城西小霸王-CSDN博客

原创基因组分析：VCF文件中位点提取以及R软件中的分析

VCF文件时基因组分析中最常见的文件类型，有时需要从中提取部分信息进行后续分析，在《vcf、plink文件格式互转》中我们已经提及了SNPs的提取方法：#在file.txt中， snp名字作为一列，无header，输出格式为vcfvcftools --gzvcf my.vcf --snps snps.txt --recode --recode-INFO-all --out filter.snp在实际应用中，还有许多变化，这里列出两个例子：1.根据染色体（CHR）和物理位置（PS）筛选SNP有些情

2021-09-23 13:54:45 11793 4

原创超大量数据绘图

最近遇到个问题，需要做一个散点图，but，问题是有一千多万个点。R是可以做, but，内存不够，或者耗时，再或者输出文件巨大无比，用Adobe Acrobat打开文件一直在画圈。显然，需要换思路。网上找到一个可以从超大量数据中取样的方法，分享给有需要的人原文链接：Plotting of very large data sets in R重要前提：画图的目的是展示趋势，而不是具体看某些点的位置，否则，涉嫌操纵数据，请结合自身需求使用。Problem is you can’t load all da

2021-09-22 18:57:10 1791

原创将散点图中的点根据分组与质心（centroid）相连

本文代码引用自：加拿大麦克马斯特大学数学与统计系教授Ben Bolker的Github页面（https://gist.github.com/bbolker/c2a8cff3c040f59195d3d5df5182cb5d#file-geom_cstar）ggplot2自带的stat_ellipse可以为分组添加椭圆，有些时候，我们想添加如图所示的质心连线，下面的公式简单易用:首先定义函数：library(ggplot2)StatCentSeg <- ggplot2::ggproto("Sta

2021-07-28 11:11:20 671

原创 vcf、plink文件格式互转

1.plink转vcfplink --file test --make-bed --out test_1 ###此步是将map和ped文件转换为二进制的文件plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf ###这样就把plink文件转换成vcf格式了2. 将vcf格式文件转化为plink格式文件vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink3. 也可使用plink进行转换plink --vc

2021-04-05 17:14:57 11417 4

原创使用R和Python操作大型数据文件

最近有些大型数据文件，每个大概500万行，用R read.delim或read.csv函数大概一个要读10分钟，于是在网上搜索快速解决方案，整理如下1. 读取大型文件工具：R data.table软件包函数：fread()> library(data.table)> dt1 <- fread("test.txt", sep = "\t",header = FALSE, na.strings = "NA") 实测，500万行，13列，64Gb Linux系统中，读取大概10

2021-04-05 16:33:17 344 2

原创微生物生态：从phyloseq对象输出β多样性箱线图

微生物生态：从phyloseq对象输出β多样性箱线图有些时候，β多样性的比较都是用排序的方法实现，但也可以换换口味，用箱线图比较，比如这样：这时候，需要利用Bray-Curtis，或者其他类型的距离矩阵，分组统计。如果你的距离矩阵包含在phyloseq里，那么下面的代码会帮你把phyloseq对象，转换为可以做箱线图的格式。library(phyloseq)physeq = merge_phyloseq(physeq, sampledata, random_tree)physeqwu = p

2020-12-11 09:04:07 3647 1

转载学习笔记（2):从零开始学习机器学习视频教程-几种特殊矩阵(旧)

人工智能作为现在最为火热的领域，使得机器学习被越来越多的人所了解。机器学习难学，主要的难度在于算法模型多不好理解，各种各样的工具不知道如何使用，实际项目不知道如何开发。本门课程将系统入门机器学习，课程内容不光是对算法的学习，还包括诸如算法的评价，方法的选择，模型的优化，参数的调整，数据的整理，等等一系列工作。让大家对机器学习算法有个全面的了解，并应用到你的实际项目中。整体课程...

2020-07-31 20:55:48 104

转载学习笔记（2):从零开始学习机器学习视频教程-矩阵特征值特征向量的计算