生物医学工程导论：学习笔记（四）

生物信息学 (Bioinformatics)

狭义概念：应用信息科学的理论、方法和技术，来管理、分析和利用生物分子数据。

广义概念：应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程中信息的存储、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息。（生命科学中的信息科学）

目的：处理、归纳、总结海量的生物实验数据，并找到其中的规律。

成果：基因测序等。

研究内容

基因组序列分析：又叫基因组测序，是指对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其DNA的碱基序列。

蛋白质结构预测：由蛋白质序列预测蛋白质的空间结构以及简单物理性质的预测等。

（网站：PHD-PredictProtein）

计算工具：BLAST（序列相似性搜索工具）

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

研究方法：数据库搜索，序列对比。

数据库（一级）：

1. 基因组：EMBL，GenBank，DDBJ等
2. 蛋白质序列：SWISS-PROT，PTR等
3. 蛋白质结构：PDB等

（二级数据库：人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。）

相关网站

核酸序列数据库

GenBank美国基因数据银行

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/GenBank/

Embl 欧洲分子生物实验室

http://www.ebi.ac.uk/embl.html

DDBJ日本核酸数据库

DDBJ

整合平台：Entrez 综合数据库

National Center for Biotechnology Information

序列通过正式递交进入数据库，未正式发表文献以前，数据库予以保密

蛋白质序列数据库

SWISS-PROT 蛋白质序列数据库（瑞士、欧洲）

Uniprot < EMBL-EBI

PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德、日）

Welcome to PIR [Protein Information Resource]

PROSITE蛋白质数据库（瑞士）

http://www.expasy.ch/prosite/

（其他：TrEMBL，UniProt，InterPro，COGs等）

蛋白质结构数据库

PDB Protein DataBank 结构原子坐标数据库（美）

http://www.rcsb.org/pdb/

NCBI STRUCTURE MMDB （Molecular Modelling DataBase）

SCOP （Structural classification of proteins） 蛋白质结构分类数据库（英）

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

基因组数据库

GDB 人类基因组数据库（美）

http://www.gdb.org

Genome NCBI基因组数据库（美）

National Center for Biotechnology Information

HGMPGenomeWeb 人类基因图谱数据库（英）

http://www.hgmp.mrc.ac.uk/genomeWeb/

生物信息学知识库

OMIM 孟德尔遗传信息数据库

National Center for Biotechnology Information

是疾病相关的数据库，它收录了大量人类正常基因与致病相关基因数据

CGAP The Cancer Genome Anatomy Project 肿瘤基因组图谱知识库

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap 美国国立癌症研究所为解剖肿瘤细胞分子而建立。

我国生物信息相关网站

中国生物信息网

 http://www.biosino.org

北京大学生物信息中心

Center for Bioinformatics, Peking University (beta)

中国生物技术信息网

中国生物技术信息网 www.biotech.org.cn

中国科学院

http://www.cshq.ac.cn

集成检索系统

Entrez系统（整合库）美国生物技术信息中心研制

National Center for Biotechnology Information

SRS系统(Sequence Retrieval System)欧洲分子生物学实验室开发

EBI Search | EMBL-EBI

可开放式安装100多个数据库，北京大学安装了78个数据库

其他

网站展示了很多信号传导的图谱以及很多结构域的图示，还有很多激酶家族的介绍：

www.cellsignal.com

提供了很全面的数据库链接，国内浏览速度快，每日更新：

biochemie.web.med.unimuenchen.de/yeast_biology

LIMB：

http://molbio.info.nih.gov/molbio/db.html

涵盖所有生物学试验中可能用到的试验流程、试剂配制等具体操作，为平时实验室操作提供有力的支持和参考：

www.protocol-online.org