Spikeforest2 用于 Spike Sorting 的尝试：模块安装、函数调用，结果分析等

最新推荐文章于 2024-07-08 12:41:31 发布

大宋黄药师

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分类专栏：神经元spike sorting 文章标签： p2p linq 蓝桥杯

本文链接：https://blog.csdn.net/Yao_Shi_Fighting/article/details/123266036

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我手头的数据非常简单：

“单通道(Monotrode), 25,000Hz，1227264*1 的数组”

这是一个很简单的样本，并且清楚的知道这段sequence中只有两个神经元（因为这是某校计算神经科学课的作业）。这种情况下其实只需要设定Threshold为某特定值，即可区分出两个神经元（当然，是放电幅度有显著差异时）。但我想尝试一下其他的方法。

这个方法来自文章：https://elifesciences.org/articles/55167，DOI: 10.7554/eLife.55167

对于一个合格的调包侠而言，我并不想仔细看文章。我直接拉到了文末，获得了github地址：

接下来开始安装：

先将Spikeforest2文件夹下载至某个特定地点, 然后在anaconda prompt中输入以下命令：

(Env) PS D:\ cd "某个特定文件夹的路径(path)\Spikeforest2"
(Env) PS D:\path\Spikeforest2
(Env) Ps D:\path\Spikeforest2 pip install -e .

注意, 第三行 "-e ."后边有一个点 "." 不要忘了。

Successfully installed numpy-1.22.2 pandas-1.4.1 pymongo-4.0.1 python-frontmatter-1.0.0 spikeextractors-0.9.9 spikeforest2-0.1.0 tqdm-4.63.0

2022.3.3

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