windows安装图像配准工具ANTS并进行linux可视化记录

首先给出所有的参考文献链接：

ANTs安装踩坑记录 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)作者：鱼仔还不会游泳 

(59条消息) Linux——vi命令详解_linux vi_傲骄鹿先生的博客-CSDN博客

WSL2 + Ubuntu + 图形界面安装 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)

WSL2中使用VcXsrv实现xfce4图形界面+声音传输 - 知乎 (zhihu.com)
 

一、安装ANTS

第一步：安装 WSL （非Windows系统跳过此步骤）
目的是在win上启用虚拟机。WSL安装步骤参考Microsoft官方文档安装 WSL | Microsoft Learn 

安装ubuntu。

如果要在win系统中访问linux子系统，在资源管理器中输入\\wsl$即可。

如果要在linux子系统中访问win的资源，位置在/mnt文件夹下。

安装的时候注意记住密码，123456是好的选择。

 第二步：配置基本环境

安装开发环境：sudo apt-get -y install build-essential

安装git：sudo apt-get -y install git

安装cmake：（两个安装）

sudo apt-get -y install cmake

sudo apt-get -y install cmake-curses-gui

安装zlib：sudo apt-get -y install zlib1g-dev

第三步：安装ANTs
1.下载ANTs。打开梯子。

执行：git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git

如果失败就多来几次。最后会下载下来一个文件夹，位置在当前路径下，名称为ANTs。

关闭梯子。

2.在当前路径创建一个新目录。

执行：mkdir ants（或者其他名字）

进入这个新目录，执行：cd ants（这一步不可以省略）

3.ccmake。

执行：ccmake ../ANTs

会进入一个界面，按c，cmake会做出检查，可能会有报错。

设置选项需要更改：（1）SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL改成OFF。（2）RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 OFF。第一个我没有找到，但是不影响我的使用。

报错可能有：

（1）cmake版本不对：安装要求的cmake版本。

（2）其他错误：请注意一定要在新建的ants文件夹下执行ccmake命令。

如果以上因素已经排除，请Google解决方案。

解决完问题后，再次按c

如果没有报错就可以继续按g来生成makefile

生成成功后会自动退出。

4.build。

执行：make -j 2 2>&1 | tee build.log

如果不成功就重来几次。我会卡在cloning into... 是网络问题。

成功的话，执行：make

最后会输出：[100%] Built target ANTS

5.install。

首先切换目录，执行：cd ANTS-build

然后执行：sudo make install 2>&1 | tee install.log （我不知道加sudo是不是必备的，但是我这里不加sudo会报错的）

6.添加环境变量。

执行：vi ~/.bashrc（这个文件的名字可能因为系统而不同，编辑器大家用的也不一样，这里只是一个例子），先按字母i进入插入模式，在末尾添加：

export ANTSPATH=/opt/ANTs/bin

export PATH=$ANTSPATH:$PATH

按ESC键 进入命令行模式，然后从以下命令中选择：wq进行保存，以防出错这里给出所有命令。更详细的大家可以从上面链接了解。

:e! 放弃所有修改，从上次保存文件开始再编辑:w 保存文件但不退出vi
:w file 将修改另外保存到file中，不退出vi
:w! 强制保存，不推出vi
:wq 保存文件并退出vi
:wq! 强制保存文件，并退出vi
q: 不保存文件，退出vi
:q! 不保存文件，强制退出vi

保存退出后，执行：source ~/.bashrc

7.测试安装是否成功。

执行：which antsRegistration

安装成功的话会输出这个文件的位置。

执行：antsRegistrationSyN.sh

会输出antsRegistration的使用说明。 

二、安装Linux桌面显示

到这里就完全按照此链接进行安装，注意把防火墙设置成允许访问

WSL2中使用VcXsrv实现xfce4图形界面+声音传输 - 知乎 (zhihu.com)

后面的声音传输没有整。现在看一下效果。

1.首先启动xlunch。

 最小化到桌面，打开utunbu

输入密码，密码是不显示的，出现下面情况后，打开最小化的VcXsrv窗口

 然后我们就发现出现了画面。

如果要在linux子系统中访问win的资源，位置在/mnt文件夹下。 

我们下载的ANTS.

 接下来就可以使用ants进行配准了。我们可以在桌面新建一个output文件夹，放入两张图像进行配准试试效果。

antsRegistrationSyN.sh -d 2 -f /mnt/c/Users/Advent/Desktop/2-1-13-ct-0.png -m /mnt/c/Users/Advent/Desktop/2-1-13-mri-0.png -t bo -o /mnt/c/Users/Advent/Desktop/output