FVCOM嵌套和输出1：描述使用结构化网格模型输出的嵌套要求/过程

嵌套编译要求

无需重新编译代码即可启用嵌套。但是，您需要编辑名称列表文件以指示您要在边界嵌套运行FVCOM。

嵌套输出

要使用FVCOM为子域生成边界强制（即应如何使用嵌套），NC_NEST请T在本NML_NCNEST节中将模型名称列表设置为。

本NML_NCNEST节的格式为：

&NML_NCNEST
 NCNEST_ON         = T,
 NCNEST_BLOCKSIZE  = 5,
 NCNEST_NODE_FILES = 'irish_sea_v20_nodenest.dat',
 NCNEST_OUT_INTERVAL = 'seconds = 900.0'
/

NCNEST_BLOCKSIZE 控制存储在内存中并立即写入磁盘的模型时间步数，以提高性能。

NCNEST_NODE_FILES您指定 的文件格式如下：

Node_Nest Number = 25
1 27992 1
2 28735 1
3 27991 1
4 28734 1
5 28733 1
6 29324 1
7 28732 1
8 28731 1
9 28787 1
10 28730 1
11 27986 1
12 28729 1
13 29318 1
14 29317 1
15 29853 1
16 29852 1
17 29850 1
18 29851 1
19 29314 1
20 29313 1
21 29849 1
22 29312 1
23 29848 1
24 29847 1
25 30350 1

其中第一列是节点数（1、2、3、4等），第二列是网格节点号，第三列是1。所有值应为整数，并引用网格节点（不是元素） 。

中的节点NCNEST_NODE_FILES应该是描述沿嵌套边界的元素的那些节点。因此，节点必须描述一组元素，还可以从中提取速度数据。本质上，嵌套中的节点必须深两行（一行元素的每一侧-参见下图）。

 

该手册包含有关配置的更多信息（请参阅描述格式的部分Casename_node_nest.dat）。关于此的更多信息可能可以从中获取mod_nesting.F，尤其是在子例程中的650行附近SETUP_NEST_DOMAIN。

加权嵌套（类型3）

我将在此处提供有关使用权重创建FVCOM嵌套文件的信息。示例来自将POLCOMS MED（GCOMS地中海域）与Nadoor域耦合。实现此功能的功能包含在MATLAB fvcom-toolbox中。

使用松弛方法进行嵌套（例如，从HYCOM / POLCOMS / NEMO获取嵌套数据），我们需要将特定变量插值到嵌套域中。

要求（即外部工具箱）

• 带MEX文件的MATLAB HJB求解器软件包的方程。
• 潮汐软件包（如果POLCOMS在运行时没有潮汐强迫，如MED一样）。对于Nadoor，我们使用了经过稍微修改的TMD2.03。

POLCOMS文件要求

对于POLCOMS数据，我们需要来自U节点的UV，来自T和S的UV和来自B节点的zet。

• fileU = '/data/perseus1/to_archive/suka_VECTORS/MEDI29_RA/daily/UVT/dmeanUVT.MEDI29.RA.2000.01.U.nc'
• fileB = '/data/perseus1/to_archive/suka_VECTORS/MEDI29_RA/daily/UVT/dmeanUVT.MEDI29.RA.2000.01.B.nc'

我们还需要

• ipexfile = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/polcoms/zet_UBVB.MEDI29.RA.2009.12'
• fileparams = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/polcoms/MEDI29.parameters'
• filebathy = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/polcoms/MEDI29.bathy'
• filescoord = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/polcoms/scoord_params.dat'
• ts_controlfile = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/tseries.MEDI29'
• tseries_dir = '/users/modellers/rito/Models/MEDINA/polcoms/timeseries'; % all physseries, biolseries and zet_UBVB files should be in there

上面的列表允许MATLAB脚本读取有关POLCOMS模型配置的详细信息以及提供的数据时间序列的详细信息。ipexu数组直接从POLCOMS的netCDF文件之一中提取。

netCDF信息

嵌套netCDF文件中所有与网格相关的变量均符合数据变量的大小（下）。这些变量与生成的包含网格信息的任何输出netCDF文件中的变量相同。网格读首先使用子程序LOAD_GRID_TYPE(NCF,G)在mod_input.F。

通常，它需要以下尺寸：

nele = nelements in relaxation zone ;
node = nnodes in relaxation zone ;
siglay = need to match model setup parameters ;
siglev = need to match model setup parameters ;
three = 3 ;

和嵌套的网格变量是：

float x(node) ;
    x:long_name = "nodal x-coordinate" ;
    x:units = "meters" ;
float y(node) ;
    y:long_name = "nodal y-coordinate" ;
    y:units = "meters" ;
float lon(node) ;
    lon:long_name = "nodal longitude" ;
    lon:standard_name = "longitude" ;
    lon:units = "degrees_east" ;
float lat(node) ;
    lat:long_name = "nodal latitude" ;
    lat:standard_name = "latitude" ;
    lat:units = "degrees_north" ;
float xc(nele) ;
    xc:long_name = "zonal x-coordinate" ;
    xc:units = "meters" ;
float yc(nele) ;
    yc:long_name = "zonal y-coordinate" ;
    yc:units = "meters" ;
float lonc(nele) ;
    lonc:long_name = "zonal longitude" ;
    lonc:standard_name = "longitude" ;
    lonc:units = "degrees_east" ;
float latc(nele) ;
    latc:long_name = "zonal latitude" ;
    latc:standard_name = "latitude" ;
    latc:units = "degrees_north" ;
int nv(three, nele) ;
    nv:long_name = "nodes surrounding element" ;

结构网格模型的插值变量（强制，权重等）如下所示：

变量	长名	外型尺寸
zeta	海面海拔	[ node，time]
ua	垂直平均x速度	[ node，time]
va	垂直平均y速度	[ nele，time]
u	东风速	[ nele，siglay，time]
v	北方水速	[ nele，siglay，time]
temp	温度	[ node，siglay，time]
salinity	盐度	[ node，siglay，time]
weight_cell	元素权重	[ nele，time]
weight_node	节点权重	[ node，time]
hyw	静水力垂直速度	[ node，siglev，time]
Itime	自1858-11-17 00:00:00以来的天数	[ time]
Itime2	自00:00:00以来的毫秒	[ time]

未加权（直接/间接）嵌套（类型1和2）

本节介绍如何使用现有FVCOM模型输出（不使用NML_NCNESTFVCOM名称列表的部分）来“伪造”嵌套。

对于非加权（即直接和间接嵌套，在FVCOM名称列表中称为类型1和2）嵌套，情况类似于类型3（松弛嵌套），不同之处在于嵌套netCDF文件不需要weight_cell或weight_node不需要数组。

使用现有的FVCOM输出

我（Pierre）编写了一个Python脚本，以基于嵌套的网格区域（定义为SMS网格中的节点字符串）和粗糙的模型域来生成新的模型网格嵌套区域。该脚本搜索并提取节点和元素的位置，并编写新的网格部分以附加到SMS的嵌套区域中。这意味着可以从现有模型输出中创建任意嵌套区域。因此，NML_NCNEST无需启用FVCOM名称列表中的部分即可使用粗略模型输出。

有一个MATLAB脚本，它将获取粗糙的模型输出和新的嵌套网格（完整的嵌套缓冲区与粗糙网格共享其节点），并提取运行嵌套域所需的变量。

MATLAB fvcom-toolbox例程在数据加载为后写出netCDF输出write_FVCOM_nested_forcing.m。

目前，我不知道将什么用于静压垂直速度，因此该值为零。这很可能会破坏事情！

netCDF信息

所需尺寸为：

nele = nelements in relaxation zone ;
node = nnodes in relaxation zone ;
siglay = need to match model setup parameters ;
siglev = need to match model setup parameters ;
three = 3 ;

和标准变量是：

float x(node) ;
    x:long_name = "nodal x-coordinate" ;
    x:units = "meters" ;
float y(node) ;
    y:long_name = "nodal y-coordinate" ;
    y:units = "meters" ;
float lon(node) ;
    lon:long_name = "nodal longitude" ;
    lon:standard_name = "longitude" ;
    lon:units = "degrees_east" ;
float lat(node) ;
    lat:long_name = "nodal latitude" ;
    lat:standard_name = "latitude" ;
    lat:units = "degrees_north" ;
float xc(nele) ;
    xc:long_name = "zonal x-coordinate" ;
    xc:units = "meters" ;
float yc(nele) ;
    yc:long_name = "zonal y-coordinate" ;
    yc:units = "meters" ;
float lonc(nele) ;
    lonc:long_name = "zonal longitude" ;
    lonc:standard_name = "longitude" ;
    lonc:units = "degrees_east" ;
float latc(nele) ;
    latc:long_name = "zonal latitude" ;
    latc:standard_name = "latitude" ;
    latc:units = "degrees_north" ;
int nv(three, nele) ;
    nv:long_name = "nodes surrounding element" ;

从粗略输出中提取的时间序列变量如下所示：

变量	长名	外型尺寸
zeta	海面海拔	[ node，time]
ua	垂直平均x速度	[ node，time]
va	垂直平均y速度	[ nele，time]
u	东风速	[ nele，siglay，time]
v	北方水速	[ nele，siglay，time]
temp	温度	[ node，siglay，time]
salinity	盐度	[ node，siglay，time]
hyw	静水力垂直速度	[ node，siglev，time]
Itime	自1858-11-17 00:00:00以来的天数	[ time]
Itime2	自00:00:00以来的毫秒	[ time]