R语言Bioconductor安装全流程

R语言Bioconductor安装全流程

作为一只生物狗,R语言对于生物数据分析真的很重要!如果你翻翻生物专业研究生的朋友圈,你的感觉一定是:

  1. 满世界都在学R语言;
  2. 满世界都在吐槽R包难装!
    下面给大家分享一下bioconductor包的安装全过程,算是轻度排雷。

准备_Rtools的安装

  • 首先我们必须清楚Bioconductor和R是具有版本对应关系的!我们在着手安装Bioconductor之前一定要前往Bioconductor主页查看与你的R匹配的Bioconductor版本!
  • 如果你正好使用的是最新版R那么恭喜你!通常按照该页面说明进行安装你就会成功!(该法省略)但是大多数情况下,我们用的并不是最新版R,(截止发文,已有R4.0.3,本人使用的仍然是R4.0.2),这时我们就需要借助devtools进行指定版本的Bioconductor安装。
  • 接下来,摆在你面前的问题是用什么命令装,传统命令如下:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

这时,你很可能看到的不是成功安装的喜讯,而是这样的错误提示:错误: With R version 3.5 or greate

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