一文读懂|免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）全流程

蛋白质作为细胞功能的核心执行者，其功能实现并非孤立进行，而是通过与其它蛋白质、核酸或小分子形成精密的相互作用网络，协同调控细胞信号传导、代谢途径、基因表达等关键生物学过程。蛋白质相互作用组学作为系统生物学的重要分支，致力于在全基因组尺度上揭示蛋白质间的相互作用关系及其在生命活动中的动态调控机制。这一领域的研究不仅深化了我们对细胞内分子机制的理解，更为疾病的发生发展提供了全新的研究视角。尤其在癌症、神经退行性疾病和感染性疾病等重大疾病研究中，蛋白质相互作用网络的异常往往扮演着关键驱动因素的角色。

在蛋白质相互作用研究的技术体系中，免疫沉淀串联质谱分析（Immunoprecipitation coupled with Mass Spectrometry, IP-MS）凭借其独特优势成为不可或缺的研究工具。该技术巧妙地将免疫沉淀的高特异性与质谱分析的高灵敏度相结合，能够精确鉴定和定量目标蛋白质及其相互作用复合物。通过利用特异性抗体捕获目标蛋白质及其结合蛋白，IP-MS不仅可揭示蛋白质间的直接相互作用，还能解析蛋白质复合物的组成、动态变化及翻译后修饰等关键信息。这一技术平台在疾病机制解析、药物靶点筛选以及生物标志物发现等领域展现出重要的应用价值。接下来，本文将从实验原理、技术流程及应用场景等多个维度对IP-MS进行系统阐述。

IP-MS 原理

IP-MS是研究蛋白质相互作用的一种常用技术，其核心原理基于抗原与抗体的特异性结合。该技术通过利用特异性抗体与目标蛋白（抗原）结合，形成抗原-抗体复合物，随后通过免疫沉淀的方式将复合物分离出来。最后，结合质谱技术对复合物中的蛋白质进行鉴定和定量分析，从而实现对目标蛋白及其相互作用蛋白的检测与表达分析。

抗原-抗体复合物

IP-MS 步骤

• 免疫沉淀（IP）

免疫沉淀是IP-MS的第一步，利用特异性抗体从细胞裂解液或组织提取物中捕获目标蛋白质及其相互作用蛋白。具体步骤如下：

1. 提取蛋白：将细胞或组织裂解，释放出蛋白质复合物。
2. 抗原抗体结合：将特异性抗体与目标蛋白质结合，形成抗原-抗体复合物。
3. 复合物捕获：通过Beads将抗原-抗体复合物从样本中分离出来。
4. 洗涤：去除非特异性结合的蛋白质，提高实验的特异性。

• 蛋白质复合物的洗脱与制备

在免疫沉淀后，将目标蛋白质及其相互作用蛋白从Beads上洗脱下来，随后通过还原、烷基化和酶解（通常使用胰蛋白酶）等步骤将蛋白质消化成肽段，以便后续质谱分析。

• 质谱分析（Mass Spectrometry, MS）

质谱分析是IP-MS的核心步骤，用于鉴定和定量免疫沉淀获得的蛋白质复合物。具体过程如下：

1. 液相色谱分离（LC）：将肽段混合物通过液相色谱分离，减少样本复杂性。
2. 离子化：肽段经过电喷雾离子化（ESI）或基质辅助激光解吸离子化（MALDI）转化为气相离子。
3. 质谱检测：离子进入质谱仪，根据质荷比（m/z）进行分离和检测。常用的质谱技术包括串联质谱（MS/MS），通过碰撞诱导解离（CID）将肽段进一步碎裂，生成特征性碎片离子谱图。

• 数据分析与蛋白质鉴定

质谱产生的原始数据通过生物信息学工具进行分析，鉴定蛋白质及其翻译后修饰。同时，通过定量分析以比较不同条件下蛋白质相互作用的变化，并进行GO和KEGG注释、STRING蛋白互作数据库信息挖掘、蛋白互作网络图建立及蛋白互作动态变化和聚类结果分析等等。

IP-MS步骤图

IP-MS应用场景

• 蛋白质-蛋白质相互作用研究

通过特异性抗体捕获目标蛋白质，IP-MS能够鉴定与其直接或间接结合的蛋白质，从而绘制蛋白质相互作用图谱，如研究信号通路中关键蛋白质的相互作用网络。

• 翻译后修饰（PTM）研究

IP-MS可以用于研究蛋白质的翻译后修饰（如磷酸化、泛素化、乙酰化等）及其对蛋白质相互作用的影响，如鉴定特定修饰状态下的相互作用蛋白。

• 蛋白质复合物动态变化研究

IP-MS可以用于研究蛋白质复合物在不同生理或病理条件下的动态变化，如分析细胞周期、应激反应或信号通路激活过程中蛋白质复合物的组成变化。

• 生物标志物筛选

IP-MS能够从复杂生物样本（如血液、尿液、组织）中筛选疾病相关的蛋白质标志物，如鉴定癌症、心血管疾病等疾病早期诊断的标志物。

• 植物和微生物学研究

IP-MS在植物和微生物学研究中也有广泛应用，用于解析植物抗病机制、微生物代谢途径等，如研究植物免疫相关蛋白质的相互作用网络及解析微生物代谢途径中关键酶的相互作用蛋白。

IP-MS的优势

• 高特异性

IP-MS利用特异性抗体捕获目标蛋白质，能够从复杂的生物样本（如细胞裂解液、组织提取物）中高度特异性地富集目标蛋白质及其相互作用蛋白。

• 高灵敏度

质谱技术具有极高的灵敏度，能够检测到低丰度的蛋白质和肽段。结合免疫沉淀的富集作用，IP-MS可以鉴定到传统方法难以检测的蛋白质相互作用。

• 高通量

IP-MS能够一次性鉴定多个相互作用，蛋白提供全局性的蛋白质相互作用信息。现阶段质谱仪的高通量能力使得IP-MS可以在单次实验中分析数百甚至数千个蛋白质。

• 揭示蛋白质复合物的组成与动态变化

IP-MS不仅能够鉴定蛋白质相互作用伙伴，还可以解析蛋白质复合物的组成、动态变化以及翻译后修饰等信息。

本公司IP-MS产品介绍

本公司推出IP-MS蛋白互作组学解决方案，包含三项子项目：

• IP效果评估

IP效果评估产品基于样品中全蛋白和诱饵蛋白的质谱鉴定和定量数据评估IP实验成效，判断该样品是否满足进行互作蛋白筛选或动态互作组学的要求，在前期实验不理想的情况下尽快止损，并提供实验优化意见，以获得可靠和理想的IP-MS实验结果。

• 互作蛋白筛选

互作蛋白筛选产品根据实验组与对照组样品间全蛋白的定量差异筛选高可信度互作蛋白，并结合STRING数据库中已知的互作蛋白，建立完整的蛋白互作网络，通过互作网络重要性评分和功能注释富集分析辅助选择更可能具有研究意义的关键互作蛋白。

• 动态互作组学

动态互作组学产品通过不同条件下多个实验组样品与对照组样品间蛋白定量的差异，筛选出诱饵蛋白的相互作用蛋白，基于诱饵蛋白定量信息校正蛋白相互作用程度，并分析不同条件下蛋白相互作用程度的变化。

由客户提供IP实验获得的beads样品→谱度众合以高分辨液质联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告，报告内容包括：IP-MS实验效果和数据质量评估结果、高可信度互作蛋白列表和可用于辅助筛选关键互作蛋白的注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络分析、筛选和互作网络构建、结合公开蛋白互作数据库挖掘信息筛选互作网络关键节点互作动态分析等内容。