plink --update-name 生成新的variant id（SNP名称）

最新推荐文章于 2023-07-24 15:50:49 发布
最新推荐文章于 2023-07-24 15:50:49 发布
阅读量1.1k 收藏
点赞数 2
分类专栏： Timo学习笔记 文章标签： shell 服务器
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Timo_CSDN/article/details/124005478
版权

1000G的文件下下来发现没有variant id，导致plink有些需要指明位点的功能无法操作

 plink2 --bfile chr1 --set-all-var-ids @:# --make-bed -out chr1

其中@:#表示chr和bp以：连接

野柚子__
关注
  • 2
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
SNP 命名总结
浩然正气
03-21 4471
关于snp位 点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式： 一、 突变信息之间加上位置信息 主要有三种方式：比如说突变信息之间加上cDNA的 位置，如C188T；突变信息之间加上DNA的位置，如A2546G；突变氨基酸信息之间加上氨基酸位置，如Glu145Lys。 二、 按发现顺序或频率顺序拟定的惯用名称 也有几种形式，如 CYP2D6*10,
SAP中的一些FUNCTION应用
yangliang1201的专栏
12-18 1181
 去掉LIFNR前导0   call function CONVERSION_EXIT_ALPHA_OUTPUT    exporting      input  =  G_T_RESULT-LIFNR    importing      output =  G_T_RESULT-LIFNR.单位转换      CALL FUNCTION CONVERSION_EXIT_CU
plink - 关于提取某一个特定的SNP
upyours00的博客
06-22 7795
一、 查看某一个snp的基因型频率 plink --bfile file --snp rs10402893 --freq --out rs10402893 --noweb 如果要计算全部snp频率则去掉“–snp rs10402893”命令就好 二、 计算某一个snp是否符合哈迪温伯格检验检验： 跟上面计算基因型频率类似，不过是将 --freq 改成 --hardy plink --bfile file --snp rs10402893 --hardy --out rs10402893_hw --nowe
SNP的rs号和染色体位置信息相互转换
shuai19970911的博客
07-24 2616
【代码】SNP的rs号和染色体位置信息相互转换。
菜鸟生信学习第三节笔记：plink常用功能
jxm的博客
05-03 9272
由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费，开源的全基因组关联分析软件。1.数据提取，合并、提取特定SNP、样本、基因组某段区域的基因型3.；2. 数据（计算样本杂合度和SNP位点杂合度、最小等位基因频率MAF）3. 格式转换；4. 遗传参数4.1 计算最小等位基因频率4.2 计算杂合度4.3 计算LD、过滤R24.4 计算亲缘关系IBS，构建G矩阵；4.5 计算近交系数 ( 统计样本ROH)；5. PCA6. plink将关联分析结果里的SNP注释：参考。
plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）
weixin_33853794的博客
05-04 5975
一、提取样本： 提取样本见命令行： plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID） 同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove” 二、...
[原]基因组变异检测概述
weixin_30625691的博客
09-29 1042
考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章，进过多番折腾，终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me，现在博客已经搬迁！ 首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O！ 1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是...
snpeff注释变异（variants）
weixin_33670786的博客
04-27 730
1、进入网站http://snpeff.sourceforge.net/，下载snpeff: wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2、解压、安装 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图： 3、注释变异： /path...
改bam文件的样本id
hzau_yang的博客
09-22 3761
问题描述：有时经常遇到重测序的数据加测的问题，或者NCBI上下载的数据中一个样本测了几个库，这个时候一个样本就会有两对或多对fastq文件。如果你把每个样本分别比对，使用了不同的ID，那么合并之后的ID就需要重新修改成样本名，才能进行后续的call SNP的工作。干这个事儿的主要有两个工具，samtools和picard。 输入数据：使用samtools merge合并之后的bam文件 samto...
plink如何更新表型数据
邓飞----育种数据分析之放飞自我
11-13 2403
大家好，我是邓飞。平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。plink有两种格式类型，二进制文件（bed，bim，fam）在fam文件的第六列，文本文件（ped，map）在ped文件的第六列。数据量小时，可以用excel打开，直接手动增加，如果数据量大，就需要编程实现，比如R语言，Perl或者Python。其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。
pandas-plink-1.2.16.tar.gz
最新发布
03-07
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
pandas-plink-1.2.18.tar.gz
03-07
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
pandas-plink-1.2.17.tar.gz
03-07
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
pandas-plink-1.2.15.tar.gz
03-07
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
pandas-plink-1.2.14.tar.gz
03-07
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
plink提取特定染色体中特定区域内SNP位点信息
aikkxaai的博客
09-24 2678
/home/kkx/software/plink --file 5osnp --recode HV -chr 8 --from-bp 25000000 --to-bp 26000000 --out 8snps “5osnp“：文件名 plink形式 --recode HV 转化成haploview可识别形式 ”chr8“ 染色体 from-bp 25000000 --to-bp 26000000 筛选区段 8snps 输出文件名 若不需要输入haploview，可以去掉--recode ...
PLINK-GWAS学习6------数据质控之杂合率质控
sweet_yemen的博客
08-22 2662
个体的杂合率偏差表明样品可能受到污染以及可能存在近亲繁殖。
plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）
weixin_33898876的博客
04-29 5828
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据： --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386 D' = 1 Haplotype Frequency Expectation un...
PLINK-GWAS学习3------数据质控之性别质控
sweet_yemen的博客
08-19 1010
根据性别检查的判断条件，女性的F值必须小于0.2，男性的F值必须大于0.8。
plink -ssh
11-05
plink -ssh是一款在Windows系统中运行的命令行工具，用于建立SSH（Secure Shell）连接。它是PuTTY工具集的一部分，可用于在Windows命令提示符或批处理文件中使用SSH协议进行远程连接和管理。使用plink -ssh可以通过命令行进行远程登录、执行命令和传输文件等操作。 要使用plink -ssh，首先需要在Windows系统上安装PuTTY软件。安装完成后，在命令提示符中输入plink -ssh命令，后跟远程主机的IP地址或域名，以及要使用SSH连接的用户名。系统会提示输入密码，输入正确的密码后，就可以与远程主机建立安全的加密连接。 除了基本的登录功能，使用plink -ssh还可以通过命令行执行远程主机上的命令。只需在plink -ssh命令后添加要执行的命令即可，如plink -ssh user@host "ls -l"表示在远程主机上执行ls -l命令。 此外，plink -ssh还支持传输文件，可以在本地和远程主机之间进行文件的上传和下载。通过指定不同的参数和选项，可以实现文件传输的功能。 总之，plink -ssh是一款功能强大的命令行工具，提供了方便的SSH连接和管理方式。无论是远程登录、执行命令还是传输文件，都可以通过plink -ssh在Windows系统下进行操作，为系统管理员和开发人员提供了很大的便利。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值