Gitlab上

2）Bioconductor
查看Bioconducor上能安装的R包：http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html，在这个界面内，包含了多种类型的R包，如 Software (2041)，AnnotationData (974)，ExperimentData (406)，Workflow (29)。

install.packages('BiocManager')
library(BiocManager)
BiocManager::install('edgeR')

3）Gitlab
查看Gitlab来源的包：https://gitlab.com/explore，在这个界面可以查看需要的包

install.packages('devtools')
library(devtools)
devtools::install_gitlab('gertvv/gemtc')

Note!
安装Gitlab来源的包，可能需要安装Rtools包,这里需要Rtools中的 gcc+编译器 。
Rtools：是windows下制作R包的一系列工具，其中CYGWIN在Windows环境下模拟UNIX环境；MinGW编译器可用来编译C和Fortran语言。
Rtools下载位置：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
安装Rtools教程
参考链接：
“Rtools下载与安装(win10)” ：https://zhuanlan.zhihu.com/p/346947595

4）Github
查看Github来源的包：https://github.com/explore，在这个界面查看需要的包
查看到所需要的包以后

install.packages('devtools')
library(devtools)
devtools::install_github('Yoseflab/SymSim')

Note!
安装Github的R包，可能会报错，并提醒安装Git .
参考链接：
“R报错：Failed to install ‘IRkernel‘ from GitHub: Git does not seem to be installed on your system.” ：https://blog.csdn.net/qq_45154565/article/details/110171965

5) 手动安装

参考链接：
“总结一下手动安装R包” ： https://www.jianshu.com/p/2a7a36414734

setwd("F:\\CNV\\Paper\\Case-control\\mHMM")#设置本地路径
install.packages("mHMM_1.0.zip",repos=NULL)#安装