CONN工具箱分析fmri数据笔记1

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分类专栏： 磁共振数据处理笔记 文章标签： 经验分享 matlab mac
于 2021-11-21 00:11:49 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_52073820/article/details/121446505
版权
本文详细介绍了如何使用CONN工具箱进行功能磁共振数据的分析，包括安装、预处理和去噪步骤。在预处理阶段，涉及了基本设置、结构像和功能像的选择、异常点检测、平滑等关键环节；去噪部分则涵盖了默认设置的解释和去尖峰、带通滤波等操作。

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前言

CONN:functional connectivity toolbox，是基于MATLAB和SPM的一个对功能磁共振数据进行分析的一个工具箱。可以进行以下分析：
Seed-based correlations (SBC),
ROI-to-ROI correlations,
graph analyses,
Independent component analyses(group-ICA),
Masked (ICA)
Amplitude of Low-Frequency Fluctuations (ALFF & fALFF),
Intrinsic Connectivity (ICC),
Local Homogeneity (LCOR),
Global Correlations (GCOR)
Multivoxel Pattern Analyses (MVPA)
dynamic connectivity analyses (dyn-ICA, sliding-window correlations

一、安装

1、下载CONN工具箱(https://www.nitrc.org/search/?type_of_search=group&q=conn)、spm12
2、在MATLAB添加spm12、CONN工具箱，建立一个文件夹比如conn_test，在MATLAB设置为当前工作目录ÿ

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CONN可以用于fMRI的质量评估（QA, Quality Assurance）
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• QA_timeseries QC_MeanMotion：展示每个受试者的平均头动（Framewise Displacement, FD）。• 如果某个受试者在大多数时间点上FD很高，可能需要剔除该受试者或进行更严格的scrubbing（插值或回归掉大头动时间点）。• QA_NormMov 和 QA_ValidScans：查看每个时间点的头动情况，以及因过多头动被剔除的时间点。• QA_Timeseries QC_FC：功能连接的变异性，异常值可能提示质量问题。
CONN:休息状态或基于任务的神经影像数据的功能连接分析； CONN工具箱，开发版本-matlab开发
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CONN 是一种基于 Matlab/SPM 的开源跨平台软件，用于计算、显示和分析功能连接性磁共振成像 (fcMRI) 请参阅https://web.conn-toolbox.org/tutorials 和https://web.conn-toolbox.org/conn-in-pictures 有关教程和使用示例 注意：此存储库包含 CONN 的开发版本，包括尚未完全测试或合并到主要稳定版本中的更改。 如果您想下载 CONN 工具箱的最新主要版本，请访问https://www.nitrc.org/projects/conn/
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CONN是一款基于Matlab的跨平台软件，用于计算、显示和分析fMRI中的功能连接。CONN是一个简单易用且功能强大的软件包，包括如下的连接分析（基于种子点的相关性、ROI到ROI的图论分析、ICA、masked ICA、fc-MVPA、gPPI、ALFF、ICC、GCOR、LCOR等）。无论您是初学者还是资深开发者，都能在这里找到适合您的工具和资源。CONN是基于SPM在Matlab环境下运行的软件，使用前请确保已经安装SPM（SPM12及以上）和Matlab（Matlab R2013b及以上）。
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CONN is a Matlab-based cross-platform software for the computation, display, and analysis of functional connectivity in fMRI (fcMRI). Connectivity measures include seed-to-voxel connectivity maps, ROI-toROI connectivity matrices, graph properties of connectivity networks, generalized psychophysiological interaction models (gPPI), intrinsic connectivity, local correlation and other voxel-to-voxel measures, independent component analyses (ICA), and dynamic component analyses (dyn-ICA).
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功能磁共振成像简称fMRI，是使用磁共振成像技术来观察活体功能代谢活动的实验技术方法。这篇文档讲述了fmri的基本原理和相关的磁共振技术。
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手把手教你使用CONN（预处理）
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CONN是一个基于Matlab的跨平台软件，用于计算、显示和分析功能磁共振成像（fcMRI）中的功能连通性。也可用于静息状态数据（rsfMRI）以及任务相关设计。
基于CONN进行脑功能连接分析——预处理
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