基因序列的保守性分值

最新推荐文章于 2023-02-16 10:01:58 发布

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分类专栏：生物信息学文章标签：生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/Seraph09/article/details/116977501

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本文介绍了如何通过PhyloP46way_placental工具，基于46种哺乳动物物种的多序列比对，计算基因位点的保守性得分，用于寻找潜在的功能重要性和疾病易感性相关位点。代码示例展示了如何读取并分析circularRNA文件中的长度和特征信息，并对比ORF列表的独特元素。

摘要由CSDN通过智能技术生成

phyloP46way_placental: PhyloP预测结果(dbNSFP version3.0)，基于46个哺乳动物物种的多序列比对得到位点的保守性分值，分值越大，位点越保守。该分值考虑的是变异位点的保守性，而非考虑该位点上的碱基，所以无论该位点上是同义突变还是非同义突变，score都相同。该分值用来寻找具有功能重要性的位点，利用这些score值，能够推断出疾病易感性位点
http://www.360doc.cn/mip/966143054.html

python3.8

代码1

with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\circularRNA.bed_fasta",'r') as f:
    length = []
    for value1 in f.readlines():
        if value1.find('>') != 0:
            length.append(len(value1))
    print (min(length)) #返回最小值
    print (max(length)) #返回最大值

代码2

with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\circularRNA.bed_fasta",'r') as f:
    length = []
    circularRNA = []
    num = 0
    for value1 in f.readlines():
        if value1.find('>') != 0:
            length.append(len(value1))
        if value1.find('>') == 0:
            num +=1
            circularRNA.append(value1[1:17]) #打印的是下标为1到16（不包含17）的元素
            
    print (min(length))
    print (max(length))
    print (num)
    print (circularRNA)

with open("C:\\Users\\admin\\Desktop\\wufeizhen\\features\\circularRNA.bed_fasta_ORF",'r') as f2:
    orf = [] 
    for value2 in f2.readlines():
        if value2.find('hsa') == 0:
                num +=1
                orf.append(value2[0:16])
        print (orf)

    
orf_set = set(orf)
circularRNA_set = set(circularRNA)
a_alone = circularRNA_set - orf_set #计算两个列表集合之间的差集

print(len(a_alone)) #计算列表中的元素个数
print(a_alone)