dRep安装问题

dRep安装遇到问题

官网：Installation — drep 2.0.0 documentation

一、安装

安装方式一：conda安装

conda install drep

报错：无法获取checkm_data_2015_01_16.tar.gz文件，

尝试解决办法：

\ ERROR: post-link.sh was unable to download /cqproj2/Software/Binning-software/miniconda3/envs/drep/staging/checkm_data_2015_01_16.tar.gz with the sha256 971ec469348bd6c3d9eb96142f567f12443310fa06c1892643940f35f86ac92c from https://zenodo.org/record/7401545/files/checkm_data_2015_01_16.tar.gz.

ERROR conda.core.link:_execute(945): An error occurred while installing package 'bioconda::checkm-genome-1.2.2-pyhdfd78af_1'.

Rolling back transaction: done

具体报错展示：

更换第二种安装方式：pip install drep，安装完毕，测试出现如下报错，一步步安装所需要的包

缺什么装什么，大部分可以通过conda进行安装，不能通过conda安装的遇到以下几个包，处理方式如下：

第三次遇到问题：nucmer、ANIcalculator 以及nsimscan无法安装

多次通过conda、pip安装均失败，失败报错为找不到相应的软件

问题待解决：

*（1）nsimscan安装方式：

wget -c https://github.com/abadona/qsimscan/archive/refs/heads/master.zip

unzip master.zip

cd qsimscan-master

make ##利用make编译器对Makefile文件进行处理即可

软链软件到drep的bin目录下

ln -s ~/miniconda3/envs/drep/qsimscan-master/nsimscan/nsimscan ./

（2）nucmer安装：

conda install mummer-3.23

cd opt/mummer-3.23

将nucmer软连接到与dRep在同一目录下：ln -s opt/mummer-3.23/nucmer ./

（3）ANIcalculator安装：

目前还没有解决，求助各位大神！！

不管了，后续使用好像也不大有影响

二、执行

执行时报错

没有激活conda环境，需要激活conda环境

conda activate checkm