Matlab调用Python的流程与问题集锦

一。主要流程

1.检查环境

% 检查Matlab能否调用Python
> pyversion

%如果不能调用python，可以给定python的可执行路径。如：
> pyversion('f:\Anaconda3\python.exe')
% 上面路径根据情况更改即可。

需要注意的是，matlab与python的版本可能不兼容。所以，在进行下一个步骤时，需要检查python版本。 如下图所示：

我的matlab版本是 2019b, 所以python的版本 需要是3.6 或3.7. 上图来源于链接[3]【https://www.mathworks.com/content/dam/mathworks/mathworks-dot-com/support/sysreq/files/python-compatibility.pdf】。

2. 调用python函数def或类class

• 建议正式调用前，先在matlab中添加路径（也就是.py文件所在位置）：

% 添加python的搜索路径
P = py.sys.path; 
if count(P,'E:/XXX/XXX.py') == 0
   insert(P,int32(0),'E:/XXX/XXX.py');
end

• 然后在matlab中测试.py文件（也就是模块module）是否包含错误：

% 假设调用的.py文件的名称为：myfun.py
>> py.importlib.import_module('myfun')

如果有错误，那就根据提示的错误去修改啦。一般是python本身的代码有问题的，所以可以在pycharm或spyder上面 试着运行一下。例如：
··· · from .bootstrap import BootstrapResult
不要出现这种 .bootstrap的parent packages, 要把完整的写清楚，·XXX.XXX.bootstrap类似这样。
···· 有一些图片输出或者bar显示的 函数，可能需要注释掉。否则也容易出错。

• 调用函数
  假如我的.py文件为：

# myfun.py
def add(a, b):
    c = a + b
    return c

里面有一个add函数。那么，我们就可以直接用下面的代码 在matlab调用python：

% 在matlab中输入下面语句，调用.py的add函数
>> py.myfun.add(1,2)

• 调用类
  假如我的.py文件为：

class myclass():
    def __init__(self):
        self.count = 0
    def fit(self,X):
        XXX 代码省略  XXX
        print('count = ', self.count)
        return G

里面有类 myclass.那么，我们就可以直接用下面的代码 在matlab调用python的类：

% 前面的测试
py.importlib.import_module('myfun')

% 需要实例化类。其中，myfun为.py文件的名称，myclass类名。
myRCD = py.myfun.myclass;

% 根据需要将输入的数据 转换为一维的numpy形式，方便调用。
X = py.numpy.array(X(:).'); 

% 调用实例化类myRCD的函数 fit 
myRCD.fit(X);

% 根据需要把输出换成matlab的形式
GG = double(myRCD.adjacency_matrix_);

输入X 和 输出G 的 matlab python之间的转换 可以参考[1]【https://zhuanlan.zhihu.com/p/92081119】。

关键就是：定义好 输入和输出，且保证python文件运行不会出错。

3. 补充

一旦.py文件修改的话，就在matlab用以下代码更新以下就可以啦：

clear classes;
obj = py.importlib.import_module('rcd');
py.importlib.reload(obj);

不需要关掉matlab再重新打开。

现在的问题

• 无法解析名称 py.myfunc
  -> 参考官网的链接 一般都能解决问题[2]。
  【https://ww2.mathworks.cn/help/matlab/matlab_external/undefined-variable-py-or-function-py-command.html】

以前遇到的问题

最近在使用Spyder运行Python代码，并尝试在matlab中多次调用该Python代码，遇到了好多问题。现先大概做个笔记，以查看。

• UTF-8不能够编码的问题。
  可能是多次在不同地方打开.py文件，导致其编码格式乱了。所以在当前环境下，能运行但是不能调试了。 后来，在anaconda里重新建立了一个新的Python环境，并在pycharm中打开.py文件，就可以直接运行调试了。所以，试试换环境看看？

  具体操作大致是：打开cmd，来到当前.py文件所在的位置，使用anaconda下创建环境的方法创建，并激活。然后再用pycharm打开.py文件，设置project interpreter为当前建的环境。即可。
  这里说的不是很详细，可以参考网上详细的步骤。

• 未定义.py或者类 “*****”
  问题具体为：Importing the multiarray numpy extension module failed. Most likely you are trying to import a failed build of numpy.
  If you’re working with a numpy git repo, try git clean -xdf (removes all files not under version control). Otherwise reinstall numpy.
  Original error was: DLL load failed:
  原因是：Please note that MATLAB does not support Anaconda Python. （https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/427187-problem-with-python-numpy）
  但是我们有一个方法可以解决：
  请记得，要打开anaconda下的anaconda prompt，进入.py文件所在的文件夹，输入matlab，enter打开matlab。这种方式是比较方便的，它能让matlab搜索到Python路径。注意：一定要进入.py文件所在的文件夹，否则matlab还是无法知道python的搜索路径。
  如果不行，就将模块里涉及到的包都重新卸载 再安装一次。因为有可能是里面的包有损坏之类的原因。

• RuntimeWarning: overflow encountered in cosh
  意思是cosh(x)中代入的x值太大了。

• 为什么python代码在spyder内能正常运行，得到合适的结果（非零矩阵）；但是matlab调用python时，输出的结果却都是零矩阵呢？
  奇了怪了…

• 如果是包内嵌的函数出现了错误，一定要检查清楚自己调用模块时，输入以及输出参数是否设置准确。

• 利用Anaconda升级Spyder=4.0.0时，出现错误：condaerror cannot link a source that does not exist。

• SyntaxError: invalid syntax 说明一定是哪里有语法错误。请在该错误的行上，前前后后的代码都要检查一遍。可以就是少了或者多了一个括号 或冒号: 之类的。

• python的输出是tuple类型，如何转化为double型？

// Output is data(m*n, tuple)
data = cell(data);
X = double(py.array.array('d',py.numpy.nditer(data{1})));
X = reshape(X,[n,m]);  
X = transpose(X);

主要是第二条代码，其余的可根据实际情况修改。

一定要细心，参数的设置！！

为什么左后背在抽筋…

References

[1] https://zhuanlan.zhihu.com/p/92081119
[2] https://ww2.mathworks.cn/help/matlab/matlab_external/undefined-variable-py-or-function-py-command.html
[3] https://www.mathworks.com/content/dam/mathworks/mathworks-dot-com/support/sysreq/files/python-compatibility.pdf