影像数据库 | ADNI数据下载/分析

Tregs

已于 2022-05-10 11:14:12 修改

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文章标签： matlab

于 2022-03-26 14:43:01 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Tregs/article/details/123754830

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碎碎念：最近在折腾ADNI数据库，想扒点data下来验证下自己data算出来的结果。啊~庞大的数据库往往伴随着痛苦滴筛选过程~~~~~~~~

ADNI，Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative，是一个聚焦阿尔茨海默病神经影像的公共数据平台，除了MRI（sMRI/fMRI/DTI）、Aβ-PET等影像资源，同时涵盖被试的体液标志物（血液、脑脊液样本）、神经精神量表等临床信息，其队列建设可谓业内标杆了。

下载ADNI数据的第一步就是网站注册，按照网站指示填表格等邮件回复就行啦，so easy~~ 邮件回复需等待约1~2周时间。

进入下载界面，可看到下图所示的高级检索平台，根据研究需要可设定条件，emmm建议先别卡太严格不然被试太少了.......具体怎么下可参考下其他blog，最好都自己点点尝试下......我用Edge浏览器下的，下载速度偏慢，而且容易断，断了就点击继续就行，大部分还是能重新连上继续下载的，尚能忍受.........

下面分享遇到的一些坑，有的解决的，有的还在摸索......

1）下载格式可以选择原始的dcm或者转好的nii格式，dcm优点可以看到头文件信息，缺点在于下载体积大，nii优点是体积小、减少部分处理步骤，但是，下的nii文件在后续处理遇到点问题，一是fMRI数据如果转4D nifti格式出现以下bug，当然了，不转直接用也不影响.....二是预处理过程中不能进行原点校准——会发现x/y/z roll变成了上下/左右移动；三是一大半图像的冠状位是颠倒的.......如果不校正这配准.......

2）我在筛选过程中只选了3T Siemens的、TR/TE、matrix、thickness参数一致的文件，但图像质量肉眼看上去有的不大一样，算出来的FC有点诡异，目前还没找到原因。打算再看下扫描protocol，看看是否要剔除被试或者纳入协变量。

3) 在Slice timing环节，第一遍处理时想当然地填了mricron读取的nii的Slice order。后来越想越不对，因为我在西门子、联影、飞利浦多个型号的机器都扫过，之前遇到过工程师给的准确扫瞄顺序与mricron这个参数不一致的情况......

幸而找到这篇blog解决了问题👇
(14条消息) dicom中读取slice order的信息_张君宝USTC的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/Junbao_Zhang/article/details/85245922

按照里面对于Siemens数据头文件的读取方式（Matlab: dicominfo()函数），发现手上这批ADNI数据（Axial_rsfMRI_Eyes_open: 48slices/3.4mm thickness/TR 3s），部分图像的Slice order是：47:-2:1 48:-2:2......也一些不是.............