周报第二十七周

周报第二十七周

学习时间

周报第二十七周：2023.11.5-2023.11.12

本周进度

1.学习了2023年review《Computational methods for analysing multiscale 3D genome organization》,该论文总结了如今在3D genome organization领域的数据集，计算方法以及未来的展望

此图展示了目前机器学习在3D genome feature预测领域的作用，第一是预测单对的interaction。第二是对于整个contact map进行预测，将原本数据很稀疏的contact进行dense，利于后续的downstream analysis。

近年来出现的scHi-C(single-cell Hi-C)技术能够捕捉到细胞与细胞之间的差距，前的数据是由一组(bulk Hi-C)接近的细胞测序得出的，忽略了细胞之间的差异性，但是scHi-C测的是单个细胞的序列，能够区别同类型细胞因年龄，甲基化，乙酰化等造成的解除之间的差异，并识别出相应的细胞亚型。但是scHi-C的数据比起bulk Hi-C来说更加稀疏，对于计算和分析的难度又更上一层楼，因此需要更多的计算方法来解决此类问题。

不只有scHi-C数据集能够表示基因位点之间的解除，其他的方法测出的数据集也能运用于后续的分析，比如SPRITE，GAM，TSA-seq，Multiplexed FISH等数据集。
2.尝试运行scHicluster的代码，不过由于生物领域的数据比较难找，因此在运行的过程中因数据问题出现一些意外。

下周计划

1.阅读science论文《Single cell DNA methylation and 3D genome architecture in the human brain》
2.继续运行schicluster，因为新的这篇论文也是基于改进的schicluster得出的结果。