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生物信息学
文章平均质量分 59
生物信息学基础
劳工小朋友
高中生,劳动工人,掌握技能,自渡渡他。
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monocle的算法
参考内容https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2599-6monocles分析差异基因利用了一个广义加和模型:generalized addictive model (depending on smoothing functions)。Y:the gene expression levelXi:the predictor variable that expresses the cell c原创 2021-09-01 23:44:41 · 253 阅读 · 0 评论 -
细胞类型注释
细胞类型注释:根据细胞的特征基因(marker基因)进行注释,一般情况是预先并不知道该特征基因对应的细胞类型,所以需要通过用细胞的特征基因对细胞类型进行注释,判断。注释的方法:2. 自动注释:SingleR, Cellassign, Celaref, Garnett, scTPA, Cell Blast, scCATCH.SingleR注释:main大类注释fine小类注释手动注释:经典的细胞marker, 来自于文献整理。...原创 2021-08-10 10:00:12 · 6936 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序的marker基因
参考内容single cell marker 基因数据库https://www.jianshu.com/p/9d7789cc6d97CellMarker:用来做细胞标记,很nicehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/300613622数据库:cellMarkerhttp://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/search.jsp?species=Human&tissue=Blood&cellname=B%20原创 2021-07-23 13:19:41 · 3182 阅读 · 0 评论 -
基因序列的保守性分值
phyloP46way_placental: PhyloP预测结果(dbNSFP version3.0),基于46个哺乳动物物种的多序列比对得到位点的保守性分值,分值越大,位点越保守。该分值考虑的是变异位点的保守性,而非考虑该位点上的碱基,所以无论该位点上是同义突变还是非同义突变,score都相同。该分值用来寻找具有功能重要性的位点,利用这些score值,能够推断出疾病易感性位点http://www.360doc.cn/mip/966143054.htmlpython3.8with open("C:\原创 2021-07-03 21:42:33 · 4190 阅读 · 1 评论 -
GEO数据库数据下载
GEO(Gene Expression Ommius datasets):该数据库搜集了大量表达谱,甲基化,lncRNA,miRNA,CNV等芯片数据该数据信息包括了:GPL:GEO Platform 数据平台GSM: GEO Sample 样本的IDGSE: GEO Series 研究IDGDS: GEO Datasets 数据集的ID该数据类型包括了:SOFT:包括了探针与基因对应关系的注释文件,样本单独表达量,所有信息文件。MINIML : XML格式的所有数据Series原创 2021-07-21 17:21:54 · 1695 阅读 · 0 评论 -
安装miniconda 及 生物学软件
安装miniconda参考内容https://www.bilibili.com/video/BV1MV41117SD?from=search&seid=14095988536494616638下载安装miniconda的bash脚本mimiconda有不同平台的,由于我使用的是linux,因此采用linux版本的miniconda: Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下载成功后,直接运行安装的脚本。设置miniconda安装目录安装成功后,激活co原创 2021-07-21 15:28:38 · 408 阅读 · 0 评论 -
R包 splatter
splatter包如何下载?splatter包是模拟单细胞测测序数据的R包,可以从Bioconductor官网上下载。如何寻找帮助理解运行splatter包?了解splatter包的帮助信息可在R上通过以下方式寻求帮助。library(help = "splatter")该方式会在R的control界面上显示帮助信息。其次在安装包的安装位置找到doc文件夹,里面有小品文,可获得相关帮助信息:R-script, html, pdf。在Bioconductor官网上,对于每一个R包,也有R原创 2021-07-09 11:15:05 · 636 阅读 · 0 评论 -
scRNA-seq Course 学习
昨天和今天都在学习scRNA-seq测序的教程。scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析,便于研究细胞的异质性。scRNA-seq和bulk-RNA-seq相似,区别只在于研究的细胞数量,后者是对同一组织的大量细胞进行转录组的分析,而前者是对单个细胞进行转录组分析。scRNA-seq的流程是制备单细胞,单细胞水平测序,数据分析。昨天看到了分离单细胞和测序平台的方法上。在分离单细胞方法有mirco-well plate、micro-fluid seq, droplet seq,分别是让细胞在微板上原创 2021-07-07 15:04:56 · 5974 阅读 · 0 评论