MIMIC-CXR数据集的下载

最新推荐文章于 2025-05-09 11:54:43 发布
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本文详细介绍了如何下载MIMIC-CXR数据集，包括注册pyhsionet账号、获取CITI证书、申请访问权限，以及利用wget在Linux系统中下载大量DICOM格式和jpg格式的胸片数据。整个过程可能需要几周时间，并涉及谷歌云和wget命令的使用。

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MIMIC-CXR数据集的下载

第一步

首先你需要注册一个pyhsionet账号，并且使用这个账号获取到CITI证书，具体步骤见链接1

第二步

申请mimic的访问权限，具体步骤见链接1。发出的申请是由人工审核的，注意所以比较慢，大概需要1-2周甚至更多的时间

第三步

进入MIMIC-CXR官网https://www.physionet.org/content/mimic-cxr/2.0.0/，该网站是dicom格式的胸片数据集，简便版本jpg格式的链接：https://physionet.org/content/mimic-cxr-jpg/2.0.0/

  • 划到网页最底部
  • 这里看到数据集
  • 这里看到数据集总共557.6G,如果想批量下载数据集有两种方式：一种是通过谷歌云，一种是使用wget命令。我使用的是第二种方法，第一种也试了，但是我的账号在谷歌云中显示对MIMIC没有获得授权，目前还不清楚是什么情况。
  • 在使用wget命令时需要注意，必须在linux系统中的命令行中下载，虽然windows中安装后可以使用wget命令，但是windows下不支持https传输协议，即使你可以将第一条命令改为http://…但是后续自动像服务器请求时全部使用的是https协议，这时候windows命令中就会断掉，显示Unsupported scheme。
  • 我是使用的linux系统的服务器下载，整个数据集下载下来一共660多G,刚开始构建目录的时间比较长，后面下载到图片时就很快了，大概下了9天8夜，就完成了。mimic数据集是一个树目录，使用wget下载时会层序遍历，然后将下一层的路径存储到.index文件中，将一层上的目录构建完成后再根据
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