Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解——核磁共振数据处理必备

最新推荐文章于 2024-05-25 09:50:03 发布
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分类专栏： 脑科学核磁共振成像 数据分析 FreeSurfer学习 文章标签： ubuntu 核磁共振软件包
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本文链接：https://blog.csdn.net/xj4math/article/details/120607425
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本文详细介绍了在Ubuntu系统中安装MRIcroN、FSL6.0.5（包括FSLeyes的安装与修复）、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3和AFNI的步骤。涉及Anaconda的使用、虚拟环境创建、环境变量配置、软件源码编译安装等多个环节，是核磁共振数据处理软件安装的全面指南。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解

一、安装MRIcroN

打开终端，输入以下命令即可安装成功

sudo apt-get install mricron

二、 FSL6.0.5完整安装与FSLeyes等Not Found修复

原文链接：up主原文链接

采用了这篇博客给出的办法，但是这个办法有一个bug，那就是安装完成之后，fsleyes、imcp、immv等缺失，即fsleyes not found，经过反复试验，最终笔者可以非常顺利的修复fsleyes等缺失的问题啦，现记录在此供大家参考。

操作系统：ubuntu20.04
  使用工具：Anaconda3-2020.11-Linux
  待装软件：fsl6.05 , 下载地址：官方下载链接
  

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Linux系统安装FSL6.0.5
m0_58811454的博客
09-11 2167
软件官网https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/ 由于自身电脑linux系统是ubuntu 14.04 LTS 的，所以网络上那些快捷下载安装方式不适合我，它们基本是要求linux系统是16.0以上；所以要么升级系统后选择快捷方式下载，由于办公室电脑有小伙伴们选择这种方式，但是安装后都有各种问题，所以我就还是选择官网吧，虽然也有各种问题。在此小小分享一下。 PS：快捷方式的下载链接引用自： FSL安装 - Rosanne - 博客园 (cnblogs.com)..
Ubuntu16.04下AFNI快速安装
x_zliang的专栏
04-30 2922
AFNI快速安装 （安装环境Ubuntu16.04，安装目录：/usr/local/bin，AFNI软件版本：linux_ubuntu_16_64.tgz，软件下载地址：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html#download-current-precompiled...
Ubuntu下安装AFNI和FSL.pdf
07-04
如何在Ubuntu16.04的环境下安装afni和fsl。
MRtrix3：革新你的神经影像分析体验
最新发布
gitblog_00002的博客
05-25 403
MRtrix3：革新你的神经影像分析体验 项目地址:https://gitcode.com/MRtrix3/mrtrix3 项目介绍 MRtrix3是一个强大的开源软件工具包，专为执行多模态磁共振成像（MRI）数据分析而设计。它涵盖了从数据预处理到高级连接组学和解剖结构研究的广泛功能，旨在简化复杂的研究流程，并提高结果的准确性和可重复性。无论你是新手还是经验丰富的研究人员，MRtrix3都提供了直...
Ubuntu/centors安装FSL和MRIcron
qq_29477893的博客
04-18 7820
安装FSL有几种方法，用脚本装是最简单的 系统：ubuntu14.04版本（我尝试过16.04和18.04都无法用脚本顺利装上FSL），此版本系统自带python2.7版本，正好用来运行fsl安装脚本 下载地址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation 1.FSL 使用脚本安装：终端输入python fslinstaller.py...
双系统/虚拟机VMware Ubuntu 脑神经软件安装记录（FSL, MRtrix，MRIcron，SPM12)
weixin_46283523的博客
08-05 2995
0基础脑神经软件安装记录（FSL, MRtrix)，文章以安装过程、问题记录为主。以便日后查找，欢迎交流沟通。
在ubuntu19.10下安装AFNI
clancy_wu的博客
10-29 1688
上一篇写的计算FA值，有点错误，校正的步骤不对。最近听师兄的意见，用dtitk计算每个被试的tensor，然后可以计算出每一个病人的FA，再带入tbss第三步统计计算。 在用dtitk的过程中，涉及到用matlab调用load_untouch_nii函数，而这个函数属于AFNI的，所以今天搞定了AFNI的安装，记录一笔。 声明：以下步骤均来自AFNI官网，建议大家直接去AFNI官网看安装步骤，h...
mricron的安装
clancy_wu的博客
10-21 5817
sudo apt-get install mricron 哎，最近的进展很不顺利，用tbss，用dtitk，都遇到一些障碍。 更甚者按照官网的教程，解压压缩包mricron，都打不开mricron，感觉我都要崩溃了。 不知道什么原因，最近运气极差，数据在手，还没算出来，原计划这个数据至少得十月底算出来，然后十一月份写文章，现在估计要延后。 很烦躁，很焦虑，每天都焦虑。 想说一点，网上非官网，真的...
核磁数据的DTI预处理步骤
01-06
### 核磁数据的DTI预处理步骤 #### 一、引言 扩散张量成像（Diffusion Tensor Imaging，简称DTI）是磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging，MRI）的一种特殊形式，它能够提供大脑内部水分子扩散的信息。通过对...
医学影像分析软件mriCron
04-04
此外，它支持与其他流行医学影像处理工具（如FSL、FreeSurfer和AFNI）的集成，增强了其在复杂工作流程中的灵活性。 **6. 教学与学习资源** MRIcron因其直观的界面和丰富的功能，也被广泛用于教学和研究培训。通过...
PANDA_Manual.pdf
03-26
PANDA的发展环境包括Linux操作系统（Ubuntu），Matlab（2010b），FSL（4.1.6），PSOM（0.9），DiffusionToolkit（0.6.2），以及MRIcron（dcm2nii），它们各自承担不同的功能。FSL用于处理扩散数据，DiffusionToolkit...
mriCron V4医学影像分析软件.zip
09-05
软件介绍: mriCron是一款专业的医学影像分析软件，普通用户是用不到的，通过MRIcron中自带dcm2nii功能，能够将dcm格式的图像转为nifti格式。
MRIcron:用于NIfTI图像的简单医学成像可视化工具。 包括dcm2nii，用于DICOM，Philips和其他专有格式的转换
05-27
MRIcron / NPM / dcm2nii 关于 MRIcron是大脑成像数据的查看器。 正在安装 您可以从多个位置下载该软件： 从下载。 从下载。 运行以下命令以下载适用于Linux，Macintosh或Windows的最新版本： curl -fLO https://github.com/neurolabusc/MRIcron/releases/latest/download/MRIcron_linux.zip curl -fLO https://github.com/neurolabusc/MRIcron/releases/download/MRIcron_macOS.dmg curl -fLO https://github.com/neurolabusc/MRIcron/releases/latest/download/MRIcron_windows.zip 下载并
MRIcron.rar
07-08
可以查看医学图像。
mricron.rar
04-28
1、简单和平易近人的界面 MRIcron的界面非常容易处理，这意味着您不需要很多以前的使用经验就可以使用它。主工具栏包含您可能想要使用的所有组件，如“切换十字线”，“笔工具”或“填充工具”。 2、加载您的图像并选择查看模式 MRIcron允许您从“文件”菜单打开需要的文件，将其载入主窗口，让您在三个不同的面板中在X，Y和Z轴上查看它。可用的视图模式是“轴向”，“冠状”，“矢状”或“多个”。 3、方便的DICOM查看器 综上所述，MRIcron是一种可靠且易于使用的实用程序，您可以在需要使用扫描，X射线和其他类似的医学图像时使用该程序，从而使您可以在很短的时间内完成分析。 4、可以移动图片并对其进行调整，以便访问和分析某个图层。 此外，MRIcron为您提供“MultiSlice”功能，可为医学影像的各个部分创建单张照片，并将它们排成队列，以帮助您更迅速地进行比较。
MRIcron中文说明书
10-28
神经影像处理软件MRIcron的简单中文介绍。MRICRON是跨平台NIFTI格式的图像查看器。它可以加载多个图像层，生成体积渲染和绘制感兴趣的体积。它还提供DCM2NII用于将DICOM图像转换为NIFTI格式和NPM用于统计。MRICRON是一种成熟和有用的工具，但是您可能需要考虑最近的MRICROGL作为替代方案。
Ubuntu16.04安装afni总结
x_zliang的专栏
04-23 1082
Ubuntu16.04安装afni总结（使用预编译好的安装包，解压即能使用的这种） 1.下载预编译好的安装包 https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html#download-current-precompiled-afni-binaries 因为装的系统是Ubuntu...
Ubuntu18.04安装FSL6.0，MATLAB，mricron
qq_42275277的博客
08-29 3893
笔者为了处理DTI数据，安装了需要用到的这几个软件，一直在试错一直在解决，能犯的错都犯了，网上超级多的教程和除错方法看了不少，总算解决了一部分问题 = = 安装包可以在网上下载，笔者当时为了方便直接从其他人那里拷贝来的，实在想要的可以私聊 == 安装环境：虚拟机：VMware workstation，系统Ubuntu18.04 FSL安装包：由wx处拷贝fsl-6.0.1，后改为由wp处拷...
小白的第一篇分享：关于虚拟机Ubuntu18.04上安装FSL，MATLAB，Mricron
qq_37388306的博客
03-10 1073
@写给和我一样的菜鸟起飞教程（真的是菜鸟，大佬就不要看了） 回头看看这么简单地东西我竟然捣鼓了这么多天，真的是有点惭愧，这篇文章希望帮助到刚开始接触虚拟机啦，Linux的人，有问题的话我们可以讨论，你不嫌弃我的话哈哈哈，然后希望有一天我也能成为大佬吧，加油啊啊啊啊啊啊啊！ Ubuntu18.04系统和MATLAB的安装 这个网上已经有很多教程了，我就不废话了，只需要注意一点，64位系统一定要安装U...
Ubuntu卸载fsl
08-10
要在Ubuntu上卸载fsl，您可以按照以下步骤进行操作： 1. 打开终端窗口。 2. 输入以下命令以卸载fsl： ``` sudo apt-get remove fsl ``` 3. 按下Enter键以执行命令并输入管理员密码进行确认。 4. 等待卸载过程完成。 通过执行上述步骤，您将能够在Ubuntu上成功卸载fsl。请确保在卸载之前备份任何重要数据。123 #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解——核磁共振数据处理...](https://blog.csdn.net/xj4math/article/details/120607425)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}} ] [.reference_item] - *2* [Ubuntu20.04下MRtrix3, Freesurfer, FSL的安装](https://blog.csdn.net/yoyoxueli123/article/details/116270178)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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