基于RNAfold预测RNA的二级结构（命令行版）

RNAfold子程序实质上是封装在ViennaRNA软件包中。

1. 从https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#download网站下载ViennaRNA（version1.8.5）源码包，编译安装。安装过程不再细讲。不会的可参照我之前的博客。
   
2. 运行以下命令批量预测和绘制RNA二级结构图

/usr/local/bin/RNAfold -p < test.fa > test.res
# /usr/local/bin/RNAplot -t 1 -o svg --pre aaa < test.res # 基于1的结果绘图
/biodata/02.software/ViennaRNA-1.8.5/Utils/relplot.pl test_sequenc_ss.ps test_sequenc_dp.ps > 5S_rss.ps # 可靠性信息以颜色注释的形式呈现给RNA二级结构图（beauty）
gv 5S_rss.ps # 查看二级结构
# 将postscript文件转成pdf图（另还可用ghostscript转化）
magick convert -density 300 5S_rss.ps 5S_rss.pdf # 生成二级结构pdf图
magick convert -density 300 5S_rss.pdf 5S_rss.png

说明：RNAfold会生成两个文件。一个为postscript文件，这种文件可以转换为PDF格式。

生成的二级结构图如下：

另产生的str文件内容如下：
该结果采用dot-bracket表示法标记二级结构，上述用法只给出了最佳的二级结构预测结果和对应的自由能。
关于dot-bracket表示法解释：
该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思想是利用配对的括号来表示碱基的互补配对，用连续的点号来表示茎环结构，对于下图所示的二级结构

RNA二级结构表示法Dot-Bracket notation如何理解：

对应的表达式如下

(((..((((...)))).)))

从第一个黑色圆点对应的碱基开始，一开始是3个配对碱基，所以先用3个(表示，接下来是茎环结构中未配对的两个碱基，用2个.表示，然后是4个配对碱基，再然后是未配对的3个碱基，再往后的配对碱基与前面左括号(表示的碱基相配对，所以用右括号)表示。

这种表示方式只采用了两种符号，而且都是计算机可以识别的符号，所以软件也可以识别，在很多软件和数据库中，给出的二级结构都会用这种方式来表示。