如何使用Pymol把RNAcomposer合成的三级RNA结构转变为DNA结构

通常我们使用一些RNA三级预测软件用于预测单链DNA的三级结构，因此在RNA三级结构构建以后，我们需要自己将RNA转变成DNA，这里概述如何使用Pymol将RNA三级结构转变成DNA三级结构。这个方法同样可以用于蛋白质中部分氨基酸突变。

方法：

1、点击右下角“S”，显示核酸碱基，A(Adenine 腺嘌呤)、T(Thymine 胸腺嘧啶)、G(Guanine 鸟嘌呤)、C(Cytosine 胞嘧啶)。

2、通过碱基序列右键选择要突变的碱基，此处选择U，通过show->stick，Color->red，使该碱基标红；

3、点外部GUI窗口的Wizard->Mutagenesis>nucleic Acids，选择需要突变的氨基酸，这里选择碱基U，左上角出现“Pick a residue…”，

4、点击"mutate to ..."选择"Thymine",点击"Apply"，最后逐一修改RNA序列里的碱基U即可

5、最终保存即可