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RSS订阅原创 【论文笔记】PR-GNN:Pooling Regularized Graph Neural Network for fMRI Biomarker Analysis
PR-GNN图神经网络用于脑网络分析PR-GNN的结构如上图所示，GATConv作为节点的卷积层，分别验证了基于ranking的池化方法SAGEPooling与TopKPooling作为节点的池化层。符号和问题定义根据T1T1T1 sMRI将大脑划分为NNN个ROI符号含义符号含义G=(V,ε)G=(V,ε)G=(V,ε)无向有权图V={v1,...,vn}V=\{v_1,...,v_n\}V={v1,...,vn}顶点集εεε边集H=[h1,...
2021-01-19 21:43:27
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原创 【论文笔记】InceptionGCN:Receptive Field Aware Graph Convolutional Network for Disease Prediction
InceptionGCNMethodologyAffinity graph construction构造Affinity Graph的关键是能够精准的建模病人之间的交互作用，Affinity Graph是将所有样本（训练集+测试集），下图为文中所涉及到的符号。符号含义符号含义G(V,E,W)G(V,E,W)G(V,E,W)图nin_ini图中的节点V=|N|节点η\etaη患者之间非成像数据EEE边xi∈RNx_i\in\mathbb{R}^Nx
2021-01-18 23:15:23
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原创 【代码分析】Graph-U-Nets
Graph-U-Nets(二)代码分析Graph U-Nets通过Pytorch进行实现，开源代码Graph U-Nets，原论文链接Graph U-Nets直接对作者的代码进行解读class GraphUnet(nn.Module): def __init__(self, ks, in_dim, out_dim, dim, act, drop_p): """ :param ks: 表示pools层进行的节点采样率，数据类型为float型 """ sup
2021-01-12 19:58:36
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原创 【论文笔记】Graph U-Nets
Graph U-Nets原文链接：http://proceedings.mlr.press/v97/gao19a/gao19a.pdf由于Graph Data的表征学习问题，不能像CNN能够对图像进行Pooling或者Up-sampling操作。由于给定的Images 可以认为是一种节点位于2D表格上Graph的特殊情况，因此可以将node classification、Graph Embedding很自然地与像素级别的分割任务对应。Encoder-Decoder的典型模型U-Nets已经在图像处理
2021-01-09 22:13:59
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原创 【论文笔记】Semi-Supervised Graph Classification: A Hierarchical Graph Perspective
Semi-Supervised Graph Classification: A Hierarchical Graph PerspectiveIntroduction提出Self-Attentive Graph Embedding method(SAGE)方法，能够将变化的Graph Instance结合每个Node根据有Graph的重要性产生固定长度的向量ChallengesSize invariance：如何能够灵活地将任意大小的Graph Instance转换为固定长度的embedding
2021-01-07 22:16:15
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原创 LInux环境下ANTs软件安装
ANTs软件安装写在最前面的，我使用的是Ubuntu18.04进行环境的安装与配置，安装ANTs前需要检查是否已经安装CMake以及ITK，如果已经安装了，请直接跳过前两个部分。本教程参考了医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南CMake安装下载安装包wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh执行sh文件sh cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh继续输入sudo apt
2020-11-22 16:53:22
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原创 【论文笔记】Corner Proposal Network for Anchor-free, Two-stage Object Detection
Corner Proposal Network for Anchor-free, Two-stage Object Detection这篇文章来自ECCV2020 oral由中国科学院大学和华为Noah’s Ark Lab实验室论文链接：https://www.aminer.cn/pub/5f213ebe91e011f62007af97/开源代码：https://github.com/Duankaiwen/CPNDet由于程序还未开源，所以这里我先对文章进行我自己的解读，如果有不对的地方希望各位批
2020-08-31 00:10:04
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原创 fMRI预处理工具
fMRI预处理工具按照之前文章的介绍，该部分将主要介绍SPM与DPABI的处理流程，希望可以方便大家的学习。SPMDPABI优点便于了解数据处理的工作原理 简单，可执行批处理，任意中断处都可以开始缺点产生较大的数据量没有缺点诶SPM界面介绍数据预处理窗口统计处理窗口小工具窗口处理执行过程界面图形界面处理过程参见SPM入门案例1；SPM入门案例2；SPM入门案例3.DPABI界面介绍Command命令行打开DPAB|2
2020-06-19 19:03:52
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原创 fMRI技术指南总结
功能磁共振成像技术本文是根据我学习一年fMRI相关知识所总结的内容，我将会以我目前所学知识从使用的开发工具，处理步骤逐步介绍以及当前所研究的方向进行介绍。文中涉及的各种资料我将上传到我的Github中功能性磁共振成像(functional magnetic resonance imaging,fMRI)通过使用BOLD信号应用于研究脑科学和认知科学。处理工具工欲善其事，必先利其器。借助优秀的开发工具可以达到事半功倍的效果。我比较常用的工具如下：开发平台Matlab2016b：该版本对于各
2020-06-16 22:56:15
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原创 使用 EndNote 9 引用参考文献
EndNote 9 是用于书写科技论文时的一把利器，现在我将这个EndNote使用方法分享给大家，希望能够提高各位学习EndNote的效率，如果有描述和阐述不正确的地方请各位批评指正！基本使用规则介绍【1】表示导入文献按钮，该按钮所在一栏为菜单栏【2】搜索框，可以检索用户存入EndNote数据库中的论文，可以根据字段指定匹配搜索方式，比如可以通过author, title, year, journal等【3】文献存储位置，可以根据用户需求创建指定的群组名称，将存储的参考文献从All referen
2020-06-15 21:23:33
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原创 图神经网络【3】学习笔记
本文是根据我最近学习图卷积神经网络学习的内容进行记录，总结了来自知乎、以及集智学园等多个平台，整理分析并加个人思考得来的。如果有不正确的地方大家批评指正。最早的图神经网络经典论文，可以追溯到2017年Thomas N. Kipf发表在ICLR题为Semi-Supervised Classification with Graph Convolutional Networks，代码在Github链接.以往的进展Spectral Graph theory，即将傅里叶变换扩展到图的谱域Deep lear
2020-05-25 23:29:30
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原创 计算机视觉【1】学习笔记
DataWhale–CV入门训练详细介绍数据标签原始图片图片JSON标注完整代码import matplotlib.pyplot as pltimport cv2import numpy as npimport json# 读取数据train_json = json.load(open('/mypath/CV/dataset/mchar_train.json'))# 数据标注处理# 每张图片中有一个或者多个数字def parse_json(d):
2020-05-20 19:45:53
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原创 图神经网络【1】学习笔记
学习GCN不错的英文参考资料，原链接Overview许多现实世界的重要数据集都以图形或网络的形式出现:社交网络、知识图、蛋白质交互网络、万维网等等。然而，直到最近，很少有人关注神经网络模型泛化到这样的结构化数据集。在过去的几年里，一些论文重新探讨了将神经网络推广到任意结构图上的问题(Bruna et al., ICLR 2014; Henaff et al., 2015; Duvenaud et al., NIPS 2015; Li et al., ICLR 2016; Defferrard et
2020-05-13 23:39:24
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转载 搭建Linux服务器环境
转载自：https://www.zhihu.com/people/an-xing-le-20/posts算法开发环境搭建一. CUDA 安装1. 驱动安装首先需要自己的GPU型号，这里执行 lspci | grep -i vga然后我们可以进入NVIDIA官网查看对应的驱动，并下载。2. 下载CUDA我们进入cuda toolkit 下载最新cuda开发包（请与 pytor...
2020-05-06 21:51:22
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翻译 FreeSurfer汉化教程
FreeSurfer介绍Tutorial Data 下载以及安装安装安装Tutorial Datasets 从教程数据，创建文件tutorial_data在自己的工作路径中。curl https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gztar -xzvf tuto...
2020-03-20 16:40:06
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原创 特征选择
本篇文章我是按照自己的学习需求，不同的部分，我在之后会随着学习不断的完善，敬请谅解！特征选择分为三种：过滤式、包裹式以及嵌入式过滤式：先对数据集进行特征选择，然后训练分类器包裹式：直接把学习器的性能作为评价子集的标准嵌入式：过滤式包裹式RFE这是普通的递归消除特征算法，是基于顶层的特征选择算法，建立在基于模型的特征选择方法基础之上的。使用回归和SVM，在不同的子集上建立模型，然...
2019-11-28 22:11:33
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原创 CSP共空间模式详解
特征提取的算法CSP共空间模式共空间模式(CSP)是一种对二分类任务下的空间滤波特征提取算法，能够从多通道的脑机接口数据里面提取出每一类的空间分布成分。共空间模式算法的基本原理是利用矩阵的对角化，找到一组最优的空间滤波器进行投影，使得两类信号的方差值差异最大化，从而得到具有较高区分度的特征向量。假设X1X_1X1和X2X_2X2分别为二分类想象运动任务下的多通道诱发相应时空信号矩阵，他们...
2019-11-06 23:50:48
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原创 SPM12入门案例3
Face group fMRI dataIntroduction多种fMRI的实验对象的random effect 分析与second-level模型。second-level包含三个基本类型：M2c：只使用HRF(血流动力学影响函数)。每个实验对象使用单次观测(single observation)，使用One-sample t-test分析数据M2i：使用来自informed基集的对...
2019-07-02 21:38:56
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原创 《动手学深度学习》笔记
机器学习是一门讨论各式各样的适用于不同问题的函数形式，以及如何使用数据来有效地获取函数参数具体值的学科。深度学习是指机器学习中的一类函数，它们的形式通常为多层神经网络。近年来，仰仗着大数据集和强大的硬件，深度学习已逐渐成为处理图像、文本语料和声音信号等复杂高维度数据的主要方法。配置远端的jupyter notebook按照操作指示后使用远端打开8888端口jupyter notebook --...
2019-06-21 20:50:57
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原创 SPM12入门案例2
Face fMRI data要求实验者通过按键来判断知名度。因此这里有4种兴趣的类型；第一二步显示出有知名度和没有知名度的人脸，代表着N1,N2,F1和F2。###准备工作通过EPI获得图像，其中回复时间TE=40ms，重复时间TR=2s，24个下降的切片，3mm厚和1.5mm间距。数据获取：Face Repetition dataset创建face_rep的文件夹用来存放分析的...
2019-05-28 13:15:49
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原创 SPM12入门案例1
如何使用SPM入门1.准备工作(1)数据下载使用样例Auditory fMRI dataset，数据来源于官网下载未处理的数据Raw functional and structural data。(2)创建文件夹创建名为auditory的文件夹，在该文件夹下创建三个子文件夹分别是dummy,jobs,classical分别用于存放dummy scans、job-specificati...
2019-05-15 22:47:53
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原创 动态规划之0-1背包问题
动态规划之0-1背包问题这是最好理解的动态规划问题描述对于容纳的总质量为c的背包要求从n个物品中任意选取物品使得最后的总价值最大，对于第i个物品质量为wi价值为vi问题分析对于此类问题我们通常采取动态规划(dynamic programming) 即 dp 核心是找到问题的动态转移方程 对于每一个物品我们有两种取法，即选择与不选择 对于每一次选择我们根据之前的一次情况从中选择出最大的值
2017-11-26 19:35:28
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原创 矩阵乘法次数优化
矩阵乘法次数优化矩阵乘法次数优化对于n个矩阵相乘并且矩阵的规模很大所以优化结合路相当重要的事件，由于矩阵的乘法只有结合律而没有交换律的特点，所以对于矩阵来说不同的结合律产生不同的乘法次数，不同的乘法次数又会影响着计算机的运行效率 矩阵乘法满足的条件 两个矩阵相乘形如 Amj与Ajn 两个矩阵相乘的次数 m*j*n 对于两个矩阵相乘必须满足 Ai*Ak Ak*Aj 即形如
2017-11-13 16:55:50
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原创 pandas分析NBA2017-2018赛季球员球队数据
pandas分析NBA2017-2018赛季球员球队数据进入 NBA中国官方网站:http://china.nba.com/playerindex/ 通过浏览器操作检查 -> Network -> F5 双击json的文件进入 链接地址 http://china.nba.com/static/data/league/playerlist.json 现在的格式显示不利于查看,请安装 JSONv
2017-10-24 16:46:54
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原创 排序算法分析
排序算法分析冒泡排序代码void bubblesort(vector<int> &list){ for (int i = 0; i < list.size()-1; i++) { for (int j = 0; j < list.size() - i - 1; j++) { if (list[j] > list[j + 1
2017-10-16 10:28:30
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原创 scrapy框架爬取百度贴吧图片
前情提示看动漫龙珠超 然后去贴吧发现好多图但是作为计算机专业的大二狗，我已经懒得下载了，于是操起python开始大刀阔斧的开战(download)图片工具正所谓工欲善其事必先利其器，首先得有工具python2.x或者python3.x然后安装必要的模块pip install scrapy可能你会发现安装失败，那么请你按照命令框的提示安装scrapy所依赖的几个库模块开始设计由于scrapy 是框架所
2017-09-14 22:43:49
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原创 【网络爬虫】实现有道翻译提取
利用python 实现有道翻译提取原料有道翻译网页:http://fanyi.youdao.com/ 具备检查元素的浏览器：基本所有浏览器都有，推荐使用谷歌Chrome Python版本2.7以上按照以下操作 在左侧翻译栏中，加入输入你需要翻译的内容，点击Network按自动翻译按钮，在Name栏中选中一个以translate开头的（post方式提交） 关注 Request URL 关
2017-08-23 17:19:26
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原创 【计蒜客】合法分数的组合
输入一个自然数N，我们总可以得到一些满足“1≤b≤N,0≤a/b≤1”条件的最简分数a/b（分子和分母互质的分数），请找出所有满足条件的分数。比方说，当N=5时，所有解为：0/1 1/5 1/4 1/3 2/5 1/2 3/5 2/3 3/4 4/5 1/1现在，你需要对于一个给定的自然数N，1≤N≤160，请编程按分数值递增的顺序输出所有解。注：0和任意自然数的最大公约数就是那个自然数、互质指最大
2017-08-08 19:13:53
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原创 计蒜之道2017第五场
UCloud 刚刚建立一个新机房，近日正在进行网络搭建。机房内有 nnn 台服务器和 mmm 个分线器，整个机房只有一个网线出口。分线器的作用是将一根网线转换成多根网线。蒜头君也知道每个分线器输出的最大网线根数（不一定要将分线器输出的每根线都用上），问你至少需要使用多少个分线器才能使得每台服务器都有网线可用。输入格式第一行输入 n,m(0≤n,m≤100)n,m(0 \le n,m
2017-06-03 20:07:16
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原创 【计蒜客】红黑点
题目在二维平面有 n 个红点和 m 个黑点，已知这些点的坐标，这些点不存在三点共线的情况。从这些红点中任意取出三个点，可以构成 n * ( n - 1 ) * ( n - 2 ) / 6 个三角形，求这些三角形中包含黑点的数量为奇数的三角形的数量。输入格式 输入包含多组测试数据，对于每组测试数据： 第一行包含两个整数 n m ( 3 ≤ n ≤ 100 ; 0 ≤ m ≤ 1000 ) 。 接
2017-05-20 10:13:20
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原创 居民集会
题目居民都生活在一条公路的边上，公路的长度为L，每户家庭的位置都用这户家庭到公路的起点的距离来计算，第i户家庭距起点的距离为di。每年，蓝桥村都要举行一次集会。今年，由于村里的人口太多，村委会决定要在4个地方举行集会，其中3个位于公路中间，1个位最公路的终点。已知每户家庭都会向着远离公路起点的方向去参加集会，参加集会的路程开销为家庭内的人数ti与距离的乘积。给定每户家庭的位置di和人数ti，请为村委
2017-05-18 16:14:09
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原创 广场舞
题目LQ市的市民广场是一个多边形，广场上铺满了大理石的地板砖。地板砖铺得方方正正，就像坐标轴纸一样。 以某四块砖相接的点为原点，地板砖的两条边为两个正方向，一块砖的边长为横纵坐标的单位长度， 则所有横纵坐标都为整数的点都是四块砖的交点（如果在广场内）。广场的砖单调无趣，却给跳广场舞的市民们提供了绝佳的参照物。每天傍晚，都会有大批市民前来跳舞。 舞者每次都会选一块完整的砖来跳舞，两个人不会选择同
2017-05-11 22:42:08
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原创 凑平方数
题目凑平方数把0~9这10个数字，分成多个组，每个组恰好是一个平方数，这是能够办到的。 比如：0, 36, 5948721再比如： 1098524736 1, 25, 6390784 0, 4, 289, 15376 等等…注意，0可以作为独立的数字，但不能作为多位数字的开始。 选自第七届蓝桥杯B组第二题（填空题）分析利用next_permutation()将十个数字排序，然后我们按照d
2017-05-04 18:50:56
3502
原创 素数环
输入正整数n,把整数1,2,3,4,….n组成一个环，使得相邻两个整数之和均为素数，输出时从整数1开始逆时针排列，同一个环恰好输出一次。n<=16 样例输入：6 样例输出： 1 4 3 2 5 6 1 6 5 2 3 4 题目来源:算法竞赛入门经典（第2版） 思路：我们需要dfs一步一个脚印来，对于第一个数字，所有的数字均能填充1-n的数字，然后从第二个数字开始我们判断与之前的数是否为素
2017-04-27 11:37:38
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原创 斐波那契dp
You are climbing a stair case. It takes n steps to reach to the top. Each time you can either climb 1 or 2 steps. In how many distinct ways can you climb to the top? Note: Given n will be a positive
2017-04-25 21:54:04
704
原创 杨辉三角与二项式定理
杨辉三角 (a+b)^n展开，多项式展开 (a+b)^0=1 (a+b)^1=a+b (a+b)^2=a^2+2ab+b^2 (a+b)^3=a^3+3a^2b+3ab^2+b^3 显而易见展开式的系数就是杨辉三角的每层的数二维数组形式的杨辉三角根据思路我们杨辉三角的特点我们不难得每一个数据 a[i][j]=a[i-1][j-1]+a[i-1][j] 下面上代码#incldue<io
2017-04-22 10:28:42
3072
原创 扩展欧几里得算法
在介绍扩展欧几里得算法之前我们首先引入欧几里得算法欧几里得算法在最开始接触c或者c++时，我们通常会用来编辑如何计算最大公约数得方法即辗转相除法（欧几里得算法）与更相减损数，辗转相除的关键在于gcd(a,b)=gcd(b,a mod b)它和边界一起构成了下面的程序:int gcd(int a,int b){ return b==0?a:gcd(b,a%b);}此次的递归程序不会溢出,知
2017-04-20 10:42:12
389
原创 STL中随机数的调用
由于我们对我们写的程序需要测试数据，为了我们的程序能够经得起任何考验我们采用随机数库不一定没有bug，使用之前测试库是一个好习惯随机数发生器rand()核心函数是#include<cstdlib>中的rand()函数他生成一个闭区间[0,RAND_MAX]内的均匀随机数(均匀的意思是：该区间内的每一个数字随机被获取的概率相同),其中RAND_MAX至少为32767(2^15-1)这里的随机数是伪随机
2017-04-17 20:11:25
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原创 第六届决赛真题
A组第一题标题：方格填数在2行5列的格子中填入1到10的数字。 要求： 相邻的格子中的数，右边的大于左边的，下边的大于上边的。如【图1.png】所示的2种，就是合格的填法。请你计算一共有多少种可能的方案。解法1.暴力解决#include<iostream>#include<algorithm>using namespace std;int a[10] = { 1,2,3,4,5,6,7,8
2017-04-16 11:31:53
471
转载 C++的STL中accumulate的用法
accumulate定义在#include中，作用有两个，一个是累加求和，另一个是自定义类型数据的处理1.累加求和[cpp] view plain copyprint?int sum = accumulate(vec.begin() , vec.end() , 42); int sum = accumulate(vec.begin(
2017-04-13 09:40:42
687
空空如也
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