求教!!! GAPIT跑GWAS错误 Error in ‘[.data.frame‘(GD,,!is.na(GI.MP[,3])):选择了未定义的列

已于 2024-03-27 18:14:54 修改
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于 2024-03-27 18:14:18 首次发布
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求求大家了，每次跑到这块就error了，我的基因型文件大概有两百多万个snp。后来尝试把基因型数据删减到只有几十个snp，发现是可以跑通的，但整体的不知道为啥就会出现error，检查了下二者没有什么格式上的不同，不知道怎么回事，感谢大家的回答！

Error in [.data.frame(data, c(i, j)) : undefined columns selected
weixin_42610671的博客
02-15 6014
这个错误是因为你在对数据框进行子集选择时，指定的列名(i和j)不存在于数据框中，导致选择出错。 可能的原因包括： 你打错了列名。 列名包含空格或其他非法字符。 数据框中确实不存在你指定的列名。 解决方法包括： 检查列名是否正确，确保没有打错或包含非法字符。 使用列的索引号而不是列名进行子集选择。 检查数据框是否包含你需要的列，可能需要重新导入数据或对数据进行清洗。 ...
Error in `[.data.frame`(feature.names, , gene.column) : 选择了未定义的列
weixin_51272739的博客
10-11 3549
gene.column的默认值是2。同时，对比报错的文件（如下左图）和读取正常的示例文件（如下右图），报错文件中只有一列gene symbol。而示例文件中一共有两列，分别是Ensembl ID和gene symbol。Read10X读取时，取gene symbol，所以默认值是2。使用Seurat包读取10XGenomics数据时出现了报错。所以，修改默认值gene.column = 1就可以了。Read10X查看函数参数，发现。
c函数报错:dataframe，未定义的列
weixin_61903696的博客
09-17 392
使用r语言，数据没问题，报错未定义的列，好烦òᆺó。
R语言报错选择了未定义的列怎么解决
corianderTiramis的博客
03-19 7190
选择了未定义的列报错
Error in mtfrm.default(list(url = “http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/ld/clump“, : cannot mtfrm
qtkxxx的博客
01-18 2784
请问这个是网络问题吗？
Error in data.table data vv lapply vv functionx eval parse text = x
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-18 860
asrmel4r报错截图： Error in `[.data.table`(data, , `:=`((vv), lapply(vv, function(x) eval(parse(text = x), : Supplied 10023 items to be assigned to 1084 items of column 'ainv'. If you wish to 'recycle'...
GAPIT_Tutorial_Data.zip_GAPIT分线_gapit_gapit in r语言_gapit 教程_tuto
09-20
在GAPIT_Tutorial_Data压缩包中，可能包含了模拟数据集、示例脚本或演示如何使用GAPIT的详细步骤。这些资源是实践和理解GAPIT功能的重要工具。你可以按照教程逐步操作，亲自动手进行基因关联分析。 总结来说，GAPIT...
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plink的GWAS数据处理作业流程 plink是一款广泛应用于GWAS（genome-wide association study，genome-wide association study）数据处理的软件工具。它提供了强大的数据处理功能，包括数据管理、格式转换、数据过滤、...
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astro.all=astro(node.gwas,as.data.frame(string),all.nodes=T) Error in page_rank(net.clean, personalized = as.numeric(node.gwas[, "padj"]), : At core/centrality/prpack.cpp:95 : The sum of the elements in the reset vector must not be zero. Invalid value
07-11
要解决这个问题，你可以检查一下你提供的参数，特别是`node.gwas`和`as.data.frame(string)`。确保它们的值和格式正确，并且不会导致重置向量的元素和为零。 另外，你还可以尝试使用其他合适的参数或调整现有参数，...
R中报错Error in `[.data.frame`(all, all$cell_suspension.selected_cell_type == : 选择了未定义的列
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在R中做数据筛选时报错Error in `[.data.frame`(all, all$cell_suspension.selected_cell_type == : 选择了未定义的列 错误原因：需要根据行或者列筛选 解决办法：若按行筛选需要用 all[#筛选条件,] 若按列筛选需要用 all[,#筛选条件] 注意“,”的位置 ...
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