MIMIC-CXR数据集的下载

MIMIC-CXR数据集的下载

第一步

首先你需要注册一个pyhsionet账号,并且使用这个账号获取到CITI证书,具体步骤见链接1

第二步

申请mimic的访问权限,具体步骤见链接1。发出的申请是由人工审核的,注意所以比较慢,大概需要1-2周甚至更多的时间

第三步

进入MIMIC-CXR官网https://www.physionet.org/content/mimic-cxr/2.0.0/,该网站是dicom格式的胸片数据集,简便版本jpg格式的链接:https://physionet.org/content/mimic-cxr-jpg/2.0.0/

  • 划到网页最底部
  • 这里看到数据集
  • 这里看到数据集总共557.6G,如果想批量下载数据集有两种方式:一种是通过谷歌云,一种是使用wget命令。我使用的是第二种方法,第一种也试了,但是我的账号在谷歌云中显示对MIMIC没有获得授权,目前还不清楚是什么情况。
  • 在使用wget命令时需要注意,必须在linux系统中的命令行中下载,虽然windows中安装后可以使用wget命令,但是windows下不支持https传输协议,即使你可以将第一条命令改为http://…但是后续自动像服务器请求时全部使用的是https协议,这时候windows命令中就会断掉,显示Unsupported scheme
  • 我是使用的linux系统的服务器下载,整个数据集下载下来一共660多G,刚开始构建目录的时间比较长,后面下载到图片时就很快了,大概下了9天8夜,就完成了。mimic数据集是一个树目录,使用wget下载时会层序遍历,然后将下一层的路径存储到.index文件中,将一层上的目录构建完成后再根据index文件持续下载下一层的路径,直到下载到叶子节点,也就是图片。

链接1: https://www.sohu.com/a/440575509_664421.

图片: Alt

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