【算法基础（第五版）】例3.13 序列对准求最小值

最新推荐文章于 2023-03-18 00:30:00 发布

Three_Fabulists

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分类专栏：动态规划文章标签：动态规划

本文链接：https://blog.csdn.net/Three_Fabulists/article/details/77151601

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博客探讨了在序列对准问题中，如何使用动态规划算法寻找两个同源DNA序列的最佳对准方式，以求得最小罚分值。通过对不同对准情况的分析，得出递推公式，并说明了如何从矩阵的终点逆向获取最优路径。

摘要由CSDN通过智能技术生成

算法基础（第五版）之序列对准
题目背景，给出两个同源DNA序列，不匹配罚一分，有缝隙（即一个字母对应一个短线）罚两分，例如：
对于序列AACAGTTACC和TAAGGTCA，
-AACAGTTACC和TAA-GGT–CA是一种对准方式，
AACAGTTACC和TA-AGGT-CA是另一种对准方式，第一种罚分数为1*2+2*4=10，第二种为1*3+2*2=7，第二种方式比第一种好，对准方式有很多种，如何找到最好的对准方式及求出最小罚分值。
思路：m[i][j]表示从s1的第i个位置和从s2的第j个位置开始对准最低罚分值，进而得到递推公式
若s1[i]==s2[j],
则m[i][j]=min(m[i+1][j]+2,m[i][j+1]+2,m[i+1][j+1])
若不等，
则m[i][j]=min(m[i+1][j]+2,m[i][j+1]+2,m[i+1][j+1]+1)
解释如下：对于s1的第i个字母和s2[j]，可以s1[i]与s2[j]对准，可以S1[i]与‘-’对准，和s2[j]与‘-’对准。
从m[len1][len2]开始斜对角线递推至m[0][0]即为总最小惩罚值，路径根据打表之后从m[0][0]对比变化得知。代码如下：

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<string>
using namespace std;
#define inf 0x3f3f3f3f
int main()
{
    char s1[50];
    char s2[50];
    scanf("%s%s",s1,s2);