几个简单的加快R运行的技巧

使用vector

避免使用for loop

以求均值为例，以下三种方式，按从快到慢排序：

# vector
data$mean <- rowMeans[data[, c(1,2)]]

# apply
data$mean <- apply(data, 1, mean)

# loop

如果用loop的话, 考虑使用set

M = matrix(1,nrow=100000,ncol=100)
DF = as.data.frame(M)
DT = as.data.table(M)
system.time(for (i in 1:1000) DF[i,1L] <- i)   # 591.000s
system.time(for (i in 1:1000) DT[i,V1:=i])     #   1.158s
system.time(for (i in 1:1000) M[i,1L] <- i)    #   0.016s
system.time(for (i in 1:1000) set(DT,i,1L,i))  #   0.027s

多使用which选择行

system.time({
  want = which(rowSums(df) > 4)
  output = rep("less than 4", times = nrow(df))
  output[want] = "greater than 4"
})

ps. 别忘了which.