Spikeforest2 用于 Spike Sorting 的尝试:模块安装、函数调用, 结果分析等

前言

我手头的数据非常简单:

“单通道(Monotrode), 25,000Hz,1227264*1 的数组”

这是一个很简单的样本,并且清楚的知道这段sequence中只有两个神经元(因为这是某校计算神经科学课的作业)。这种情况下其实只需要设定Threshold为某特定值,即可区分出两个神经元(当然,是放电幅度有显著差异时)。但我想尝试一下其他的方法。

关于 Spikeforest2

这个方法来自文章:https://elifesciences.org/articles/55167,DOI: 10.7554/eLife.55167

 对于一个合格的调包侠而言,我并不想仔细看文章。我直接拉到了文末,获得了github地址:

Spikeforest2https://github.com/flatironinstitute/spikeforest2

 接下来开始安装:

 先将Spikeforest2文件夹下载至某个特定地点, 然后在anaconda prompt中输入以下命令:

(Env) PS D:\ cd "某个特定文件夹的路径(path)\Spikeforest2"
(Env) PS D:\path\Spikeforest2
(Env) Ps D:\path\Spikeforest2 pip install -e .

注意, 第三行 "-e ."后边有一个点 "." 不要忘了。

Successfully installed numpy-1.22.2 pandas-1.4.1 pymongo-4.0.1 python-frontmatter-1.0.0 spikeextractors-0.9.9 spikeforest2-0.1.0 tqdm-4.63.0 

2022.3.3 

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