mac安装gnu make_医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南

1. ANTs介绍

ANTs(Advanced Normalization Tools)是目前配准质量最好的软件 ，是基于c语言写的，运行速度很快。目前医学图像预处理都可以用ANTs

2. ANTs安装

官网上有安装方法介绍：ANTs源码安装；此安装方法适用于 linux和Mac；具体过程如下：

2.1 安装ANTs N4BiasFieldCorrection(下载到路径＂/home/自己的用户名/ ＂ 目录下)，然后将ANTs库的位置放到环境变量的路径下．

2.2 安装cmake

wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh

下载完安装包之后，在安装包的路径下调出终端，输入

sh cmake-3.12.1-Linux-x86_64.sh

解压完成之后还需要输入：

sudo apt-get install cmake-curses-gui

安装完成, 可以使用命令ccmake．

2.3 运行CMake来配置构建

a.新建一个文件夹ANTs,用来存放编译之后的文件（xxx 是自己的用户名）

mkdir -p /home/xxx/ANTs
cd /home/xxx/ANTs
ccmake /home/xxx/ANTs-2.3.1(这是之前下载好的安装包)

在跳出来的编译界面，按c，Cmake会做一些检查和给出选择界面（一定要改的选项！！看官网和别人教程中都没有提到的大坑，先说结论）

• SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL 改成 "OFF". (把防火墙关掉，否则后续编译自动适配下载ITK会超时)
• RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 "OFF". （否则后续编译会报 recipe for target 错误）

再次按c，做另一轮的configuration．如果没有报错的话，就可以按g来生成生成make files．

如果编译ANTs遇到make error，“ recipe for recipe for target target“具体如下，可以尝试改以上参数设置。

Examples/TestSuite/CMakeFiles/ANTSFetchData.dir/build.make:536: recipe for target 'ExternalData/TestData/antsApplyTransformsTesting_InputWarpTransform.nii.gz.md5-stamp' failed
make[5]: *** [ExternalData/TestData/antsApplyTransformsTesting_InputWarpTransform.nii.gz.md5-stamp] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:8743: recipe for target 'Examples/TestSuite/CMakeFiles/ANTSFetchData.dir/all' failed
make[4]: *** [Examples/TestSuite/CMakeFiles/ANTSFetchData.dir/all] Error 2
make[4]: *** 正在等待未完成的任务....
[ 17%] Linking CXX static library /home/zndx/ANTs/lib/libl_N3BiasFieldCorrection.a
[ 17%] Built target l_N3BiasFieldCorrection
Makefile:162: recipe for target 'all' failed
make[3]: *** [all] Error 2
CMakeFiles/ANTS.dir/build.make:113: recipe for target 'ANTS-prefix/src/ANTS-stamp/ANTS-build' failed
make[2]: *** [ANTS-prefix/src/ANTS-stamp/ANTS-build] Error 2
CMakeFiles/Makefile2:67: recipe for target 'CMakeFiles/ANTS.dir/all' failed
make[1]: *** [CMakeFiles/ANTS.dir/all] Error 2
Makefile:116: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

2.4 编译

make -j 2 2>&1 | tee build.log

2.5检查编译是否成功

如果一切顺利，make打印后将退出并显示代码0

[100%] Built target ANTS

编译完成之后，如果要使用ANTs scripts的话，需要将source文件下Scripts/　里面的所有内容拷贝到生成的ANT/bin/　目录下．

2.6 安装后：设置环境变量PATH和ANTSPATH

如果是按照本文建立的话，二进制文件路径应该是/home/xxx/ANTs/bin

这个文件夹是包含了编译好的程序以及刚刚从源文件夹复制过来的Scripts

对于Linux添加路径:

cd 到　/home/xxx/ANTs/bin　目录下

终端输入:

sudo gedit ~/.bash_profile

在跳出来的编辑器里面输入:

export ANTSPATH=${HOME}/ANTs/bin/
export PATH=${ANTSPATH}:$PATH

保存之后退出，然后终端输入:

source ~/.bash_profile

这样环境路径就设置好了．检查一下是否正确，终端输入:

which antsRegistration

应该输出整个路径:

/home/zndx/ANTs/bin/antsRegistration

这是我自己的存放路径．还可以在终端输入:

antsRegistrationSyN.sh

终端会输出这个script的使用介绍．如果一切没有问题，那么ANTs安装OK了．花了我小一周时间，写下这篇文章给大家避避坑，欢迎做医学图像分割的朋友一起交流～～

参考:

小白：3D U-Net CNN with Keras(Demo)​zhuanlan.zhihu.com

https://github.com/ANTsX/ANTs​github.com