【ANTs】医学影像处理工具ANTs安装教程 - 快速安装，即插即用，无需编译

【ANTs】医学影像处理工具ANTs - 即插即用的安装教程，无需编译

ANTs（Advanced Normalization Tools）是一个用于处理医学图像的先进工具集。ANTs 允许人们组织、可视化和统计探索大型生物医学图像集，具有医学图像配准、分割等强大功能。

在以往的博客里，ANTs的源码编译安装教程已经较为详细，由于网络和操作系统的缘故，安装过程可能出现一系列问题。因此，这种方法往往并不适用于初学者或具有较少Linux基础的使用者。

我将在这篇博客介绍ANTs的一种简单的安装教程，它基于官方的Releases，只需要几步便可以完成。

基于Releases的安装

1. 前往ANTs项目的Github主页link

2. 在右侧有Releases字样，点击此处

3. 你将能找到来自官方的编译后的版本，选择发布日期靠前的Release，在其中的Asset部分找到适合你电脑操作系统和版本的名称，点击即可下载

   注意，目前ANTs只支持MacOS、CentOS及Ubuntu，如果是Linux的其他发行版本建议使用源码安装；对于Windows用户，建议使用Ubuntu子系统完成安装。

4. 下载之后的文件夹是这样的格式：

   ants-2.x.x # 版本号码
   ├─ bin # 存放程序集
   │    ├─ AddNoiseToImage # 可执行文件
   │    ├─ antsASLProcessing.sh # ANTs具体的function，后面会用到
   │    ├─ ...
   │    └─ WarpTimeSeriesImageMultiTransform # 可执行文件
   └─ lib # 存放静态库文件
   

5. 下载的分发版本和编译的版本文件结构略有不同，下载的分发版本是没有/script文件夹的，所有的.sh脚本文件都存放在bin目录下

6. 在运行前，需要写入ANTSPATH作为环境变量，例如，我的ants-2.x.x文件放在了这个目录下：/Users/harvel/code/ants-2.4.3，那么需要执行：

   export ANTSPATH=/Users/harvel/code/ants-2.4.3/bin
   

   注意：ANTSPATH是ANTs下的bin目录；当然也可以写入.bash_profile，这样做的好处是不需要每次使用ANTs时重新声明环境变量

ANTs使用（以配准为例）

1. 然后，就可以开始使用ANTs进行分割、配准等操作了，请先进入ANTs的bin目录作为working directory，确保当前所在目录有相关.sh文件，然后进行操作，例如：

   antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f target.nii.gz -m example.nii.gz -o reg_
   

   上述命令是将example.nii.gz配准到target.nii.gz，维度为3，输出文件开头为reg_，最终将输出五个文件，包括后者配准到前者的图像。整个过程将会执行五分钟以上。如果想要更快速执行，可以使用ANTs提供的更快的方法：

   antsRegistrationSyNQuick.sh -d 3 -f target.nii.gz -m example.nii.gz -o reg_
   

   如果只想保留example.nii.gz配准到target.nii.gz的文件，可以在上一条指令执行的基础上继续执行

   rm "*1InverseWarp.nii.gz"
   rm "*1Warp.nii.gz"
   rm "*0GenericAffine.mat"
   rm "*InverseWarped.nii.gz"
   

2. 最终将保留一个名为reg_Warp.nii.gz的文件，生成在bin目录下，可以使用mv命令每次执行之后将它重命名并转移到目标目录下，这里不再赘述。为了使用方便，你可以把脚本中的-o后换成你转换的文件标识名称，这是一个简单的使用例：

   #!/bin/bash
   input_dir="usr/data/input"
   output_dir="usr/data/output"
   for i in {1..50}; do
   	./antsRegistrationSyNQuick.sh -d 3 -f "${input_dir}/${i}_target.nii.gz" -m "${input_dir}/${i}.nii.gz" -o "$i"
   	# Delete specified files
   	rm "*1InverseWarp.nii.gz"
       rm "*1Warp.nii.gz"
       rm "*0GenericAffine.mat"
       rm "*InverseWarped.nii.gz"
       # move file
   	mv "*Warp.nii.gz" "${output_dir}/"
   done
   

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