ReactomePA数据库下载及后续格式处理

最新推荐文章于 2024-12-22 20:06:36 发布

Tiaoxiaobai

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分类专栏：数据库下载处理文章标签： python 笔记经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/Tiaoxiaobai/article/details/138965635

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Reactome分析需要用到ReactomePA包处理

由于硬件能力有限，只能借助多个脚本实现（主打一个那个方便上手用哪个），总之自用能解决问题，及时记录一下，可能后面还能用的到的

最终想要得到的结果类型如下：

文件1：pathway_TERM2NAME.txt

文件2：pathway_TERM2SYMBOL.txt

第一步ReactomePA数据库下载：

rm(list = ls())
# 安装 ReactomePA
BiocManager::install("ReactomePA")
library(ReactomePA)
library(reactome.db)
ls("package:reactome.db")
keytypes(reactome.db)
library(dplyr)

PathwayId_Genes <- as.list(reactomePATHID2EXTID) %>% .[grep("HSA",names(.))]
PathwayId_PathwayName <- as.list(reactomePATHID2NAME) %>% .[grep("HSA",names(.))]
PathwayName_PathwayId <- as.list(reactomePATHNAME2ID) %>% .[grep("HSA",.)]
Genes_PathwayId <- as.list(reactomeEXTID2PATHID) %>% .[grep("HSA",.)]
name_id <- unlist(lapply(PathwayName_PathwayId, function(x) x[[1]]))
unpair <- PathwayId_PathwayName[!names(PathwayId_PathwayName) %in% name_id]
names(unpair)

##PathwayId_Genes，列表：pathwayID genes
##PathwayId_PathwayName列表：path