LInux环境下ANTs软件安装

ANTs软件安装

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写在最前面的，我使用的是Ubuntu18.04进行环境的安装与配置，安装ANTs前需要检查是否已经安装CMake以及ITK，如果已经安装了，请直接跳过前两个部分。本教程参考了医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南以及官方的安装指导

CMake安装

下载安装包

wget  https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh

执行sh文件

sh cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh

继续输入

sudo apt-get install cmake-curses-gui

注意：如果在执行过程中，不能正确运行，那么请使用sudo重新执行命令

ITK安装

下载ITK并解压，这里我我下载的版本是InsightToolkit-5.1.1,因此在当前路径下有一个名称为InsightToolkit-5.1.1的文件夹，创建ITK文件夹并进入，之后进行构建ITK

mkdir ITK
cd ITK
ccmake  /填写你的路径/InsightToolkit-5.1.1

键盘输入c进行configure构建将这些参数BUILD_DOXYGEN, BUILD_EXAMPLES, BUILD_SHARED_LIBS,BUILD_TESTING调节为调节OFF,重新c构建，不报错进行g生成文件

make -j 2

安装完成

ANTs安装

ANTs官方安装指南
下载最新的代码，解压到安装路径获得得到的文件夹为ANTs

git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git

运行CMake去构建配置

如安装ITK类似，首先创建文件antsbin并进入，通过ccmake将ANTs文件进行编译

mkdir antsbin
cd antsbin
ccmake /填写你的路径/ANTs

在Terminate出现新的命令之后，输入c进行配置，将参数SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL，BUILD_TESTING，RUN_LONG_TESTS,RUN_SHORT_TESTS置为OFF，重新点击c，没有报错之后输入g生成

构建步骤

构建，tee是用于在命令行显示输出结果

make 2>&1 | tee build.log

为了加速编译，可以使用多线程，如下,使用了双线程

make -j 2 2>&1 | tee build.log

多线程，需要占用更多的RAM和CPU资源，如果在多线程构建时看起来很慢，报错或者完全hangs up，尝试通过单线程构建，并将在CMAKE时将RUN_LONG_TESTS关闭，或者完全关闭测试turning off testing entirely

编译成功

[100%] Built target ANTS

安装步骤

在完成编译之后，生成一个子目录ANTS-build

cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

如果进行构建时，报错请尝试使用，以下语句进行重新构建

sudo make install 2>&1 | tee install.log

设置PATH与ANTSPATH

重要的步骤！重要的步骤！重要的步骤！
如果在安装的文件下并没有生成bin文件，则可以通过以下方式在antsbin文件夹中进行手动创建，并分别将/staging/bin，ANTS-build/Example以及/ANTS/Script下的相关脚本文件拷贝进入即可

mkdir bin
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin
cp ./staging/bin/* ./bin
cp .. /ANTS/Script/* ./bin

拷贝之后通过设置PATH与ANTSPATH如下

sudo gedit ~/.bash_profile

在编辑器中输入，以下句式，并保存

export ANTSPATH=/your_path/antsbin/bin/
export PATH=PATH=${ANTSPATH}:$PATH

通过Terminate输入，使输入的语句进行生效

source  ~/.bash_profile

路径设置完毕，检查安装，安装正确则会成功输出路径

which antsRegistration

输入并显示使用方法

antsRegistrationSyN.sh

注意：如果该步骤报错，可能存在的问题antsbin/bin文件夹下缺失了一些脚本

如果成功则显示如下图所示

ANTs安装遇到的问题

在输入c之后出现Could not find ZLIB通过安装ZLIB包即可

sudo apt-get install zlib1g-dev

重新点击c进行配置