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RSS订阅原创 LiP-MS与TPP联用：千金藤素在高尿酸血症中的抗神经炎症作用
然而，尿酸诱导胶质细胞炎症的精确机制尚不清楚，且尚未确定有效的药物来抑制尿酸诱导的神经炎症。，针对与尿酸诱导炎症相关联的靶标开展研究，并在体外与体内实验中均验证了CEP所呈现出的抗神经炎症效果，由此为预防以及治疗高尿酸关联的中枢神经系统疾病筑牢了科学依据，提供了有力支撑。，并通过网络分析发现PPP2R1A与NF-κB信号通路相关，并且通过进一步的分析显示，与尿酸相互作用后，多个参与炎症反应的蛋白如CAV1、PIK3R4、PIK3CA等的表达水平发生了变化，表明这些蛋白可能在尿酸诱导的神经炎症中发挥了作用。
2025-04-30 15:07:26
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原创 TPP揭示前列腺癌细胞焦亡的细胞靶点
研究的优势在于结合多种先进技术，不仅确定了CNPY3为GBA的关键靶点，还阐明了其通过去乳酸化影响溶酶体稳定性的分子机制。为了验证GBA与CNPY3的结合，研究首先通过表面等离子共振（SPR）分析测定了它们的结合亲和力，确定了结合常数（KD）为278 nM，表明GBA与CNPY3之间存在强相互作用。根据先前的研究，在TPP实验中使用的配体浓度通常低于药物处理所用的浓度。是从藤黄属植物的干树脂中提取的一种笼状黄酮成分，先前的研究表明GBA能够抑制多种癌症的肿瘤形成和转移，但其作用细胞靶点尚不清楚。
2025-04-28 16:40:14
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原创 联用 LiP-MS 技术与 SPR 技术鉴定和验证蛋白相互作用
一方面，可用于研究药物与蛋白靶点的相互作用，先通过LiP-MS初步筛选出药物候选分子作用的潜在蛋白靶点，再借助SPR技术详细评估药物与靶点的结合特性，从而加速药物研发进程，提高研发成功率；研究利用LiP-MS技术对肺组织裂解液中的蛋白进行了分析，以确定与3-HAA相互作用的蛋白。通过对质谱数据的处理和筛选，鉴定了出与3-HAA相互作用的潜在蛋白，其中FTH1表达的变化与铁死亡的抑制密切相关，可作为潜在的治疗靶点，这一发现为后续深入研究 3-HAA的作用机制提供了关键线索。
2025-04-25 14:16:52
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原创 LiP-MS：开启癌症生物标志物发现的新篇章
LiP-MS技术的优势在于其能够揭示蛋白质构象变化及其相关的生物学过程，从而为癌症的诊断和预后提供新的生物标志物。与传统的基于蛋白质丰度的方法相比，LiP-MS能够检测到更丰富的生物学信息，尤其是在蛋白质动态范围较大的复杂生物基质中。例如，TKT的上调和IGHA1的糖基化修饰变化可以作为潜在的诊断和预后标志物，帮助临床医生制定更精准的治疗方案。：研究发现，与健康对照组相比，OSCC患者的唾液中存在253种具有显著结构变化的蛋白质，而传统的基于胰蛋白酶消化的蛋白质组学方法仅能识别23种差异蛋白质。
2025-04-24 14:02:13
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原创 SPR技术在蛋白质相互作用研究中的原理与应用探析
无需对蛋白质进行荧光标记等预处理，可在分子相互作用的自然状态下，实时记录结合和解离的动态过程，提供完整的动力学信息，包括结合速率常数（k_on）、解离速率常数（k_off）以及平衡解离常数（K_D），从而准确评估蛋白质间的亲和力和相互作用机制。3.结果与分析：SPR技术测得的酶—底物结合动力学参数显示，在某一特定酶促反应体系中，底物与酶的结合速率较快且亲和力适中，为后续深入研究该酶的催化循环过程以及筛选具有更高抑制活性的小分子化合物提供了精确的定量数据，加速了药物研发进程。
2025-04-23 13:55:07
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原创 热蛋白质组分析（TPP）：解析病原体与宿主细胞相互作用的新利器
在沙门氏菌感染的研究中，TPP不仅帮助研究者区分了活菌与死菌感染引起的宿主细胞响应，还揭示了关键蛋白的热稳定性变化和新的分子相互作用。未来，随着TPP技术的不断完善和应用范围的扩大，它有望在更多的病原体-宿主相互作用研究中发挥作用，为感染机制的理解和新型治疗靶点的发现提供重要支持。然而，蛋白热稳定性变化在活STm和HK-STm处理之间的相关性较低，尤其是在感染4小时后，这与STm的SPI-2效应子注入和细胞内增殖时间一致，表明活STm对宿主蛋白热稳定性有广泛影响。STm感染会影响宿主蛋白质的热稳定性。
2025-04-21 16:24:45
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原创 热蛋白质组分析技术（TPP）在前列腺癌治疗研究中的应用
实验发现，VNPP433-3β与LSS的结合能为-10.2kcal·mol⁻¹，与CYP51A1的结合能为 -9.9kcal·mol⁻¹，表明其与这两种蛋白质具有较强的结合亲和力。随后，通过高分辨率质谱技术对收集到的蛋白质进行分析。近年来，随着该技术的不断发展和完善，其在药物研发中的应用越来越广泛，尤其是在癌症治疗研究方面展现出巨大的潜力。从研究结果来看，其为新型前列腺癌治疗药物的开发筑牢了根基，提供了坚实的理论支撑，同时，TPP技术在揭示药物作用原理方面的卓越效能及巨大应用潜力也得以充分彰显。
2025-04-18 16:09:46
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原创 热蛋白质组分析（TPP）与多组学技术整合：揭示复杂分子机制的协同策略
例如，在研究PARP抑制剂（如Olaparib）对卵巢癌细胞的作用时，TPP与转录组学和磷酸化蛋白质组学数据的整合揭示了PARP抑制对DNA损伤响应、细胞周期调控以及干扰素信号通路的综合影响。例如，在PARP抑制剂的研究中，磷酸化蛋白质组学数据揭示了ATM-ATR轴的激活，而TPP数据则捕捉到相关激酶（如CDK1和CHEK2）的热稳定性变化。例如，在PARP抑制剂的研究中，转录组学数据揭示了干扰素信号通路的转录激活，而TPP数据则捕捉到相关蛋白质（如MX1和OAS1）的热稳定性变化。
2025-04-17 11:29:31
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原创 蛋白质-蛋白质相互作用的常用方法及其技术优势
这些技术各具特色，从捕获稳定和瞬时相互作用的AP-MS，到解析动态相互作用的PL-MS，再到提供结构信息的LiP-MS和TPP，它们为研究天然免疫系统中的PPIs提供了多样化的工具。该方法通过将目标蛋白与标记酶融合，在激活酶后产生短寿命的自由基，与邻近蛋白质形成共价键，然后通过链霉亲和素亲和纯化和质谱分析鉴定标记的蛋白质。近年来，基于质谱（MS）的技术已成为研究 PPIs 的有力工具，凭借其卓越的灵敏度和特异性，这些方法能够系统性地解析蛋白质复合物，并在复杂的信号转导网络中揭示相互作用的对应关系。
2025-04-15 16:29:58
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原创 STRING Viruses数据库——病毒与宿主互作的“百科全书”
作为国际知名数据库STRING的专精分支，STRING Viruses专注于收录病毒蛋白与宿主蛋白的相互作用信息，涵盖HIV、HPV、流感病毒等超200种病原体。在PubMed摘要中的共同提及（Co-Mentioned in PubMed Abstracts）在人工整理数据库中的关联（Association in Curated Databases）凭借其权威的病毒-宿主蛋白互作数据，已成为全球科研者的“利器”。⭐免费数据下载：团队持续补充最新研究成果，互作信息均可免费下载。
2025-04-15 14:23:21
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原创 TPP技术：解锁癌细胞中药物-蛋白质相互作用的钥匙
未来，随着TPP技术的不断发展和完善，其在癌症治疗中的应用前景将更加广阔，有望为癌症患者带来更加有效的治疗方案和更高的生存率。例如，通过监测抗癌药物处理后相关蛋白的热稳定性变化，TPP能够揭示药物与靶点的直接相互作用，为新型抗癌药物的开发提供关键靶点信息。例如，研究通过TPP技术成功筛选出HnRNP A2/B1作为雷公藤内酯（Triptolide, TP）抗肿瘤作用的潜在直接靶点，不仅揭示了TP的多靶点协同机制，还为天然产物药物靶点的快速筛选提供了新的技术手段。
2025-04-14 16:35:35
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原创 热蛋白质组分析（TPP）：解锁蛋白质相互作用的全新视角
是一种创新的生物物理技术，它基于蛋白质在加热时的热稳定性变化，揭示蛋白质相互作用的动态网络。TPP的独特之处在于，它不仅能够检测稳定的蛋白质复合物，还能捕捉传统方法难以发现的瞬时和弱相互作用。例如，在研究热休克蛋白（HSP90）的客户蛋白网络时，TPP成功揭示了这些瞬时相互作用的动态特性，为理解蛋白质折叠和细胞应激反应提供了全新视角。例如，在病毒-宿主相互作用研究中，TPP技术帮助研究人员深入理解病毒如何通过改变宿主蛋白质的热稳定性来调控感染过程，为抗病毒药物的开发提供了新的靶点。则是细胞功能调控的基石。
2025-04-09 13:48:35
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原创 TPP实验：药物靶点筛选的精准导航
结合高分辨率质谱（MS）技术，TPP实现了全蛋白质组水平的定量分析，为药物靶点的精准筛选提供了强大的技术支持。例如，在抗炎药物机制研究中，TPP技术能够揭示药物与炎症相关蛋白的直接相互作用，从而为新型抗炎药物的开发提供关键靶点信息。随着技术的持续优化，TPP有望成为药物靶点发现和药物开发的标准化工具，为复杂疾病的治疗提供创新性解决方案。总体而言，组织TPP通过整合动物整体水平的蛋白质组状态和相互作用，为理解药物治疗和生物现象的影响提供了全局视角，为表型组织研究开辟了新的路径。
2025-04-08 14:14:50
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原创 深度解析宿主-病毒互作奥秘 | STRING Viruses数据库如何助力感染性疾病研究？
用于收集冠状病毒与宿主的物理相互作用基因，这些基因数据与遗传风险基因及生物调节基因一起，被整合到一个方向性病毒-宿主互作网络中。本文研究了结直肠癌（CRC）中病毒与宿主的相互作用，通过分析病毒宿主网络和CRC蛋白质组数据，揭示了核心病毒网络特征，并筛选出潜在的抗病毒小分子。研究意义：这篇文章通过整合多源数据构建方向性网络，创新性地筛选出具有潜在治疗效果的药物，为冠状病毒相关疾病的药物重新定位提供了新策略，有助于加速COVID-19治疗药物的开发并减少药物副作用。
2025-04-08 10:42:01
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原创 TPP与蛋白质翻译后修饰：开启蛋白质研究的新维度
TPP（Thermal Proteome Profiling）实验又名热蛋白组学分析，是一种基于热稳定性的蛋白质组学分析技术，通过测量蛋白质在不同温度下的热稳定性变化，揭示蛋白质与小分子药物、代谢物或其他分子的相互作用。TPP实验与蛋白质翻译后修饰的结合为研究蛋白质的动态行为和功能调控提供了强大的工具。通过揭示PTM对蛋白质热稳定性的影响，TPP实验能够深入解析蛋白质的功能调控机制，并在药物研发、疾病机制解析和蛋白质功能研究中展现出广阔的应用前景。为研究蛋白质的动态行为和功能调控提供了独特的视角。
2025-04-07 14:28:33
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原创 TPP实验技术的实验原理与流程
TPP技术基于小分子与蛋白质结合后，改变蛋白质的热稳定性。具体来说，当细胞或细胞提取物被分为多份，分别在一系列不同温度下加热后，与小分子结合的蛋白质会表现出更高的热稳定性，其热变性中点温度（Tm）会相应提高。1.不适用于热不敏感蛋白：一些蛋白质需要在极端的温度条件下才会表现出热稳定性变化，还有一些蛋白质与配体结合后不会明显改变其热稳定性，这种情况下用TPP的方法不可能将这些蛋白质识别。3.硬件上的局限性：TPP是基于质谱的蛋白组学测定，仍然是一种低通量方法，并且缺乏对低丰度蛋白质检测的敏感度。
2025-04-01 13:48:55
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原创 CETSA技术的实验原理及流程
最终，利用蛋白免疫印记法（Western blotting），可以检测到与药物结合的靶点蛋白，从而验证药物与靶蛋白的相互作用。CETSA是一种前沿生物技术，无需标记或修饰蛋白质，可在生理条件下直接评估药物与靶点的结合。CETSA能够验证药物是否与预期的靶蛋白结合，通过比较药物处理组和对照组的蛋白降解情况，可以确定药物与靶蛋白的结合效率。在疾病的研究过程中，CETSA技术可用于组织裂解液，对比正常和病变组织蛋白质热稳定性差异，筛选生物标志物，如可以从肿瘤组织中筛选出热稳定性不同的蛋白质可用于肿瘤诊断。
2025-03-31 15:52:32
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原创 组学数据分析实操系列 | （六）蛋白相互作用域可视化分析
A：相比而言，小分子-蛋白对接的可靠性更高，而蛋白-蛋白对接因为蛋白结构较大，而且会有结构柔性变化，因此较难预测。通过图片，我们可以观察到ENOA与GAPDH的相互作用依赖于其相互作用界面的氨基酸残基，总共涉及到ENOA蛋白上的10个氨基酸残基与GAPDH上的9个氨基酸残基间的相互作用（如GAPHD的第45位TYR45与ENOA的第399位ARG399和第401位GLU401相互作用）（图12）。A：如果有完整序列的PDB结构，优先使用PDB结构，如果没有，则可以使用AlphaFold结构。
2025-03-31 10:41:57
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原创 组学数据分析实操系列 | （五）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）
即Protein–protein interaction(PPI) network，是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂，每一个蛋白都是一个节点，多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构，故称之为蛋白互作网络。分析蛋白互作网络的目的是什么呢？主要有两点：一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作用关系，这一点对于一些IP-MS研究很重要；另一方面，我们还能筛选出一些处于蛋白互作网络上关键节点的蛋白，这对于生物标志物的筛选具有指导意义。
2025-03-25 17:31:20
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原创 组学数据分析实操系列 | （四）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）
我们对今天的分享内容做一下总结，STRING数据库分析结合Cytoscape绘图是当下进行蛋白互作网络分析所使用的主流方法，对于PPI网络的美化及进阶处理可以多借助一些插件，细节部分则可以根据个人喜好进行调整，最后就能做出既美观又高端的蛋白互作网络图啦。分析的起点是一组蛋白（名称或者ID号），它们可以来源于我们蛋白IP-MS筛选出来的所有互作蛋白，也可以是我们差异分析所筛选出来的全部差异表达蛋白，通常50-300个蛋白可以获得较好的图形展示效果。这就是今天我们介绍的蛋白互作网络分析构建的全部内容。
2025-03-24 16:00:32
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原创 Cell子刊 IF48.8 | 绘制 949 种癌细胞蛋白质组全景图，AI 算法锁定千种潜在药物靶点
从更广泛的层面来看，蛋白质和转录测量之间的相关性在不同基因之间存在差异，整体相关性并不强，中位数蛋白质-转录组皮尔逊相关系数为0.42。研究结果显示，对来自28种组织和超过40种遗传和组织学上不同的癌症类型的949种人类癌细胞系的蛋白质组，进行了定量并构建了泛癌症蛋白质图谱。蛋白质水平和转录水平之间的整体相关性并不强，而蛋白质组数据更能够捕获转录后调控和蛋白质稳态网络的影响，且某些蛋白质的表达水平与基因突变状态密切相关，表明了蛋白质水平的研究对于理解癌症的分子机制具有重要意义。
2025-03-21 10:39:20
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原创 组学数据分析实操系列 |（四） 富集气泡图的绘制
，我们介绍了利用Metascape零代码实现富集分析，但是Metascape的富集分析结果是以柱状图的形式展示的。”的形式外，该网站工具还提供了其它的富集分析结果可视化方式，下图展示的是其中两种形式。上一步点击后的页面分为两个部分，左边用于粘贴数据和调整参数，右边是对数据输入格式的说明。如果我们想把上述富集柱状图改为气泡图形式，或者在拿到富集分析结果表格后，经过调整阈值筛选进行重新绘图，该如何操作呢？这些工具提供了丰富的可视化选项，据以优化(富集) 分结果的展现形式，方便读者更好地理解和解释数据。
2025-03-19 14:28:39
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原创 如何轻松导出二级谱图？PDV工具来帮忙！
在搜索栏中输入目标蛋白的肽段序列或谱图编号（谱图编号可在搜库产生的combined文件夹中的evidence.txt文件的“MS/MS scan number”列中找到）。PDV（Proteomics Data Viewer）是一款基于java的可视化工具，它以简洁的界面和强大的功能，为蛋白质组学数据分析提供了极大的便利。在蛋白质组学研究中，二级谱图是鉴定蛋白质的“金钥匙”。找到目标谱图后，点击谱图下方的“Export”选项，选择“Spectra”可导出原始数据，选择“MGF”则生成对应的mgf文件。
2025-03-17 10:51:16
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原创 盘点【2024年中科院2区中药方剂机制研究文章】思路及工作量
使用Sybyl 1.3和AutoDock Vina对Rg1与121个潜在靶点的结合能进行评估，筛选出19种高分蛋白（总分>5.0，结合能≤-7 kcal/mol），包括PAH，MAPK1，DAPK1，MMP8，PYGL，ADK等，这些蛋白可能是Rg1的潜在结合靶点。在这种背景下，如何在中药方剂的机制研究中脱颖而出，发表高影响因子文章？，展示GO富集分析条形图、弦形图，以及KEGG富集分析气泡图和桑基图，并将药物关键活性成分与核心靶点进行分子对接，揭示药物作用的分子机制及具体靶点信息，助力后续实验验证。
2025-03-14 15:02:15
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原创 LiP-MS与TPP——探索药物靶点筛选新路径
LiP-MS适用于精确检测小分子与蛋白质的结合位点及动态构象变化，而TPP擅长评估小分子对蛋白质整体热稳定性的影响。具体来说，小分子与蛋白质结合可能使蛋白质局部结构更紧密或松散，改变蛋白酶识别和切割的位点。通过比较药物处理组和对照组蛋白质酶切片段的差异，可识别出与小分子结合的蛋白质及其作用位点。TPP技术基于小分子与蛋白质结合后，改变蛋白质的热稳定性。2.基于蛋白质性质变化：都依赖于小分子与蛋白质结合后引起的蛋白质性质变化，LiP-MS关注构象变化导致的酶切位点可及性改变，TPP关注热稳定性变化。
2025-03-12 11:04:31
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原创 DGIdb：解锁“基因-药物互作”的精准医疗钥匙
DGIdb（Drug-Gene Interaction Database）是全球领先的基因-药物互作数据库，它允许用户搜索靶向特定基因的药物，涵盖美国食品及药物管理局（FDA）批准的药物、实验药物以及在研药物，并提供适应症、靶基因和相互作用类型等详细信息。无论是临床疑难病例的个体化治疗，还是基础研究中的靶点筛选，高效且精准的数据解读都是核心挑战。*图中展示了药物-基因相互作用，每个基因都与药物类别相连，每个线的宽度由每个类别中已知与每个基因相互作用的药物数量决定。1.2 它能解决什么问题？
2025-03-10 15:08:15
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原创 LiP-MS：解锁疾病生物标志物的“密码”
LiP-MS技术以其独特的优势和强大的功能，为疾病生物标志物的发现和应用提供了全新的视角和方法。在当今的医学研究领域，疾病生物标志物的发现和应用对于疾病的早期诊断、治疗监测和预后评估具有至关重要的意义，传统诊断方法往往受限于对疾病标志物的敏感性和特异性不足，难以在疾病初期及时捕捉到关键的病理信息，从而使得许多患者在确诊时已错过最佳治疗时机。LiP-MS（有限蛋白水解质谱技术）作为一种新兴的蛋白质研究技术，以其独特的优势和强大的功能，能够从复杂的生命系统中精准识别出与疾病状态紧密相关的生物。
2025-03-06 11:01:04
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原创 时间分辨有限蛋白酶解质谱法：揭示聚合物与蛋白质相互作用的利器
LiP-MS技术不仅在蛋白质与聚合物的相互作用研究中表现出色，还能够轻松拓展至蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子等更广泛的相互作用研究领域。展望未来，随着LiP-MS技术的持续进步与创新，我们有充分的理由相信，这一领域将迎来更多的突破与惊喜，为生物医学研究带来更为广阔的前景。然而，这些聚合物与蛋白质的相互作用机制尚不完全清楚。通过LiP-MS精确分析聚合物与蛋白质结合后的结构变化，该研究在研究干扰素α2a（IFN-α2a）与不同聚合物的相互作用时，LiP-MS揭示了聚合物在蛋白质表面的结合位点和结合强度。
2025-03-04 15:58:28
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原创 LiP-MS：癌症早期诊断的新“曙光”
通过LiP-MS技术，研究者揭示了CALR突变导致的伴侣功能缺陷，影响了糖蛋白的折叠和成熟，特别是对髓过氧化物酶（MPO）的缺陷有分子层面的证据。LiP-MS技术在癌症早期诊断中具有重要的应用潜力，能够通过发现新型生物标志物、早期癌症筛查、个性化医疗以及技术优化与应用拓展等方面，为癌症的早期诊断和治疗提供强有力的支持。随着科学技术的飞速发展，一种名为。LiP-MS技术无需对研究的小分子进行化学修饰，避免了传统化学蛋白质组学方法中可能遇到的分子过大或活性降低的问题，增加了实验的可操作性和数据的真实性。
2025-03-03 16:08:11
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原创 DARTS技术：药物靶点筛选领域的“常青树”
自2009年首次被提出以来，DARTS技术已成功应用于多种药物和生物样本的靶标鉴定，并凭借其无需化学修饰、兼容复杂生物体系的技术优势，在药物发现、功能蛋白质组学及转化医学研究中持续发挥重要作用，成为迄今为止应用最广泛的靶点筛选方法之一。谱度众合是一家由武汉大学博士团队创办的科研服务企业，我们专注于利用质谱技术服务于生物标志物、药物靶点筛选、基础研究等蛋白质研究领域，我们在本专业细分领域持续深耕十几年，针对具体研究场景开发多种面向具体研究目的和论文发表需求的服务产品，助力于客户更轻松更高效的完成科研目标。
2025-03-01 11:30:00
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原创 武汉大学生命科学学院与谱度众合（武汉）生命科技有限公司举行校企联培座谈会
武汉大学生命科学学院副院长刘星教授、生命科学学院周宇教授、产教融合中心秘书李丹阳老师、2024级校企联培卓工专项同学，以及谱度众合总经理陈希博士、技术总监韩强强博士、行政总监康娥女士共同参加了本次座谈会。会议由学院副院长刘星教授主持。会议伊始，刘星院长对谱度众合团队的到来表示热烈欢迎，并强调校企联培是学院推进专业学位研究生教育改革的重要举措。此次会议为校企联培工作奠定了坚实基础，双方将遵循优势互补、互利共赢的合作原则，持续优化培养方案，共同为生命科学领域培养更多优秀人才，推动生物与医药产业的发展与创新。
2025-02-28 09:47:19
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原创 iTSA与LiP-MS：药物靶点筛选的双子星
小分子药物与蛋白质结合后，会引起蛋白质构象的变化，这种构象变化会影响蛋白酶的切割位点可及性，从而在有限的蛋白酶解过程中产生靶蛋白的特异性片段。通过小分子药物与蛋白质的结合引起蛋白质构象的变化，这种构象变化会影响蛋白酶的切割位点可及性，从而在有限的蛋白酶解过程中产生靶蛋白的特异性片段。的蛋白，便可被识别为与药物直接相互作用的蛋白，从而找到药物结合的靶蛋白，为药物作用机制的研究提供关键线索。基于热蛋白组学技术，通过在特定温度下进行热处理，检测蛋白质的热稳定性变化，从而揭示药物与蛋白质的相互作用。
2025-02-27 11:30:45
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原创 LiP-MS：揭开蛋白质翻译后修饰的神秘面纱
通过捕捉蛋白质在翻译后修饰状态下的构象变化，LiP-MS技术能够揭示翻译后修饰对蛋白质结构和功能的影响，为疾病机制研究和药物开发提供重要的线索。PTMs是细胞信号传导的重要组成部分，通过改变蛋白质的构象、定位、活性、稳定性、电荷和与其他生物分子的相互作用，最终影响细胞的表型和生物过程。LiP-MS（Limited Proteolysis Mass Spectrometry）即有限蛋白水解质谱技术，是一种通过小分子药物与蛋白质的结合引起蛋白质构象的变化，从而影响蛋白酶的切割位点可及性的技术。
2025-02-26 14:01:22
1310
原创 Nature Communications | 上皮性卵巢癌的蛋白质组学特征描述了不同组织学亚型的分子特征和治疗靶
浆液性癌（SC）特异性蛋白在细胞内运输和细胞通信中富集，如含蛋白的复合物定位和底物粘附依赖的细胞扩散（图6b）。除此之外，癌症标志的。显示，雌激素反应和氧化磷酸化标志蛋白在卵巢癌中表达上调，而凋亡、上皮间充质转化(EMT)、TNF-α信号通路和其他信号通路蛋白在卵巢癌中表达下调雌激素反应和氧化磷酸化标志在上调的蛋白质中过度表达，而细胞凋亡、EMT、通过NF-κB的TNFA信号传导等通路在EOC中下调的蛋白质中过度表达（图3d），这表明肿瘤细胞的增殖和转移可能是由这些异常的失调蛋白质和途径促进的。
2025-02-25 15:42:46
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原创 药物筛选试验的两把利刃——LiP-MS和小分子pull down
LiP-MS技术正是利用这一原理，通过比较小分子药物存在和不存在时蛋白质的酶切图谱，来确定小分子药物与蛋白质的结合位点和影响范围。它通过将小分子药物与生物素等亲和标签偶联，形成小分子探针，然后利用链霉亲和素磁珠等固相支持物来“拉”下与小分子药物结合的蛋白质。在小分子pull down实验中，首先将小分子药物与生物素等亲和标签偶联，形成小分子探针。与小分子药物结合的蛋白质会被磁珠捕获，经过洗涤去除非特异性结合的蛋白质后，洗脱并鉴定捕获的蛋白质，从而确定与小分子药物相互作用的靶点蛋白。
2025-02-24 15:24:18
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原创 湖北中医药大学&谱度众合（武汉）生命科技有限公司研究生工作站揭牌
2025年2月11日，湖北中医药大学&谱度众合（武汉）生命科技有限公司研究生工作站揭牌仪式在武汉生物技术研究院一楼101会议室举行，湖北中医药大学研究生院院长刘娅教授、基础医学院院长孔明望教授、基础医学院赵敏教授、基础医学院研究生管理科科长丁凤敏老师、研究生院陈乔老师、以及谱度众合总经理陈希博士、技术总监韩强强博士、培训总监王亮节博士、研发工程师李鑫博士、行政总监康娥女士共同参加了本次揭牌仪式。随后研发工程师李鑫博士介绍了研究生工作站建设期间，由校企合作共同研发的“中药靶点及作用机制研究一站式解决方案”。
2025-02-24 14:04:51
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原创 一文读懂临床研究注册！（附ChiCTR超详细实操）
在临床研究的旅程中，有一个关键的步骤常常被新手研究者遗漏，那就是临床研究注册。国际医学期刊编辑委员会（ICMJE）明确要求："所有临床试验在入组第一个对象之前必须进行国际注册，否则不予发表试验结果”。当前全世界至少有近600种医学期刊要求进行临床注册。
2025-02-21 09:54:13
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原创 化学蛋白质组学与药物靶点筛选：DARTS、LiP-MS、TPP、CETSA技术的深度解析
化学蛋白质组学技术的出现，为药物靶点筛选提供了强大的工具，化学蛋白质组学是一门研究细胞或组织中全部蛋白质的化学组成、结构、功能和相互作用的学科。由于小分子药物与蛋白质的结合可能引起蛋白质构象的变化，这种构象变化会影响蛋白酶的切割位点可及性，从而在有限的蛋白酶解过程中产生靶蛋白的特异性片段。LiP-MS 技术凭借其高分辨率的特点，能够精确检测小分子与蛋白质的结合位点，全面识别和检测多种类型的蛋白质-小分子相互作用，能够在接近生理条件下探测蛋白质的原位结构变化，揭示蛋白质在天然状态下的动态构象特征。
2025-02-20 16:04:11
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原创 LiP-MS：解锁中药奥秘的“钥匙”
具体来讲，生理状态下蛋白的动态变化会暴露出表面肽段的酶切位点，但是小分子药物与靶蛋白结合后，会在整体或者局部水平稳定蛋白的结构，这使得蛋白表面的肽段暴露和被蛋白酶酶切的可能性大大降低。在这个理论背景下，设置药物处理组与溶剂处理的对照组，同时以非特异性的蛋白酶进行处理，会在药物结合的靶蛋白上形成酶切位点（肽段）的差异，最后通过质谱检测来定量筛选出组间差异的肽段（蛋白），最终可以确认为药物作用的结合靶点。同时，每个项目均配备资深学术顾问和生物信息学专家，全方位助力您的科研成果发表，为您的研究保驾护航。
2025-02-19 11:25:34
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原创 组学数据分析实操系列 |（四） 富集气泡图的绘制
在上一篇中，我们介绍了利用Metascape零代码实现富集分析，但是Metascape的富集分析结果是以柱状图的形式展示的。”的形式外，该网站工具还提供了其它的富集分析结果可视化方式，下图展示的是其中两种形式。上一步点击后的页面分为两个部分，左边用于粘贴数据和调整参数，右边是对数据输入格式的说明。如果我们想把上述富集柱状图改为气泡图形式，或者在拿到富集分析结果表格后，经过调整阈值筛选进行重新绘图，该如何操作呢？接下来在表格区域输入数据，注意这个数据的信息排布与前一个工具有所不同，第一列YData输入。
2025-02-18 14:26:30
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