生信小白到CS大佬DAY3 | Linux软件安装--conda

下载安装

有 miniconda 和 anaconda 两种，我自己安装的是anaconda，其实安miniconda就行。

1.下载

wget -c https://xxx  
#下载
#断点续存，用wget就默认-c就行

2.安装

1.bash：解释器
2.查看license，安装条款，可以不停按回车，q不同意退出，yes or no>>>yes
3.在需要按键时按了其他键， ctrl+退格键（backspace） 删除多余的建

需要把conda添加进环境变量中。

vim ~/.zshrc

# software
export PATH=SPATH:/xxx/xxxx/anaconda3/bin  #（conda的bin文件）

# 安装完重新激活 
source ~/.zshrc #source可以换成.一样，source也称为点命令

3.shell配置文件

1) Bash ：Bash（Bourne Again Shell）是许多Linux发行版中默认的shell。

~/.bashrc # 为Bash shell提供个性化设置的shell 配置文件。

2) Zsh ：Zsh（Z shell）是另一种流行的Unix shell，它为用户提供了一些额外的功能，如命令补全、主题和插件支持。

~/.zshrc  # 为Zsh shell提供个性化设置的shell 配置文件。

所以~/.zshrc还是.bashrc，这个看自己的服务器shell吧。我安装了zsh，所以以后的配置文件都是.zshrc。

# 确认当前正在使用的shell
echo $SHELL
# 这将显示您正在使用的shell，例如/bin/bash或/bin/zsh

使用

1. 配置频道

conda config --show  # 查看目前镜像
# 添加清华镜像
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/    
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

2. 建小环境

conda create -n XXX  # 创建名为XXX的环境  # -n：指定环境名

1.创建独立环境以防止更改其他环境配置
2.名称简单即可，为了后续使用时方便调用

【建议】 base环境里最好不要装任何包，除非知道这个包对环境产生什么影响

conda activate XXX   # 进入/启动/激活环境XXX

使用软件一定要进入环境才能使用！

conda deactivate  # 退出环境
conda env list 
conda info –envs  # 两种列出已存在的小环境的方法
conda remove -n xxy –all  # 删除小环境及所有安装的包

# 重新命名小环境
conda create -n Python2  # 每次写Python2好麻烦
conda create -n py2 –clone Python2  # 重新建一个小环境，将原环境克隆到新环境里
conda remove -n Python2 –all

安装软件

1.哪些软件可以用conda？

1. 网站查询（建议）
2. 操作行：Conda search xxx（可能用时较久）
3. 网页搜索

2.一定要在小环境里安装软件！！流程：

1）建环境
2）进环境
3）安装软件
4）默认情况下conda安装最新版本

conda install  # XXX 安装软件XXX

【注】 软件一定要安在环境里！

3.如需安装旧版本

conda search xxy  #查看xxy有哪些可以安装的版本
conda install xxy=x.x.x.xx  #安装指定版本的软件
conda install -y xxy=x.x.x.xx   #加上-y跳过软件安装确认步骤

4.如果安装时报错，安装时找不到安装包怎么办？

1）确定conda是否能安装所需要的软件；
2）确定名称是否打错；
3）重新确定需要的软件包在conda当中的名字。

5.查看安装的软件

conda list  # 基本用法，查看当前环境中所安装的软件
conda list xxy*  # 查看符合正正则表达式的软件
conda list -n xxy  # 查看指定环境中的软件

6.删除软件

conda remove xxy 
#删除软件xxy

conda remove -n xxy xyy
#删除xxy环境下的xyy，如果不指定参数-n，则需要进入目标环境才可以删除软件；-y 跳过确认步骤

7.升级软件

conda update xxy  #升级软件xxy
conda update conda #升级软件本身

【注】 只要不影响软件使用就不需要进行软件升级

相关课程

b站「生信技能树」2021公益课(linux基础 & conda):
https://www.bilibili.com/video/BV1Yy4y117SX?p=16&vd_source=4795cefaf6d723020477a3601c2285c9

TBC

• 写在最后
  ！本文部分内容为生信学习小组（生信星球）的笔记！
  ！ 部分内容为b站生信技能树课程笔记！
• 未来的日子里希望可以摆脱小白啥也不会的局面，成为大佬吧！