如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout | gzip -c > output.vcf.gz
说明：
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）
–chr n：选择染色体n，例：–chr 1
–recode：重新编码为vcf文件
–recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息
–stdout：标准输出，后接管道命令
–gzip -c：压缩
> output.vcf.gz：将结果输出到output.vcf.gz

基本的思想就是利用数据流重定向，把原来输出到屏幕上的数据定向">"到文件里

参考链接：http://vcftools.github.io/man_latest.html