学习笔记｜fmri_3 preprocessing+batch

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P6 dicom转档与pre 这部分笔记是视频1h10min的地方开始（这集共两个半小时）
到这里已经整理好数据了

打开spm

两种方法
1、spm —— 出现窗口，选择 fmri
2、命令行输入： spm fmri

设置路径

step1: 在Menu界面，选择cd

左边点点点找路径
说两点注意的
1、找到想要的路径了，怎么选中：点击右面 . （对就是那个点，文件夹最上面，点击代表选中左边的路径），然后点击Done

2、点击之后如下图，. 不见了，最底下出现一行路径，最后点击Done 路径选择完成。
如果不想选这个路径，在最底下的那行路径上点一下，这行路径被删除。这时候你会发现右侧并没有刷新，这是一种保护机制，如果其他操作，需要选取文件时，这样可以避免重复选择。
如何刷新呢，点左边到上一级，再重新进下一级，页面就会刷新——该操作spm里通用。【视频1h20min左右】

一 slice timing

点击Menu——slice timing，出现下面右图内容

1 先读图

1、位置1显示在进行的操作是 slice timing
2、位置2 带X的都表示是需要补充输入内容的，只有把标X的都操作后，位置3的run图标才会亮

2 填内容

视频1h40min有详细说明，具体参数要看扫数据的核磁参数的设置，用不同地方核磁扫描时，核磁仪器参数可能有所不同。跟扫描员确定（一般会有仪器参数的pdf版说明）。

3 结果显示

跑完文件夹会多一批被试，文件夹的选择这里只选了一个run/一个block的扫描文件夹，没有全选，先跟着练一下，后面再批量。
选择是做第一轮（run1）的文件夹，原文件夹 437个文件，做完slice timing 文件夹有437*2 个文件，多的一倍新数据前面都对应有a做前缀。 如原数据 007_0345.img ——slice timing操作后——新数据：a007_0345.img

二 realign

选第三个，点击

出现realign的batch editor 页面，只有一个有X，就是选数据，这里就选上面跑出来的新数据，找带a前缀的

注：可以用filter筛选带a的， 输入 ^a.*，回车，全选——done——数据页面自动关闭——run

数据结果 新数据带前缀r

1、可以看Graphics看数据质量，里面两个折线图，translation和rotation，可以看到translation在0.1到-0.2范围内波动，算是可接受范围

2、realign后的数据 前缀变为ra

batch

再记视频最后一个内容，什么是batch，虽然听报告听了很多回，但还是在实践中学习，才理解的更深刻。
先说为什么要batch，像上面说的步骤，slice timing和realign，如果对拿来的数据进行这两步的处理，要一步操作完，再做另一个步骤。
如果有写好或输出好的batch文件，比如视频中的（下图），那么这个导入的batch文件是包含步骤比较全的了，从change directory 到results report（这个是连后面的统计步骤都做了的）。
这样的操作步骤，就不用一步步来，直接选好要处理的数据，一键run就跑完了。
后面再有新数据，也可以想同步骤，简直不要太方便。