中文医学知识图谱CMeKG项目环境配置的摸索
刚接触知识图谱,对CMeKG已经有其他老师讲得很细了,这里记录一下我在跟随老师运行这个项目之初遇到的项目环境配置问题。
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首先我过去已经安装过python开发的相关环境,包括Pycharm、Anaconda,在Anaconda里面创建过一些环境,这个有很多教程,不赘述。
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一开始我用了python3.8环境,pytorch、torch、torchvision版本如下图,结果运行CMeKG_tools-main时频频报错。
然后,我看老师用的时python3.6的环境,于是重新创建了py3.6,并且重新安装pytorch、torch、torchvision,transformers,这其中除了torchvision是用Anaconda的Prompt安装的(对应环境下运行命令“pip install torchvision -i https://pypi.doubanio.com/simple”),其他都是通过Anaconda创建环境来搜索添加的,自动安装的版本是pytorch:1.4.0 ,torch:1.10.2 ,transformers:2.1.1 。
这样,环境重新搭建后,项目就可以开始按步骤跑起来了,目前还遇到了其他报错,下面的第4张图片,不过好在已经有些眉目了,继续研究下bug,争取把知识图谱给搞通了。
bug:
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numpy用的1.24.3也报错,后来换了1.19.2版本,numpy这部分就不报错了。
最后附一张跑通部分的Debug图片:
补充:昨天提到还有其他的报错,如下图,搜索后发现是transformers的版本问题,于是卸载重装了好多个版本,最终2.4.1这个版本在CMeKG项目中成功运行了。高兴啊!
运行成功情况下pytorch(卸载安装transformers过程中被重新安装了)、torch、torchvision、transfomers的对应版本截图如下:
最后附上跑成功的一个demo的截图:
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