RDKit绘制化学反应

最新推荐文章于 2024-04-30 17:28:01 发布

Wingsang

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分类专栏： RDKit 文章标签： python

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1.导包

import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem as Chem

2.绘制分子结构

反应物：

m = Chem.MolFromSmarts('N[c:1]1[cH:2][cH:3][c:4]([cH:5][c:6]1[N+:7]([O-:8])=[O:9])[C:10](=[O:11])[CH2:12][CH2:13][C:14](=[O:15])[OH:16].Cl.[C-]#N.N#C[K].O=NO[Na].[Cu+]')
Draw.MolToImage(m)

生成物：

m = Chem.MolFromSmarts('N#C[c:1]1[cH:2][cH:3][c:4]([cH:5][c:6]1[N+:7]([O-:8])=[O:9])[C:10](=[O:11])[CH2:12][CH2:13][C:14](=[O:15])[OH:16]')
Draw.MolToImage(m)

3.绘制化学反应（基于模板）

tem = 'N-[c;H0;D3;+0:1](:[c:2]):[c:3]>>[N;H0;D1;+0]#[C;H0;D2;+0]-[c;H0;D3;+0:1](:[c:2]):[c:3]'
rxn = Chem.ReactionFromSmarts(tem)
Chem.Draw.ReactionToImage(rxn)

结果：