小羊小羊，遇事不难-CSDN博客

原创 anaconda中下载压缩包并用conda安装包

有时直接conda安装包时会出错；报错PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels。#直接下载压缩包安装https://blog.csdn.net/weixin_45552562/article/details/109668589；conda install -y bioconda::ucsc-gtftogenepred #直接安装报错。

2024-07-06 22:27:06 363

原创 Error in if (class(projection) != “matrix“) projection ＜- as.matrix(projection) : the condition h

下载包https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/files/10134172/monocle_2.26.0.tar.gz。#参考https://github.com/ixxmu/mp_duty/issues/3404。#linux中尚未解决，但是本地电脑Rstudio中也是上述报错，解决方法如下。ordercells函数；#Rstudio中安装包。#warning无所谓。

2024-06-24 14:56:03 180

原创 Exception in thread “main“ java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space: failed reallocation of scala

跑ModelSegments时输出没有结果并报错Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space: failed reallocation of scalar replaced objects；解决方法将--java-options "-Xmx20g"中内存调大，比如到-Xmx180g即可解决问题；参考https://github.com/broadinstitute/pilon/issues/44。

2024-05-18 14:25:36 158

原创 git clone报错error: RPC failed； result=16, HTTP code = 0fatal: The remote end hung up unexpectedly

解决办法，输入下面代码后再重新运行git clone代码皆可。#用git clone报错如下。

2024-04-17 19:25:31 209 1

原创 conda新建环境报错An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.

将 .condarc文件中的内容删除，改成下面的内容。清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。改完后终端输入下面代码即可正常用conda。conda新建环境报错如下。

2024-04-16 22:16:59 443

原创 samtools sort: failed to read header from “-“

报错原因：fastq中有序列的第二行序列和第四行序列质量的长度不一致，导致错误比。

2024-04-01 13:43:47 765

原创 Error in paramSweep_v3() : could not find function “paramSweep_v3“

问题：DoubletFinder包中找不到paramSweep_v3函数。

2024-02-21 16:21:07 1381 3

原创 devtools::install_github安装包报错Error: Failed to install ‘unknown package‘ from GitHub: HTTP error 401

报错原因github token过期，重新申请一个即可，将新的token保存到R中即可。#再重新运行下载包的代码，下载成功。

2024-02-21 14:57:05 888

原创 RunUMAP报错Error in uwot(X = X, n_neighbors = n_neighbors, n_components = n_components, : n_neighb

pbmc

2024-02-21 09:11:01 456

原创 R中安装包报错Error: Failed to install ‘unknown package‘ from GitHub

参考https://blog.csdn.net/weixin_44022515/article/details/122022228。#参考https://blog.csdn.net/qq_39241986/article/details/128496017。

2024-01-03 22:33:04 875

原创 SpatialFeaturePlot画图是空的

原因，left_join之后自动把st@meta.data的行名变成了1，2，3.....将行名换回barcodes名即可。做了上述操作之后画出的图是空的。

2023-11-21 21:51:49 328

原创 R中报错Error in `ggsignif::geom_signif()`:! Problem while computing stat.ℹ Error occurred in the 2nd

p+ stat_compare_means(comparisons = list(c("NR_NT","NR_T"),c("NR_NT","R_NT"),c("NR_T","R_T"),c("R_NT","R_T")),family = "TT Times New Roman",method = "wilcox.test",label = "p.signif",#标记p值的方法。label.x = 1.5#调整p值所在位置。label.x = 1.5#调整p值所在位置。

2023-11-01 20:56:43 1076

原创【无标题】

circos.heatmap(mat1, col = col_fun1)报错如下。解决办法：重新R，再重新跑一次即可。

2023-10-07 20:15:14 392

原创 linux中查看pip安装的包的版本号

参考。

2023-09-21 10:55:32 416

原创 windows10蓝牙突然不见了

更新后如果还是不行，尝试关机重新开机；一定要关机，重启不行。解决方法：更新windows系统；蓝牙打不开，显示无法打开蓝牙。

2023-09-09 11:09:32 69

原创 R中安装包报错Permission denied

解决办法：以管理员身份打开Rstudio，再次安装这个包rlang 即可。

2023-09-07 21:22:20 2127

原创 Error in grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : 字体类别出错In addition: T

font_import("C:/Windows/Fonts")#选择yes。#再使用ggsave(）就不会报错。#导入windows中的字体库。#和Times相关的有下面这些。

2023-08-22 15:20:44 2999

原创 R中as.numeric不起作用

cf124_new[1:124,1:141433]=as.numeric(unlist(test[1:124,1:141433]))#直接运行时转为numeric型不成功。as.numeric对一整列都是字符型的可以转化为numeric；当指定第几行到第几行转化为numeric型时往往不成功。

2023-07-29 21:17:38 215

原创 R中heatmap如何保存图片

draw(f)dev.off()

2023-07-09 23:00:03 642

原创 R中for循环中if语句报错Error in if ((test$a == “None“) & (test$b[i] != : missing

报错原因test$a或b中有缺失值。

2023-06-29 10:48:19 243

原创【无标题】gatk FilterMutectCalls输出结果为空，报错Error: the last column in header row should start with ‘Otherinf

cat p430P_mutect2.vcf -n |head -n 118280 | tail -n +118270#发现第118278行不是chr开头的，删除掉这一行。解决办法：再运行一次，看看到底是哪一行，gatk FilterMutectCalls输出结果中有指示哪一行，但需要非常仔细看才看得出来，如下图的121473这一行。解决办法：在mutect2得到的vcf文件找到这一行附近发几行，看看到底是哪一行的的列数和其他的不一样，删除该行重新跑即可。缺点：需要对每一个样本都进行这样的测试。

2023-06-04 12:16:36 487 1

原创 bcftools报错bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0

解决办法，重新安装conda install -c bioconda -c conda-forge bcftools=1.15.1。

2023-05-30 21:21:09 575

原创 windows中蓝牙图标不见了，蓝牙设置也打不开

解决方法：在搜索栏搜windows更新，进去更新下重启即可。

2023-05-25 13:30:40 223

原创【无标题】Error: The input GRanges (your vcf data) and the ref_genome do not have the same genome

【代码】【无标题】Error: The input GRanges (your vcf data) and the ref_genome do not have the same genome。

2023-05-17 22:25:08 75

原创 ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismat

GATK3 -T RealignerTargetCreator 步骤报错ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismatching number of bases and base qualities. Offender: T_SOLEXA-GA02:6:9:1538:8018 [1 bases] [0 quals]

2023-05-16 19:41:38 151

原创【无标题】

尝试建立一个叫libcrypto.so.1.0.0 （/share/home/miniconda3/envs/ENV_NAME1/lib/libcrypto.so.1.0.0）的符号链接指向/share/home/envs/ENV_NAME2/lib/libcrypto.so.1.0.0。解决方案：ll ~/miniconda3/envs/*/lib/libcrypto.so.*## 其中，`ENV_NAME`是conda环境名，需根据自己的名字进行替换。查看哪些地方有libcrypto.so.*

2023-05-03 22:29:21 45

空空如也

空空如也