生信小白到CS大佬DAY7 | DNA测序原理

最新推荐文章于 2024-08-14 15:20:01 发布
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分类专栏： 生信学习 文章标签： 学习
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生信小白到CS大佬DAY7 | DNA测序原理

思维导图

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TBC

  • 写在最后
    ！本文部分内容为生信学习小组（生信星球）的笔记！
    未来的日子里希望可以摆脱小白啥也不会的局面，成为大佬吧！
  • 写笔记是个很好的习惯，尤其是把它们系统整理一遍，手写真的是太慢了，电子的真的好太多。
    但有个问题就是，我喜欢记笔记事无巨细，生怕自己也看不懂了，感觉也没什么问题，但要这样做就一定要坚持住。
YOMEsix
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专栏目录
生信小白学习日记Day2——NGS基础 illumina高通量测序原理
weixin_42953727的博客
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2019年5月26日，周日，小雨 说明：阅读生信宝典和查阅文章的总结，原文请关注公众号生信宝典，参考的博文都附有链接，仅供参考。 生信宝典 NGS基础——高通量测序原理 本文介绍了测序文库构建原理、链特异性文库构建方式和识别方法、测序簇生成过程、双端测序过程、测序接头产生、PCR duplicate、测序通量选择标准等。原文都是一张张PPT，截图下来之后，附一些自己理解的注释吧 以目前最常用的il...
生信小白学习日记-day1——NGS基础 FASTQ格式解释和质量评估
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05-25 2568
2019年5月25日，一个普通的周六，正在听的歌——北京东路的日子，开始学习生信，写博客。 生信宝典 系列教程 关于编程学习的一些思考 知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/Data-Analysis 这篇文章讲述两个问题：系统学习还是遇到问题再找答案？是否要写博客。 第一个问题，两种途径都可以，都可以成为大神，但其一，要付出足够多的时间去写代码，修复bug；其二，要多...
DNA测序原理
青笋的博客
09-18 1540
今天分享DNA测序技术和原理，包括illumina和pacbio测序原理、基本介绍和优缺点对比。 Illumina测序技术 原理：边合成边测序测序长度：150bp通量：6TB 测序原理 观看网址：https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8 文库构建 DNA片段需要加接头修饰才能进行上机测序，这个过程称为二代测序的文库构建 流程及其原理：末端修饰-添加接头-磁珠纯化-PCR扩增-磁珠纯化 测序是以单链为单位的，建库完成后的每条DNA的单链均一端
【生信】第一二三代测序技术原理的理解
weixin_40695088的博客
12-31 1万+
作为生信初学者，对基因测序第一、二、三代测序技术的梳理和了解，详细介绍了几个广泛应用的测序技术原理如sanger测序和illumina测序等，仅供学习使用。
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
Baimoc
07-14 1万+
文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。不得不提的是，它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。 一、安装 conda install -c biocon
干货满满 | 给生信小白的入门小建议 | 掏心掏肺版
weixin_43843918的博客
01-30 2824
经常有小伙伴们会问到，**“我该如何入门生信”、“生信小白该怎么开始上手”、“不知道从哪里开始学”、“可以先不学R语言和Linux吗”**等等问题。其实入门这个问题叭，有点庞大，一句两句还真说不清！今天，咱们就来碎碎念一波！
生信小白学习日记Day7——WGS分析流程（picard）
weixin_42953727的博客
06-02 1万+
2019年6月2日，周日，天气晴，pass 上午。开始学习NGS分析，继BWA比对和SAM文件排序转BAM后的流程。 NGS分析 step5 Mark Duplications 参考这篇：GATK使用方法详解。https://www.plob.org/article/7009.html 在制备文库的过程中，由于PCR扩增过程中会存在一些偏差，也就是说有的序列会被过量扩增。这样，在比对的时候，这些过...
【生信】全基因组测序（WGS）
weixin_40695088的博客
03-07 3万+
1、全基因组测序(WGS) 的定义 2、GWS流程 2.1准备工作——分析软件 2.2原始数据质控 2.3数据预处理 2.4变异检测
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
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Baimoc
04-06 5万+
1. 介绍 2. 安装 2.1下载 2.2 解压 2.3 设置环境变量 3. 使用 3.1 命令 3.1.1 必需参数 3.1.2 可选参数（常用） 3.2 构建索引 3.2.1 官方索引 3.2.2 自建索引 3.3 例子 3.3.1 例子：M. musculus, UCSC mm10 1. 介绍 Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。适...
人类参考基因组hg19和GRCh38测序盲区坐标文件
07-12
重复序列区域 GC异-GC高和GC低区域 端粒和着丝粒区域 假基因和高度同源基因 低比对分数区域 以上区域hg19为tsv文件和GRCh38为bed格式文件
二代测序手册
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通过这类书籍和手册，读者可以了解到二代测序技术的基本原理、RNA-seq实验设计、数据获取、质控、比对（mapping）、定量、差异表达分析、功能注释、通路分析等全过程。同时，这类书籍还会介绍一些高级分析技术，如...
python生信处理程序集（DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为 蛋白质，反向序列获取的相关函数等等）
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python生信处理程序集（DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为 蛋白质，反向序列获取的相关函数，DNA-蛋白翻译过程的Python实现，mRNA翻译成蛋白，核苷酸和氨基酸蛋白序列转换的工具，将核酸序列翻译成蛋白质，将核酸序列翻译...
生信分析论文套路R语言代码
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TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
生信分析服务器配置脚本
08-13
生信分析linux环境配置，安装分析软件环境，需要root权限
VTK-vtkStructuredGrid学习
最新发布
weixin_69505365的博客
08-14 346
可以理解为单元格顺序沿着坐标轴排列，但是每个单元格可以不一样。维度理解为X/Y/Z方向的点数，如草图所示分别是4，3，1。此时只提供了12个点，只能构造一层，5.点图、线图、面图如下，对应行的代码改一下出现不同效果图。7.增加Z方向维度，点也要增加，点序保持一致。6.点可以不在同一个平面，随机改变点Z数值。2.获取这些点信息，点顺序要严格按照图示。直接赋值第一层的12个点，改一下Z值。所以Z方向维度是1，不能是其他数据。1.使用CAD随意绘制个网格草图。4.将上面的网格显示出来。
fme处理空间数据入门v0
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08-13 716
本教程是最最最基本的fme处理空间数据内容，给新同事介绍我以前是怎么干活用的，基本啥有用的东西。本教程主要说如何在 FME Workbench中创建模板文件（一般我们把fme写的工作空间就叫模板），教程里面主要是利用GIS数据。按照分步说明操作，1.了解如何从读取数据；2.添加转换器以在空间上过滤数据；3.将过滤后的数据写入 Esri Shapefile;4.如何运行模板文件。
VBA学习(26)：引用单元格/单元格区域的方法
nianfen的博客
08-13 456
实际上也可以将这些属性组合在一起，例如要选择数据底部的下一个新行，可以使用Range(“A1”).End(xlDown).Offset(1,0)，首先转到A1，向下到数据的底部，然后将结果向下偏移一行，以选择下一个空白行。引用连续单元格区域中最底部的单元格（即该单元格下方的单元格为空）。引用目标单元格的所有相关单元格，包括相关单元格的相关单元格。引用目标单元格的所有从属单元格，包括从属单元格的从属单元格。在VBA中，可以通过多种不同的方式来引用工作表中的单元格/单元格区域。引用目标单元格的从属单元格。
【Python】python中抽象类学习笔记
qq_42761751的博客
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RNA-seq数据分析：生信实战指南
《二代测序手册》详尽地介绍了二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术，这是现代生物学研究中的重要工具，它允许科学家们快速且高效地获取大量DNA或RNA序列数据。RNA-seq是其中的一个关键应用，通过分析...
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