CONN | Preprocessing fMRI data

碎碎念：跟我读，CONN的理念是——“一条路走到黑”~~~

CONN是一款基于Matlab的fMRI处理工具，最早是为任务态数据处而开发的，不过分析静息态也很方便啦~~

目录

准备工作

 预处理-SETUP环节

BASIC

 Structural

 Functional

Preprocessing

 图像质量检查

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准备工作

1. 下载CONN包，将包所在路径添加到Matlab的工作路径当中，命令窗口输入conn

 ***下载地址 & 使用手册指路👇

CONN toolbox (conn-toolbox.org)https://web.conn-toolbox.org/home

2. 在跳出的GUI界面可看到OPEN/NEW，选择NEW新建项目

***正式开始之前，建议按照被试、序列将原始数据整理成下面这个文件结构👇

 预处理-SETUP环节

新建项目后就可以看到CONN的工作面板啦，预处理只用到SETUP环节。CONN界面有个奇异的特点是，好些功能直接看不到，只有鼠标移到附近才显示.............

BASIC

         分别填入被试总数、采集次数、TR。静息态采集类型默认为连续采集。

        ***Sessions or runs：当实验设计为纵向（或配对设计），即存在被试多次采集MRI时，就需修改此项为被试的采集次数，不然就默认为1。

 Structural

        输入对应的结构相，CONN支持dcm/nii/mgz。

        批量输入如下：

 Functional

        输入对应的BOLD数据。方法同上。

        ROIs/Options/Condition/Covariate在预处理阶段都可以先不管~~~

Preprocessing

         点击左下方的黄底黑字的Preprocessing键，出现以下界面，选择预处理步骤：

        例：借助T1结构相的两步配准Pipeline，供参考

         Add/Remove：添加/移除步骤

        Move up/down：调整步骤顺序

        Save/Load：保存/加载batch，方便其他项目直接加载~~~

        设置好就可以点击右下角Start键，按照提示输入fMRI扫描顺序、平滑核(mm)、重采样分辨率(默认97th，95th显然会更加严格，视情况而定)、头动控制要求即可，一路OK到最后就开始预处理~~~没有报错就等待吧~

***CONN的头动控制算法采用的ART-based identification of outlier scan for scrubbing，给大家找了篇CONN文章的方法学部分看看这个算法是怎么处理头动的👇。可以看到，这种头动控制剔除的是异常的时间点，而不是按照3mm/3°的标准直接剔除头动过大的被试，自然优点是可以保留被试数量，缺点是控制不严格导致信噪比降低。因此，可先用其他软件包剔除头动过大的被试后再扔到CONN里完成后续计算。此外，ValidScan数目亦可以作为协变量加入后续分析，但当其数量过少（阈值好像可以划到180？在哪篇文章看到来着...）时，那这个被试就容不得了是不~~~~

 图像质量检查

        点击左下方的黄底黑字的QA plots，create reports -> create plots -> 下拉选择想检查的条目-> Continue -> 就阔以啦~

        ***Denoise前一定要检查数据质量（尤其是配准 & 头动），血泪教训......