ANTs软件安装
写在最前面的,我使用的是Ubuntu18.04进行环境的安装与配置,安装ANTs前需要检查是否已经安装CMake以及ITK,如果已经安装了,请直接跳过前两个部分。本教程参考了医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南以及官方的安装指导
CMake安装
下载安装包
wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh
执行sh文件
sh cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh
继续输入
sudo apt-get install cmake-curses-gui
注意:如果在执行过程中,不能正确运行,那么请使用sudo
重新执行命令
ITK安装
下载ITK并解压,这里我我下载的版本是InsightToolkit-5.1.1
,因此在当前路径下有一个名称为InsightToolkit-5.1.1
的文件夹,创建ITK
文件夹并进入,之后进行构建ITK
mkdir ITK
cd ITK
ccmake /填写你的路径/InsightToolkit-5.1.1
键盘输入c
进行configure构建将这些参数BUILD_DOXYGEN, BUILD_EXAMPLES
, BUILD_SHARED_LIBS
,BUILD_TESTING调节为
调节OFF
,重新c
构建,不报错进行g
生成文件
make -j 2
安装完成
ANTs安装
ANTs官方安装指南
下载最新的代码,解压到安装路径获得得到的文件夹为ANTs
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
运行CMake去构建配置
如安装ITK类似,首先创建文件antsbin
并进入,通过ccmake将ANTs
文件进行编译
mkdir antsbin
cd antsbin
ccmake /填写你的路径/ANTs
在Terminate出现新的命令之后,输入c
进行配置,将参数SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL
,BUILD_TESTING
,RUN_LONG_TESTS
,RUN_SHORT_TESTS
置为OFF
,重新点击c
,没有报错之后输入g
生成
构建步骤
构建,tee
是用于在命令行显示输出结果
make 2>&1 | tee build.log
为了加速编译,可以使用多线程,如下,使用了双线程
make -j 2 2>&1 | tee build.log
多线程,需要占用更多的RAM和CPU资源,如果在多线程构建时看起来很慢,报错或者完全hangs up,尝试通过单线程构建,并将在CMAKE时将RUN_LONG_TESTS
关闭,或者完全关闭测试turning off testing entirely
编译成功
[100%] Built target ANTS
安装步骤
在完成编译之后,生成一个子目录ANTS-build
cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log
如果进行构建时,报错请尝试使用,以下语句进行重新构建
sudo make install 2>&1 | tee install.log
设置PATH与ANTSPATH
重要的步骤!重要的步骤!重要的步骤!
如果在安装的文件下并没有生成bin
文件,则可以通过以下方式在antsbin
文件夹中进行手动创建,并分别将/staging/bin
,ANTS-build/Example
以及/ANTS/Script
下的相关脚本文件拷贝进入即可
mkdir bin
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin
cp ./staging/bin/* ./bin
cp .. /ANTS/Script/* ./bin
拷贝之后通过设置PATH
与ANTSPATH
如下
sudo gedit ~/.bash_profile
在编辑器中输入,以下句式,并保存
export ANTSPATH=/your_path/antsbin/bin/
export PATH=PATH=${ANTSPATH}:$PATH
通过Terminate输入,使输入的语句进行生效
source ~/.bash_profile
路径设置完毕,检查安装,安装正确则会成功输出路径
which antsRegistration
输入并显示使用方法
antsRegistrationSyN.sh
注意:如果该步骤报错,可能存在的问题antsbin/bin
文件夹下缺失了一些脚本
如果成功则显示如下图所示
ANTs安装遇到的问题
在输入c
之后出现Could not find ZLIB
通过安装ZLIB
包即可
sudo apt-get install zlib1g-dev
重新点击c
进行配置